Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestUtil.cxx
  12   TestBug.cxx
  13   TestHash.cxx
  14   TestTS.cxx
  15   TestVR.cxx
  16   TestDictGroupName.cxx
  17   TestDict.cxx
  18   TestDataEntry.cxx
  19   TestWriteSimple.cxx
  20   TestImageSet.cxx
  21   TestDicomDirElement.cxx
  22   TestDicomString.cxx
  23   TestEnumVR.cxx
  24
  25 )
  26 IF(UNIX)
  27   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  28     TestInline.cxx
  29   )
  30 ENDIF(UNIX)
  31
  32 # add tests that require data
  33 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  34   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  35     TestFileAccessors.cxx
  36     TestMakeIcon.cxx
  37     TestLoadAllDocumentsNoPrivNoSeq.cxx # includes generated gdcmDataImages.h
  38     TestPrintAllDocument.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  39     #TestAllEntryVerify.cxx           # includes generated gdcmDataImages.h
  40     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
  41     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h
  42     #TestCopyDicom.cxx                # includes generated gdcmDataImages.h
  43     #    TestCopyRescaleDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  44     #TestChangeHeader.cxx
  45     #    TestAnonymize.cxx
  46     TestDirList.cxx
  47     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
  48     TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
  49     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
  50     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory
  51     TestAllVM.cxx
  52     TestValidate.cxx                 #Just to have on overviews of oddities ...
  53   )
  54   # add test that require VTK:
  55   IF(GDCM_VTK)
  56     IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  57       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
  58     ELSE("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  59       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  60         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  61                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  62       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  63       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  64         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  65                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  66       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  67       # Include the VTK library since we know this is going to work
  68       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
  69
  70       INCLUDE_DIRECTORIES(
  71         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk
  72       )
  73       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  74         VTKTestRead.cxx
  75         VTKTestReadSeq.cxx
  76         VTKTestWrite.cxx
  77         VTKTestWriteSeq.cxx
  78       )
  79     ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  80   ENDIF(GDCM_VTK)
  81 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  82
  83
  84
  85 # include stuff
  86 INCLUDE_DIRECTORIES(
  87   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src
  88   ${GDCM_BINARY_DIR}
  89 )
  90
  91 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  92 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  93 IF(GDCM_VTK)
  94   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  95 ELSE(GDCM_VTK)
  96   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
  97 ENDIF(GDCM_VTK)
  98
  99 SET (TestsToRun ${Tests})
 100 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
 101
 102 # Loop over files and create executables
 103 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
 104   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
 105   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
 106 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
 107
 108 #-----------------------------------------------------------------------------
 109
 110 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
 111 # First parse this directory and extract all images
 112
 113 FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 114   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 115   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 116   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 117   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 118   )
 119
 120 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 121 SET(BLACK_LIST
 122   # Multiframe Papyrus format image
 123   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
 124   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
 125   # any contribution is welcome
 126   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
 127   # From David Clunie's Compresion Dataset
 128   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
 129   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
 130   #Not a Dicom Image, but a RT Object
 131   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm"
 132   #Dicom MPEG image
 133   "ETIAM_video_002.dcm"
 134   #Something stupid occured in the code for LibIDO images.
 135   #I Black list them for a while. JP
 136   "gdcm-ACR-LibIDO.acr"
 137   "LIBIDO-24-ACR_NEMA-Rectangle.dcm"
 138   #16 Bits per pixel images with LUT 16 Bits.
 139   #I wait to be 100% sure before releasing them. JP
 140   "rle16sti.dcm"
 141   "rle16loo.dcm"
 142   # Jasper cannot handle this image, only kakadu so far, unless you patch jasper
 143   # but then it breaks other images...
 144   "CT_Phillips_JPEG2K_Decompr_Problem.dcm"
 145   #
 146   # ------------
 147   #
 148   # I probabely messed up smething with the .png, .tst of
 149   # the images I recently added to the Test Suite
 150   # I Black list them, until I find where is the pb.
 151   "US-RGB-8-esopecho.dcm"
 152   "MR_Philips_Intera_No_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 153   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 154   "MR_SIEMENS_forceLoad29-1010_29-1020.dcm"
 155   # An element contains a value of 4, but no data follows
 156   # So, the next (group, elem) is not correctly read
 157   "gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm"
 158   )
 159
 160 # Create a specific list of dicom files that we know are part of a sequence
 161 SET(SEQ_LIST
 162   "SIEMENS_MAGNETOM-12-MONO2-FileSeq[0-9].dcm"
 163   )
 164
 165 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
 166 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
 167
 168 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 169 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 170 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
 171 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 172   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 173   IF(DCIODVFY_FOUND)
 174     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
 175     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
 176   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
 177   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 178   IF(NOT bad_dicom)
 179     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 180     # SEQ_LIST is a regular expression:
 181     STRING(REGEX MATCH ${SEQ_LIST} is_seq ${filename_temp})
 182     IF(is_seq)
 183       SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 184     ENDIF(is_seq)
 185   ENDIF(NOT bad_dicom)
 186 ENDFOREACH(filename)
 187
 188 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 189 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 190   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 191 )
 192
 193 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
 194 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
 195   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n"
 196 )
 197
 198 #-----------------------------------------------------------------------------
 199 # Trying to solve a bizarre problem when loading shared lib if gdcm is static
 200 # Therefore I disable the test when building SHAREDLIBS
 201 IF(UNIX AND NOT GDCM_BUILD_SHARED_LIBS)
 202   ADD_LIBRARY(dynmodule MODULE dynmodule.cxx)
 203   TARGET_LINK_LIBRARIES(dynmodule gdcm)
 204   ADD_EXECUTABLE(loadmodule loadmodule.cxx )
 205   TARGET_LINK_LIBRARIES(loadmodule gdcm -ldl)
 206   ADD_TEST(loadmodule ${CXX_TEST_PATH}/loadmodule)
 207 ENDIF(UNIX AND NOT GDCM_BUILD_SHARED_LIBS)
 208
 209
 210