TestAllEntryVerifyReference.txt

   1 # TestAllEntryVerifyReference.txt
   2 #
   3 # This file describes for (hopefully) all the images of this repository
   4 # the Dicom field entries that we use for the test suite.
   5 # Semantics:
   6 #   For a given image file, we store the most sensible (to the state of
   7 #   gdcm kernel) Dicom entries as a pair (key, value):
   8 #   - key is the Dicom tag (i.e. the pair [group,element] represented
   9 #     as a string (in hexadecimal with the pipe character acting as a
  10 #     separator between the group and the element).
  11 #   - value is the Dicom field that corresponds to the tag (and represented
  12 #     as a string. For binary entries [like the Pixels (the tag is 7fe0|0010
  13 #     usually)], which don't have a string representation, we use the
  14 #     string constructed by gdcm e.g.
  15 #         "gdcm::NotLoaded (BinEntry) Address:776 Length:387200 x(5e880)".
  16 # Format:
  17 #   - Each image shall be contained in a block delimited by [ and ]
  18 #     (square brackets). Nested blocks are an error.
  19 #   - each (key, value) pair shall stand on a single line:
  20 #     * key is of the form xxxx|yyyy (in hexadecimal) e.g. 0008|0060
  21 #     * value is a string delimited by " (double quotes) e.g. "CR"
  22 #   - the spaces are the one of C++ [i.e. space, TAB, endline (including
  23 #     the empty line)...]
  24 #   - comments shall be preceded by # (sharp character) and be at the
  25 #     end of meaningfull information
  26 #   - All the information between blocks is discarded, but please use
  27 #     the comment syntax (line for the lines you are just reading)
  28 # Example:
  29 #    [ filename.dcm
  30 #      # some nice comments and problems of filename.dcm
  31 #      0008|0060 "CR"   # Modality
  32 #      0008|1090 "9000" # Manufacturer's model name
  33 #      7fe0|0010 "gdcm::NotLoaded (BinEntry) Address:776 Length:387200 x(5e880)"
  34 #    ]
  35 #    This info shall be discarded (and has no comment which is lack of taste)
  36 #
  37 #    [
  38 #      otherFilename.dcm
  39 #      # some really nice comments and documentation
  40 #      0028|0010 "440"
  41 #      0028|0011 "440" ] # Columns
  42 #
  43 #
  44 # File naming conventions:
  45 #  the general form shall be (unpresent or meaningfull field are optional)
  46 #  [Manufacturer]-[BytesPerPixel]-[PhotoInterpretation]-[SQ]-[Description].EXT
  47 #  where :
  48 #   - [Manufacturer] represents at best the aquisition device. It can
  49 #     can be a mix of the "Manufacturer" and "Manufacturer's Model Name"
  50 #     Dicom entries.
  51 #   - [BytesPerPixel] is the "Bits Stored" Dicom entry (or "Bits Allocated"
  52 #     when "Bits Stored" is absent).
  53 #   -[PhotoInterpretation] corresponds to the type of encoding of the image.
  54 #     It is a short for the "Photometric Interpretation" Dicom entry e.g.
  55 #     PAL (for "PALETTE COLOR"), RGB, YBR (for YBR_FULL),
  56 #     YBR422 (for YBR_FULL_4220, MONO2 (for MONOCHROME2)...
  57 #   - [SQ] when present indicates that the image contains a sequence.
  58 #   - [Description] shall be a consice description of the features
  59 #     specificities of the image (e.g. ACR_NEMA_1 to indicate it is an
  60 #     old ACR Nema version 1 file format).
  61 #   - .EXT is the extension and (allthough meaningless in terms of the
  62 #     dicom standard) shall either be .acr (for ACR Nema version 1 and 2)
  63 #     or .dcm for Dicom V3 images.
  64 # Examples:
  65 #   - SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr does it's best to express
  66 #     that this image was produced by a SIEMENS (manufacturer) "GBS III"
  67 #     (model name) imaging device. It is encoded on 16 bits per pixel,
  68 #     has no "Photometric Interpretation", no sequence, and uses the
  69 #     old ACR Nema version 1 file format.
