Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestInline
  12   TestUtil.cxx
  13   TestBug.cxx
  14   TestHash.cxx
  15   TestTS.cxx
  16   TestVR.cxx
  17   TestDictGroupName.cxx
  18   TestDict.cxx
  19   TestDataEntry.cxx
  20   TestWriteSimple.cxx
  21   TestImageSet.cxx
  22   TestDicomDirElement.cxx
  23   TestDicomString.cxx
  24   #TestValidate.cxx
  25 )
  26
  27 # add tests that require data
  28 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  29   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  30     TestFileAccessors.cxx
  31     TestMakeIcon.cxx
  32     TestLoadAllDocumentsNoPrivNoSeq.cxx # includes generated gdcmDataImages.h
  33     TestPrintAllDocument.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  34     #TestAllEntryVerify.cxx           # includes generated gdcmDataImages.h
  35     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
  36     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h
  37     #TestCopyDicom.cxx                # includes generated gdcmDataImages.h
  38     #    TestCopyRescaleDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  39     #TestChangeHeader.cxx
  40     #    TestAnonymize.cxx
  41     TestDirList.cxx
  42     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
  43     TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
  44     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
  45     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory
  46     TestAllVM.cxx
  47   )
  48   # add test that require VTK:
  49   IF(GDCM_VTK)
  50     IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  51       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
  52     ELSE("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  53       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  54         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  55                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  56       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  57       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  58         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  59                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  60       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  61       # Include the VTK library since we know this is going to work
  62       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
  63
  64       INCLUDE_DIRECTORIES(
  65         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk
  66       )
  67       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  68         VTKTestRead.cxx
  69         VTKTestReadSeq.cxx
  70         VTKTestWrite.cxx
  71         VTKTestWriteSeq.cxx
  72       )
  73     ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  74   ENDIF(GDCM_VTK)
  75 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  76
  77
  78
  79 # include stuff
  80 INCLUDE_DIRECTORIES(
  81   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src
  82   ${GDCM_BINARY_DIR}
  83 )
  84
  85 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  86 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  87 IF(GDCM_VTK)
  88   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  89 ELSE(GDCM_VTK)
  90   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
  91 ENDIF(GDCM_VTK)
  92
  93 SET (TestsToRun ${Tests})
  94 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
  95
  96 # Loop over files and create executables
  97 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  98   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
  99   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
 100 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
 101
 102 #-----------------------------------------------------------------------------
 103
 104 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
 105 # First parse this directory and extract all images
 106
 107 FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 108   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 109   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 110   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 111   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 112   )
 113
 114 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 115 SET(BLACK_LIST
 116   # Multiframe Papyrus format image
 117   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
 118   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
 119   # any contribution is welcome
 120   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
 121   # From David Clunie's Compresion Dataset
 122   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
 123   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
 124   #Not a Dicom Image, but a RT Object
 125   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm"
 126   #Dicom MPEG image
 127   "ETIAM_video_002.dcm"
 128   #Something stupid occured in the code for LibIDO images.
 129   #I Black list them for a while. JP
 130   "gdcm-ACR-LibIDO.acr"
 131   "LIBIDO-24-ACR_NEMA-Rectangle.dcm"
 132   #16 Bits per pixel images with LUT 16 Bits.
 133   #I wait to be 100% sure before releasing them. JP
 134   "rle16sti.dcm"
 135   "rle16loo.dcm"
 136   # Jasper cannot handle this image, only kakadu so far, unless you patch jasper
 137   # but then it breaks other images...
 138   "CT_Phillips_JPEG2K_Decompr_Problem.dcm"
 139   #
 140   # ------------
 141   #
 142   # I probabely messed up smething with the .png, .tst of
 143   # the images I recently added to the Test Suite
 144   # I Black list them, until I find where is the pb.
 145   "US-RGB-8-esopecho.dcm"
 146   "MR_Philips_Intera_No_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 147   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 148   "MR_SIEMENS_forceLoad29-1010_29-1020.dcm"
 149   # An element contains a value of 4, but no data follows
 150   # So, the next (group, elem) is not correctly read
 151   "gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm"
 152   )
 153
 154 # Create a specific list of dicom files that we know are part of a sequence
 155 SET(SEQ_LIST
 156   "SIEMENS_MAGNETOM-12-MONO2-FileSeq[0-9].dcm"
 157   )
 158
 159 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
 160 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
 161
 162 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 163 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 164 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
 165 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 166   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 167   IF(DCIODVFY_FOUND)
 168     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
 169     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
 170   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
 171   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 172   IF(NOT bad_dicom)
 173     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 174     # SEQ_LIST is a regular expression:
 175     STRING(REGEX MATCH ${SEQ_LIST} is_seq ${filename_temp})
 176     IF(is_seq)
 177       SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 178     ENDIF(is_seq)
 179   ENDIF(NOT bad_dicom)
 180 ENDFOREACH(filename)
 181
 182 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 183 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 184   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 185 )
 186
 187 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
 188 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
 189   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n"
 190 )
 191
 192 #-----------------------------------------------------------------------------
 193 # Trying to solve a bizarre problem when loading shared lib if gdcm is static
 194 # Therefore I disable the test when building SHAREDLIBS
 195 IF(UNIX AND NOT GDCM_BUILD_SHARED_LIBS)
 196   ADD_LIBRARY(dynmodule MODULE dynmodule.cxx)
 197   TARGET_LINK_LIBRARIES(dynmodule gdcm)
 198   ADD_EXECUTABLE(loadmodule loadmodule.cxx )
 199   TARGET_LINK_LIBRARIES(loadmodule gdcm -ldl)
 200   ADD_TEST(loadmodule ${CXX_TEST_PATH}/loadmodule)
 201 ENDIF(UNIX AND NOT GDCM_BUILD_SHARED_LIBS)
 202
 203
 204