Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestBug.cxx
  12   TestHash.cxx
  13 )
  14
  15 # add tests that require data
  16 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  17   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  18     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h
  19     PrintAllDocument.cxx             # includes generated gdcmDataImages.h
  20     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
  21     PrintDicomDir.cxx
  22     TestChangeHeader.cxx
  23     TestDicomDir.cxx      #require DICOMDIR
  24     BuildUpDicomDir.cxx
  25     makeDicomDir.cxx
  26   )
  27   # add test that require VTK:
  28   IF(GDCM_VTK)
  29     INCLUDE_DIRECTORIES(
  30       ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk/
  31       )
  32     SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  33       ShowDicom.cxx
  34       )
  35   ENDIF(GDCM_VTK)
  36 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  37
  38
  39
  40 # include stuff
  41 INCLUDE_DIRECTORIES(
  42   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src/
  43   ${GDCM_BINARY_DIR}/
  44 )
  45
  46 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  47 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  48 IF(GDCM_VTK)
  49   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  50 ELSE(GDCM_VTK)
  51   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
  52 ENDIF(GDCM_VTK)
  53
  54 SET (TestsToRun ${Tests})
  55 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
  56
  57 # Loop over files and create executables
  58 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  59   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
  60 #  IF (GDCM_DATA_ROOT)
  61 #    ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name}
  62 #        -D ${GDCM_DATA_ROOT}
  63 #        -T ${GDCM_BINARY_DIR}/Testing/Temporary
  64 #        -V Baseline/gdcm/${name}.png)
  65 #  ELSE (GDCM_DATA_ROOT)
  66     ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
  67 #  ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  68 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  69
  70 #-----------------------------------------------------------------------------
  71
  72 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
  73 # First parse this directory and extract all images
  74
  75 IF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
  76   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
  77     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
  78     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
  79 #    "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
  80     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
  81     )
  82 ELSE(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
  83   # Since there is a bug in cmake 1.8.3, I'll have to do two separate globs
  84   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR
  85     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
  86     )
  87   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM
  88     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
  89     )
  90   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA
  91 #    "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
  92     )
  93   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA
  94     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
  95     )
  96   SET(GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
  97     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR}
  98     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA})
  99   #SET(GDCM_DATA_IMAGES_GLOB  ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR})
 100 ENDIF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
 101
 102 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 103 SET(BLACK_LIST
 104   "gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm" # serial killer
 105   "cr172241.dcm"           #temporarily remove as it kills my gnome session
 106                            # (but not kde)
 107   "emptyImage.dcm"         #the png looks ugly...
 108   "irmPhlipsNew1.dcm"      #png looks ugly
 109   "mriThruVPRO.dcm"        #png looks ugly
 110   "gdcm-MR-SIEMENS-16-1.acr"   #segfaults TestReadWriteReadCompare
 111   #segfaults TestReadWriteReadCompare: this image looks corrupted:
 112   # - it's pixel data is 132096 bytes long
 113   # - it has a size of 256x256 with 16 bytes per pixel, i.e. a size
 114   #   of 256*256*2 = 131072 bytes.
 115   # Since there is a missmatch, when we have the following call stack:
 116   #  gdcmFile::GetImageData()
 117   #     PixelData = new uint8_t[ImageDataSize];
 118   #     \--->::GetImageDataIntoVector(destination, ImageDataSize)
 119   #       \---> ::ReadPixelData(destination)
 120   #         \---> fread(destination, Header->GetPixelAreaLength(), 1, fp);
 121   # we get a segfault because :
 122   #   - destination is ImageDataSize i.e. 131072 bytes long
 123   #   - Header->GetPixelAreaLength() = 132096 bytes long
 124   "oldACR00001.ima"
 125   )
 126
 127 #   gdcm-ACR-LibIDO seems to be cut
 128 #   test.acr is very bright
 129
 130 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 131 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 132 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 133   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 134   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 135   IF(NOT bad_dicom)
 136     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 137   ENDIF(NOT bad_dicom)
 138 ENDFOREACH(filename)
 139
 140 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 141 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 142   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 143   )