  70 #
  71
  72 [ CR-MONO1-10-chest.dcm
  73    #"Transfer Syntax UID" is absent.
  74    0008|0060 "CR"   # Modality
  75    0008|0070 "FUJI PHOTO FILM CO. LTD." # Manufacturer
  76    0008|1090 "9000" # Manufacturer's Model Name
  77    0028|0010 "440"  # Rows
  78    0028|0011 "440"  # Columns
  79    0028|0100 "16"   # Bits Allocated
  80    0028|0101 "10"   # Bits Stored
  81    0028|0102 "9"    # High Bit
  82    0028|0103 "0"    # Pixel Representation
  83    7fe0|0010 "gdcm::NotLoaded (BinEntry) Address:776 Length:387200 x(5e880)"
  84 ]
  85
  86 [ SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr
  87   # - Particularities:
  88   #   * old (circa 1991) ACR NEMA version 1.0 format.
  89   #   * Pixel Representation (0028|0103) is absent
  90   #   * apparently broken pixel data (see below)
  91   #
  92   # - This image pixel data looks corrupted, in the sense that the
  93   #   following sizes do NOT match (as expected):
  94   #   * it's pixel data is 132096 bytes long
  95   #   * it has a size of 256x256 with 16 bytes per pixel, i.e. a size
  96   #     of 256*256*2 = 131072 bytes.
  97   # - Because of this missmatch, TestReadWriteReadCompare segfaults
  98   #   on this image.
  99   #   In details, when segfault occurs we have the following call stack:
 100   #       gdcmFile::GetImageData()
 101   #          PixelData = new uint8_t[ImageDataSize];
 102   #          \--->::GetImageDataIntoVector(destination, ImageDataSize)
 103   #           \---> ::ReadPixelData(destination)
 104   #            \---> fread(destination, Header->GetPixelAreaLength(), 1, fp);
 105   #   which causes the segfault because :
 106   #       - destination is ImageDataSize i.e. 131072 bytes long
 107   #       - Header->GetPixelAreaLength() = 132096 bytes long
 108    0028|0010 "256"  # Rows
 109    0028|0011 "256"  # Columns
 110    0008|0060 "MR"   # Modality
 111    0028|0100 "16"   # Bits Allocated
 112    0028|0101 "12"   # Bits Stored
 113    0028|0102 "11"   # High Bit
 114    0008|0070 "SIEMENS "     # Manufacturer
 115    0008|1090 "GBS III     " # Manufacturer's Model Name
 116    7fe0|0010 "gdcm::NotLoaded (BinEntry) Address:8192 Length:132096 x(20400)"
 117 ]
 118
 119 #############################################################################
 120 # multiframe1.dcm
 121 # multiframe2.dcm
 122 #               Cardiovasculaire multiframe
 123 #               True Dicom
 124 #               Explicit VR
 125 #               les champs prives ne *sont pas* Explicit VR
 126 #               tous les Groupes comportent un element 0000
 127 #               Pixels codes sur 10 bits
 128 #
 129 # acusson.dcm
 130 #               Echographie single Frame
 131 #               True Dicom
 132 #               Explicit VR
 133 #               3 LUT (R, G, B)
 134 #
 135 # irmPhlipsNew1.dcm
 136 #               Irm Philips LyonSud
 137 #               True Dicom
 138 #               Explicit VR
 139 #               SQ curieuse en (0008,1140)
 140 #
 141 # pixelNonRect.dcm
 142 #               Irm Philips Marseille
 143 #               True Dicom
 144 #               Explicit VR
 145 #               les champs prives *sont* Explicit VR
 146 #               les champs prives contiennent des caract non imprimables
 147 #               Pixels non Rectangulaires
 148 #
 149 # esrf1.dcm
 150 #               Vg Studio Max
 151 #               True Dicom
 152 #               Explicit VR
 153 #               Manque 'Samples Per Pixel' pour etre lue par e-film
 154 #
 155 # jpeg16Bits.dcm
 156 #               CT Siemens HEH
