]> Creatis software - gdcm.git/blob - Testing/CMakeLists.txt
ENH: Add function declaration for atoi and isdigit
[gdcm.git] / Testing / CMakeLists.txt
1 # CMakeLists for Testing purpose
2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
3
4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
5
6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
7
8 # add test that does not require data:
9 # They usally return if no argument is given
10 SET(TEST_SOURCES
11   TestUtil.cxx
12   TestBug.cxx
13   TestHash.cxx
14   TestTS.cxx
15   TestVR.cxx
16   TestDictGroupName.cxx
17   TestDict.cxx
18   TestWriteSimple.cxx
19   TestImageSet.cxx
20   TestDicomDirElement.cxx
21   TestDicomString.cxx
22   #TestValidate.cxx
23 )
24
25 # add tests that require data
26 IF (GDCM_DATA_ROOT)
27   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
28     TestFileAccessors.cxx
29     TestMakeIcon.cxx
30     TestPrintAllDocument.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
31     #TestAllEntryVerify.cxx           # includes generated gdcmDataImages.h
32     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
33     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h 
34     #TestCopyDicom.cxx                # includes generated gdcmDataImages.h 
35     #    TestCopyRescaleDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h 
36     #TestChangeHeader.cxx
37     #    TestAnonymize.cxx
38     TestDirList.cxx
39     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
40     TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
41     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
42     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory    
43   )
44   # add test that require VTK:
45   IF(GDCM_VTK)
46     IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
47       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
48     ELSE("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
49       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
50         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
51                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
52       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
53       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
54         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
55                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
56       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
57       # Include the VTK library since we know this is going to work
58       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
59
60       INCLUDE_DIRECTORIES(
61         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk/
62       )
63       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
64         VTKTestRead.cxx
65         VTKTestReadSeq.cxx
66         VTKTestWrite.cxx
67         VTKTestWriteSeq.cxx
68       )
69     ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
70   ENDIF(GDCM_VTK)
71 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
72
73
74
75 # include stuff
76 INCLUDE_DIRECTORIES(
77   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src/
78   ${GDCM_BINARY_DIR}/
79 )
80
81 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
82 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
83 IF(GDCM_VTK)
84   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
85 ELSE(GDCM_VTK)
86   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
87 ENDIF(GDCM_VTK)
88
89 SET (TestsToRun ${Tests})
90 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
91
92 # Loop over files and create executables
93 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
94   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
95   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
96 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
97
98 #-----------------------------------------------------------------------------
99
100 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
101 # First parse this directory and extract all images
102
103 IF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
104   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
105     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
106     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
107     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
108     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
109     )
110   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB
111     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.acr"
112     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.dcm"
113     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.nema"
114     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.ima"
115     )
116 ELSE(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)   
117   # Since there is a bug in cmake 1.8.3, I'll have to do two separate globs
118   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR
119     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
120     )
121   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM
122     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
123     )
124   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA
125     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
126     )
127   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA
128     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
129     )
130   SET(GDCM_DATA_IMAGES_GLOB 
131     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR}
132     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA})
133
134   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_ACR
135     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.acr"
136     )
137   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_DCM
138     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.dcm"
139     )
140   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_NEMA
141     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.nema"
142     )
143   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_IMA
144     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.ima"
145     )
146   SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB 
147     ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_DCM} ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_ACR}
148     ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_NEMA} ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_IMA})
149 ENDIF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)   
150
151 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
152 SET(BLACK_LIST
153   
154   # Multiframe Papyrus format image
155   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
156   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
157   # any contribution is welcome
158   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
159   # From David Clunie's Compresion Dataset  
160   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
161   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
162   #Not a Dicom Image, but a RT Object
163   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm" 
164   #Dicom MPEG image
165   "ETIAM_video_002.dcm"
166   #Something stupid occured in the code for LibIDO images.
167   #I Black list them for a while. JP
168   "gdcm-ACR-LibIDO.acr"
169   "LIBIDO-24-ACR_NEMA-Rectangle.dcm"
170   #16 Bits per pixel images with LUT 16 Bits.
171   #I wait to be 100% sure before releasing them. JP
172   "rle16sti.dcm"
173   "rle16loo.dcm"   
174   )
175
176 # Don't understand why jasper is segfaulting with borland...I bet a borland bug
177 IF(BORLAND)
178   SET(BLACK_LIST
179     ${BLACK_LIST}
180     "D_CLUNIE_CT1_J2KR.dcm"
181     "D_CLUNIE_CT1_J2KI.dcm"
182     )
183 ENDIF(BORLAND)
184
185 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
186 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
187
188 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
189 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
190 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
191   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
192   IF(DCIODVFY_FOUND)
193     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
194     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
195   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
196   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
197   IF(NOT bad_dicom)
198     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
199   ENDIF(NOT bad_dicom)
200 ENDFOREACH(filename)
201
202 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
203 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB})
204   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
205   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
206   IF(NOT bad_dicom)
207     STRING(REGEX REPLACE "(.*)FileSeq0(.*)" "\\1FileSeq%d\\2" filename_temp2 ${filename_temp})
208
209     SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp2}\",")
210   ENDIF(NOT bad_dicom)
211 ENDFOREACH(filename)
212
213 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
214 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
215   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n" 
216 )
217
218 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
219 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
220   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n" 
221 )