Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestEmpty.cxx
  12   TestUtil.cxx
  13   TestBug.cxx
  14   TestHash.cxx
  15   TestCommand.cxx
  16   TestTS.cxx
  17   TestVR.cxx
  18   TestDictGroupName.cxx
  19   TestDict.cxx
  20   TestDataEntry.cxx
  21   TestWriteSimple.cxx
  22   TestImageSet.cxx
  23   TestDicomDirElement.cxx
  24   TestDicomString.cxx
  25   TestEnumVR.cxx
  26   TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
  27 )
  28 IF(UNIX)
  29   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  30     #TestInline.cxx
  31   )
  32 ENDIF(UNIX)
  33
  34 # add tests that require data
  35 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  36   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  37     TestFileAccessors.cxx
  38     TestMakeIcon.cxx
  39     TestLoadAllDocumentsNoPrivNoSeq.cxx # includes generated gdcmDataImages.h
  40     #TestLoadAllDocumentsNoShadow.cxx   # includes generated gdcmDataImages.h
  41     TestPrintAllDocument.cxx            # includes generated gdcmDataImages.h
  42     #TestAllEntryVerify.cxx             # includes generated gdcmDataImages.h
  43     TestAllReadCompareDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  44     TestReadWriteReadCompare.cxx        # includes generated gdcmDataImages.h
  45     #TestCopyDicom.cxx                  # includes generated gdcmDataImages.h
  46     #    TestCopyRescaleDicom.cxx       # includes generated gdcmDataImages.h
  47     #TestChangeHeader.cxx
  48     #    TestAnonymize.cxx
  49     TestDirList.cxx
  50     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
  51
  52     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
  53     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory
  54     TestAllVM.cxx
  55     TestValidate.cxx                 #Just to have on overviews of oddities ...
  56   )
  57   # add test that require VTK:
  58   IF(GDCM_VTK)
  59     IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  60       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
  61     ELSE("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  62       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  63         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  64                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  65       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  66       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  67         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  68                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  69       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  70       # Include the VTK library since we know this is going to work
  71       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
  72
  73       INCLUDE_DIRECTORIES(
  74         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk
  75       )
  76       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  77         VTKTestRead.cxx
  78         VTKTestReadSeq.cxx
  79         VTKTestWrite.cxx
  80         VTKTestWriteSeq.cxx
  81       )
  82     ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  83   ENDIF(GDCM_VTK)
  84 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  85
  86
  87
  88 # include stuff
  89 INCLUDE_DIRECTORIES(
  90   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src
  91   ${GDCM_BINARY_DIR}
  92 )
  93
  94 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  95 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  96 IF(GDCM_VTK)
  97   IF(GDCM_DATA_ROOT)
  98     TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  99   ELSE(GDCM_DATA_ROOT)
 100     TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
 101   ENDIF(GDCM_DATA_ROOT)
 102 ELSE(GDCM_VTK)
 103   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
 104 ENDIF(GDCM_VTK)
 105
 106 SET (TestsToRun ${Tests})
 107 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
 108
 109 # Loop over files and create executables
 110 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
 111   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
 112   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
 113 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
 114
 115 #-----------------------------------------------------------------------------
 116
 117 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
 118 # First parse this directory and extract all images
 119
 120 FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 121   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 122   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 123   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 124   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 125   )
 126
 127 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 128 SET(BLACK_LIST
 129   # Multiframe Papyrus format image
 130   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
 131   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
 132   # any contribution is welcome
 133   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
 134   # From David Clunie's Compresion Dataset
 135   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
 136   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
 137   #Not a Dicom Image, but a RT Object
 138   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm"
 139   #Dicom MPEG image
 140   "ETIAM_video_002.dcm"
 141   #Something stupid occured in the code for LibIDO images.
 142   #I Black list them for a while. JP
 143   #"gdcm-ACR-LibIDO.acr"
 144   "LIBIDO-24-ACR_NEMA-Rectangle.dcm"
 145   #16 Bits per pixel images with LUT 16 Bits.