 157 #               True Dicom
 158 #               jpeg 16 Bits Lossy
 159 #               (fait casser DcmRead 8/11/2002 :-(
 160 #               repare 27/11
 161 #
 162 # jpeglossles1.dcm
 163 #               Jpeg LossLess
 164 #               True Dicom
 165 #               Explicit VR
 166 #               SQ en (0008,2112)
 167 #               contient peut etre (?!) des curiosités apres les Pixels
 168 #
 169 # jpeglossless2.dcm
 170 #               CR Thoravision Philips Cardio
 171 #               Jpeg LossLess
 172 #               True Dicom
 173 #               Explicit VR
 174 #               Jpeg mal decodé par les fonctions utilisees
 175 #
 176 # jpeglossy1.dcm
 177 # jpeglossy2.dcm
 178 # jpeglossy3.dcm
 179 #               Jpeg Lossy
 180 #               Decodage non traite par mes fonctions
 181 #
 182 # oldACR00001.ima
 183 #               ACRNEMA V1 'ancien'
 184 #               Groupe 20  NE contient  PAS Study et Serie Instance UID
 185 #                               ET          Study ID et Series Number sont VIDES
 186 #
 187 # newACR1000.nema
 188 #               ACRNEMA V2 'moderne'
 189 #               Groupe 20 contient      Study    et Serie Instance UID
 190 #                               ET      Study ID et Series Number
 191 #
 192 # imageEcat.ecat
 193 #               Image au format ECAT (Medecine Nucleaire)
 194 #               On n'y echapera pas encore tres longtemps, a celles la :-(
 195 #
 196 # ---------------- Ajouts 20 Nov 2002
 197 #
 198 # mr176621
 199 #               MR Toshiba
 200 #               ACRNEMA-V2
 201 #               abscence de l'element 0000 (group length) pour tous les groupes
 202 #
 203 # cr_45031
 204 #               CR Fuji
 205 #               ACRNEMA V2
 206 #               1670x2010
 207 #
 208 # MR.6799.1
 209 #               MR Pickert
 210 #               DICOM V3 like
 211 #               manque le 'file preamble' de 200 octets
 212 #
 213 # cr172241
 214 #               CR Kodak
 215 #               ACRNEMA V2
 216 #               (0028 3000): SQ
 217 #               (fffe, e00d), (fffe,e0dd), apres (0028, 3006) !!!
 218 #
 219 # US.1.2.dcm
 220 # US.1.3.dcm
 221 #               US ACUSON
 222 #               DICOM 3 Multiframe
 223 #               JPEG 8 bits Lossy
 224 #               (0028,0002) Samples Per Pixel = 3
 225 #               (0018, 6011) : SQ
 226 #               les champs à l'interieur de cette 'Sequence'
 227 #                       contiennent des caract non imprimables qui déconfigurent l'ecran :-(
 228 #
 229 #               Ces deux examens, correspondant a 2 patients differents ont le meme Study ID
 230 #
 231 # ---------------- Ajouts 27/11/2002
 232 #
 233 # sonata.dcm
 234 #               IRM Siemens Sonata (images taggees)
 235 #               SQ en (0008,1140),contenant (0008,1150), (0008,1155) 3 fois
 236 #
 237 #
 238 # ---------------- Ajouts 16/12/2002
 239 # icone.dcm
 240 #       CT Picker
 241 #       image 512x512
 242 #       (28 200 )contient une icone de 64x64
 243 #               --> DEUX groupes 7FE0 dans la même image
 244 #
 245 # ----------------- Ajouts 13/02/2003
 246 #
 247 # sonata.nema
 248 #       MR Siemens sonata
 249 #       True DICOM
 250 #       (18,1310) est un champ de Value Multiplicity > 1
 251 #       vr : US mais longueur = 8
 252 #
 253 # --------------Ajouts 21/03/2003
 254 #
 255 # philipsMR-lossy.ima
 256 #       MR Philips (Neuro)
 257 #       True Dicom
 258 #       indiquée comme ACR-NEMA V1 dans l'entete
 259 #       JPEG Lossy (Transfer Syntax UID : [1.2.840.10008.1.2.4.51])