TestAllEntryVerifyReference.txt

   1 # TestAllEntryVerifyReference.txt
   2 #
   3 # This file describes for (hopefully) all the images of this repository
   4 # the Dicom field entries that we use for the test suite.
   5 # Semantics:
   6 #   For a given image file, we store the most sensible (to the state of
   7 #   gdcm kernel) Dicom entries as a pair (key, value):
   8 #   - key is the Dicom tag (i.e. the pair [group,element] represented
   9 #     as a string (in hexadecimal with the pipe character acting as a
  10 #     separator between the group and the element).
  11 #   - value is the Dicom field that corresponds to the tag (and represented
  12 #     as a string. For binary entries [like the Pixels (the tag is 7fe0|0010
  13 #     usually)], which don't have a string representation, we use the
  14 #     string constructed by gdcm e.g.
  15 #         "gdcm::NotLoaded (BinEntry) Address:776 Length:387200 x(5e880)".
  16 # Format:
  17 #   - Each image shall be contained in a block delimited by [ and ]
  18 #     (square brackets). Nested blocks are an error.
  19 #   - each (key, value) pair shall stand on a single line:
  20 #     * key is of the form xxxx|yyyy (in hexadecimal) e.g. 0008|0060
  21 #     * value is a string delimited by " (double quotes) e.g. "CR"
  22 #   - the spaces are the one of C++ [i.e. space, TAB, endline (including
  23 #     the empty line)...]
  24 #   - comments shall be preceded by # (sharp character) and be at the
  25 #     end of meaningfull information
  26 #   - All the information between blocks is discarded, but please use
  27 #     the comment syntax (line for the lines you are just reading)
  28 # Example:
  29 #    [ filename.dcm
  30 #      # some nice comments and problems of filename.dcm
  31 #      0008|0060 "CR"   # Modality
  32 #      0008|1090 "9000" # Manufacturer's model name
  33 #      7fe0|0010 "gdcm::NotLoaded (BinEntry) Address:776 Length:387200 x(5e880)"
  34 #    ]
  35 #    This info shall be discarded (and has no comment which is lack of taste)
  36 #
  37 #    [
  38 #      otherFilename.dcm
  39 #      # some really nice comments and documentation
  40 #      0028|0010 "440"
  41 #      0028|0011 "440" ] # Columns
  42 #
  43 #
  44 # File naming conventions:
  45 #  the general form shall be (unpresent or meaningfull field are optional)
  46 #  [Manufacturer]-[BytesPerPixel]-[PhotoInterpretation]-[SQ]-[Description].EXT
  47 #  where :
  48 #   - [Manufacturer] represents at best the aquisition device. It can
  49 #     can be a mix of the "Manufacturer" and "Manufacturer's Model Name"
  50 #     Dicom entries.
  51 #   - [BytesPerPixel] is the "Bits Stored" Dicom entry (or "Bits Allocated"
  52 #     when "Bits Stored" is absent).
  53 #   -[PhotoInterpretation] corresponds to the type of encoding of the image.
  54 #     It is a short for the "Photometric Interpretation" Dicom entry e.g.
  55 #     PAL (for "PALETTE COLOR"), RGB, YBR (for YBR_FULL),
  56 #     YBR422 (for YBR_FULL_4220, MONO2 (for MONOCHROME2)...
  57 #   - [SQ] when present indicates that the image contains a sequence.
  58 #   - [Description] shall be a consice description of the features
  59 #     specificities of the image (e.g. ACR_NEMA_1 to indicate it is an
  60 #     old ACR Nema version 1 file format).
  61 #   - .EXT is the extension and (allthough meaningless in terms of the
  62 #     dicom standard) shall either be .acr (for ACR Nema version 1 and 2)
  63 #     or .dcm for Dicom V3 images.
  64 # Examples:
  65 #   - SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr does it's best to express
  66 #     that this image was produced by a SIEMENS (manufacturer) "GBS III"
  67 #     (model name) imaging device. It is encoded on 16 bits per pixel,
  68 #     has no "Photometric Interpretation", no sequence, and uses the
  69 #     old ACR Nema version 1 file format.
  70 #
  71 # Note: The files whose name starts with a modality (e.g. CR-MONO1-10-chest.dcm)
  72 #       are taken from Sebastien Barre's Dicom2 highly recommendable site
  73 #       http://www.barre.nom.fr/medical/samples/index.html
  74 [ CR-MONO1-10-chest.dcm
  75    #"Transfer Syntax UID" is absent.