 146   #I wait to be 100% sure before releasing them. JP
 147   "rle16sti.dcm"
 148   "rle16loo.dcm"
 149   # Jasper cannot handle this image, only kakadu so far, unless you patch jasper
 150   # but then it breaks other images...
 151   "CT_Phillips_JPEG2K_Decompr_Problem.dcm"
 152   #
 153   # ------------
 154   #
 155   #Still cause troubles (see the .README.txt file for more details)
 156   "MR_Philips_Intera_in_SQ_2001_e05f_item_wrong_lgt_use_NOSHADOWSEQ.dcm"
 157   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceExplicitVR.dcm"
 158   #The 2 previous images are identical !
 159   #--> Replaced by more significant name
 160   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceExplicitVR_in_SQ_2001_e05f_item_wrong_lgt_use_NOSHADOWSEQ.dcm"
 161
 162   #hexedit shows something *very* strange around offset 0x76e !
 163   #the images looks *over*corrupted (on disc, not from the manufacturer!)
 164   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 165
 166   # Seems this one hangs on 64 bits processors ?!?
 167   # I blacklist it untill the pb is solved.
 168   # (to get some more green on the Dasboards)
 169   "MR_Philips-Intera_BreaksNOSHADOW.dcm"
 170   )
 171
 172 # Create a specific list of dicom files that we know are part of a sequence
 173 SET(SEQ_LIST
 174   "SIEMENS_MAGNETOM-12-MONO2-FileSeq[0-9].dcm"
 175   )
 176
 177 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
 178 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
 179
 180 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 181 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 182 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
 183 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 184   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 185   IF(DCIODVFY_FOUND)
 186     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
 187     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
 188   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
 189   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 190   IF(NOT bad_dicom)
 191     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 192     # SEQ_LIST is a regular expression:
 193     STRING(REGEX MATCH ${SEQ_LIST} is_seq ${filename_temp})
 194     IF(is_seq)
 195       SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 196     ENDIF(is_seq)
 197   ENDIF(NOT bad_dicom)
 198 ENDFOREACH(filename)
 199
 200 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 201 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 202   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 203 )
 204
 205 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
 206 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
 207   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n"
 208 )
 209
 210 #-----------------------------------------------------------------------------
 211 # Trying to solve a bizarre problem when loading shared lib if gdcm is static
 212 # Therefore I disable the test when building SHAREDLIBS
 213 IF(UNIX AND NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 214   ADD_LIBRARY(dynmodule MODULE dynmodule.cxx)
 215   TARGET_LINK_LIBRARIES(dynmodule gdcm)
 216   ADD_EXECUTABLE(loadmodule loadmodule.cxx )
 217   TARGET_LINK_LIBRARIES(loadmodule gdcm -ldl)
 218   ADD_TEST(loadmodule ${CXX_TEST_PATH}/loadmodule)
 219 ENDIF(UNIX AND NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 220
 221
 222 #-----------------------------------------------------------------------------
 223 # Do the build against an installed gdcm
 224 SET(GDCM_TEST_INSTALL_LEFT "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}")
 225 SET(GDCM_TEST_INSTALL_RIGHT "${GDCM_BINARY_DIR}/InstallTest/Root")
 226 STRING(COMPARE EQUAL "${GDCM_TEST_INSTALL_LEFT}" "${GDCM_TEST_INSTALL_RIGHT}"
 227   GDCM_TEST_INSTALL)
 228 IF(GDCM_TEST_INSTALL)
 229   ADD_TEST(Install
 230     ${CMAKE_CTEST_COMMAND}
 231     #  ${GDCM_INSTALL_TEST_CONFIG_TYPE}
 232     --build-and-test ${CMAKE_SOURCE_DIR} ${CMAKE_BINARY_DIR}
 233     --build-generator ${CMAKE_GENERATOR}
 234     --build-project GDCM
 235     --build-makeprogram ${CMAKE_MAKE_PROGRAM}
 236     --build-noclean
 237     --build-target install)
 238 ENDIF(GDCM_TEST_INSTALL)
 239