  76    0008|0060 "CR"   # Modality
  77    0008|0070 "FUJI PHOTO FILM CO. LTD." # Manufacturer
  78    0008|1090 "9000" # Manufacturer's Model Name
  79    0028|0010 "440"  # Rows
  80    0028|0011 "440"  # Columns
  81    0028|0100 "16"   # Bits Allocated
  82    0028|0101 "10"   # Bits Stored
  83    0028|0102 "9"    # High Bit
  84    0028|0103 "0"    # Pixel Representation
  85    7fe0|0010 "gdcm::NotLoaded (BinEntry) Address:776 Length:387200 x(5e880)"
  86 ]
  87
  88 [ CT-MONO2-16-brain.dcm
  89    0008|0060 "CT"                         # Modality
  90    0002|0010 "1.2.840.10008.1.2.1"        # Transfer Syntax (Explicit VR, LE)
  91    0008|0070 "Picker International, Inc." # Manufacturer
  92    0008|1090 "PQ5000"                     # Manufacturer's Model Name
  93    0028|0010 "512"  # Rows
  94    0028|0011 "512"  # Columns
  95    0028|0100 "16"   # Bits Allocated
  96    0028|0101 "16"   # Bits Stored
  97    0028|0102 "15"   # High Bit
  98    0028|0103 "1"    # Pixel Representation
  99    7fe0|0010 "gdcm::NotLoaded (BinEntry) Address:1680 Length:524288 x(80000)"
 100 ]
 101
 102 [ SIEMENS_GBS_III-16-ACR_NEMA_1.acr
 103   # - Particularities:
 104   #   * old (circa 1991) ACR NEMA version 1.0 format.
 105   #   * Pixel Representation (0028|0103) is absent
 106   #   * apparently broken pixel data (see below)
 107   #
 108   # - This image pixel data looks corrupted, in the sense that the
 109   #   following sizes do NOT match (as expected):
 110   #   * it's pixel data is 132096 bytes long
 111   #   * it has a size of 256x256 with 16 bytes per pixel, i.e. a size
 112   #     of 256*256*2 = 131072 bytes.
 113   # - Because of this missmatch, TestReadWriteReadCompare segfaults
 114   #   on this image.
 115   #   In details, when segfault occurs we have the following call stack:
 116   #       gdcmFile::GetImageData()
 117   #          PixelData = new uint8_t[ImageDataSize];
 118   #          \--->::GetImageDataIntoVector(destination, ImageDataSize)
 119   #           \---> ::ReadPixelData(destination)
 120   #            \---> fread(destination, Header->GetPixelAreaLength(), 1, fp);
 121   #   which causes the segfault because :
 122   #       - destination is ImageDataSize i.e. 131072 bytes long
 123   #       - Header->GetPixelAreaLength() = 132096 bytes long
 124    0028|0010 "256"  # Rows
 125    0028|0011 "256"  # Columns
 126    0008|0060 "MR"   # Modality
 127    0028|0100 "16"   # Bits Allocated
 128    0028|0101 "12"   # Bits Stored
 129    0028|0102 "11"   # High Bit
 130    0008|0070 "SIEMENS "     # Manufacturer
 131    0008|1090 "GBS III     " # Manufacturer's Model Name
 132    7fe0|0010 "gdcm::NotLoaded (BinEntry) Address:8192 Length:132096 x(20400)"
 133 ]
 134
 135 #############################################################################
 136 # multiframe1.dcm
 137 # multiframe2.dcm
 138 #               Cardiovasculaire multiframe
 139 #               True Dicom
 140 #               Explicit VR
 141 #               les champs prives ne *sont pas* Explicit VR
 142 #               tous les Groupes comportent un element 0000
 143 #               Pixels codes sur 10 bits
 144 #
 145 # acusson.dcm
 146 #               Echographie single Frame
 147 #               True Dicom
 148 #               Explicit VR
 149 #               3 LUT (R, G, B)
 150 #
 151 # irmPhlipsNew1.dcm
 152 #               Irm Philips LyonSud
 153 #               True Dicom
 154 #               Explicit VR
 155 #               SQ curieuse en (0008,1140)
 156 #
 157 # pixelNonRect.dcm
 158 #               Irm Philips Marseille
 159 #               True Dicom
 160 #               Explicit VR
 161 #               les champs prives *sont* Explicit VR
 162 #               les champs prives contiennent des caract non imprimables
 163 #               Pixels non Rectangulaires
 164 #
 165 # esrf1.dcm
 166 #               Vg Studio Max
 167 #               True Dicom
 168 #               Explicit VR
 169 #               Manque 'Samples Per Pixel' pour etre lue par e-film
 170 #
 171 # jpeg16Bits.dcm
 172 #               CT Siemens HEH
 173 #               True Dicom
 174 #               jpeg 16 Bits Lossy
 175 #               (fait casser DcmRead 8/11/2002 :-(
 176 #               repare 27/11
 177 #
 178 # jpeglossles1.dcm
 179 #               Jpeg LossLess
 180 #               True Dicom
 181 #               Explicit VR
 182 #               SQ en (0008,2112)
 183 #               contient peut etre (?!) des curiosités apres les Pixels
 184 #
 185 # jpeglossless2.dcm
 186 #               CR Thoravision Philips Cardio
 187 #               Jpeg LossLess
 188 #               True Dicom
 189 #               Explicit VR
 190 #               Jpeg mal decodé par les fonctions utilisees
 191 #
 192 # jpeglossy1.dcm
 193 # jpeglossy2.dcm
 194 # jpeglossy3.dcm
 195 #               Jpeg Lossy
 196 #               Decodage non traite par mes fonctions
 197 #
 198 # oldACR00001.ima
 199 #               ACRNEMA V1 'ancien'
 200 #               Groupe 20  NE contient  PAS Study et Serie Instance UID
 201 #                               ET          Study ID et Series Number sont VIDES
 202 #
 203 # newACR1000.nema
 204 #               ACRNEMA V2 'moderne'
 205 #               Groupe 20 contient      Study    et Serie Instance UID
 206 #                               ET      Study ID et Series Number
 207 #
 208 # imageEcat.ecat
 209 #               Image au format ECAT (Medecine Nucleaire)
 210 #               On n'y echapera pas encore tres longtemps, a celles la :-(
 211 #
 212 # ---------------- Ajouts 20 Nov 2002
 213 #
 214 # mr176621
 215 #               MR Toshiba
 216 #               ACRNEMA-V2
 217 #               abscence de l'element 0000 (group length) pour tous les groupes
 218 #
 219 # cr_45031
 220 #               CR Fuji
 221 #               ACRNEMA V2
 222 #               1670x2010
 223 #
 224 # MR.6799.1
 225 #               MR Pickert
 226 #               DICOM V3 like
 227 #               manque le 'file preamble' de 200 octets
 228 #
 229 # cr172241
 230 #               CR Kodak
 231 #               ACRNEMA V2
 232 #               (0028 3000): SQ
 233 #               (fffe, e00d), (fffe,e0dd), apres (0028, 3006) !!!
 234 #
 235 # US.1.2.dcm
 236 # US.1.3.dcm
 237 #               US ACUSON
 238 #               DICOM 3 Multiframe
 239 #               JPEG 8 bits Lossy
 240 #               (0028,0002) Samples Per Pixel = 3
 241 #               (0018, 6011) : SQ
 242 #               les champs à l'interieur de cette 'Sequence'
 243 #                       contiennent des caract non imprimables qui déconfigurent l'ecran :-(
 244 #
 245 #               Ces deux examens, correspondant a 2 patients differents ont le meme Study ID
 246 #
 247 # ---------------- Ajouts 27/11/2002
 248 #
 249 # sonata.dcm
 250 #               IRM Siemens Sonata (images taggees)
 251 #               SQ en (0008,1140),contenant (0008,1150), (0008,1155) 3 fois
 252 #
 253 #
 254 # ---------------- Ajouts 16/12/2002
 255 # icone.dcm
 256 #       CT Picker
 257 #       image 512x512
 258 #       (28 200 )contient une icone de 64x64
 259 #               --> DEUX groupes 7FE0 dans la même image
 260 #
 261 # ----------------- Ajouts 13/02/2003
 262 #
 263 # sonata.nema
 264 #       MR Siemens sonata
 265 #       True DICOM
 266 #       (18,1310) est un champ de Value Multiplicity > 1
 267 #       vr : US mais longueur = 8
 268 #
 269 # --------------Ajouts 21/03/2003
 270 #
 271 # philipsMR-lossy.ima
 272 #       MR Philips (Neuro)
 273 #       True Dicom
 274 #       indiquée comme ACR-NEMA V1 dans l'entete
 275 #       JPEG Lossy (Transfer Syntax UID : [1.2.840.10008.1.2.4.51])