Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestUtil.cxx
  12   TestBug.cxx
  13   TestHash.cxx
  14   TestTS.cxx
  15   TestVR.cxx
  16   TestDictGroupName.cxx
  17   TestDict.cxx
  18   TestWriteSimple.cxx
  19   TestImageSet.cxx
  20   TestDicomDirElement.cxx
  21   TestDicomString.cxx
  22   #TestValidate.cxx
  23 )
  24
  25 # add tests that require data
  26 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  27   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  28     TestFileAccessors.cxx
  29     TestMakeIcon.cxx
  30     TestPrintAllDocument.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  31     #TestAllEntryVerify.cxx           # includes generated gdcmDataImages.h
  32     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
  33     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h
  34     #TestCopyDicom.cxx                # includes generated gdcmDataImages.h
  35     #    TestCopyRescaleDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  36     #TestChangeHeader.cxx
  37     #    TestAnonymize.cxx
  38     TestDirList.cxx
  39     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
  40     TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
  41     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
  42     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory
  43   )
  44   # add test that require VTK:
  45   IF(GDCM_VTK)
  46     IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  47       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
  48     ELSE("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  49       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  50         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  51                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  52       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  53       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  54         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  55                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  56       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  57       # Include the VTK library since we know this is going to work
  58       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
  59
  60       INCLUDE_DIRECTORIES(
  61         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk/
  62       )
  63       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  64         VTKTestRead.cxx
  65         VTKTestReadSeq.cxx
  66         VTKTestWrite.cxx
  67         VTKTestWriteSeq.cxx
  68       )
  69     ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  70   ENDIF(GDCM_VTK)
  71 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  72
  73
  74
  75 # include stuff
  76 INCLUDE_DIRECTORIES(
  77   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src/
  78   ${GDCM_BINARY_DIR}/
  79 )
  80
  81 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  82 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  83 IF(GDCM_VTK)
  84   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  85 ELSE(GDCM_VTK)
  86   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
  87 ENDIF(GDCM_VTK)
  88
  89 SET (TestsToRun ${Tests})
  90 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
  91
  92 # Loop over files and create executables
  93 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  94   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
  95   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
  96 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  97
  98 #-----------------------------------------------------------------------------
  99
 100 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
 101 # First parse this directory and extract all images
 102
 103 FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 104   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 105   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 106   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 107   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 108   )
 109
 110 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 111 SET(BLACK_LIST
 112   # Multiframe Papyrus format image
 113   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
 114   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
 115   # any contribution is welcome
 116   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
 117   # From David Clunie's Compresion Dataset
 118   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
 119   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
 120   #Not a Dicom Image, but a RT Object
 121   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm"
 122   #Dicom MPEG image
 123   "ETIAM_video_002.dcm"
 124   #Something stupid occured in the code for LibIDO images.
 125   #I Black list them for a while. JP
 126   "gdcm-ACR-LibIDO.acr"
 127   "LIBIDO-24-ACR_NEMA-Rectangle.dcm"
 128   #16 Bits per pixel images with LUT 16 Bits.
 129   #I wait to be 100% sure before releasing them. JP
 130   "rle16sti.dcm"
 131   "rle16loo.dcm"
 132   # Jasper cannot handle this image, only kakadu so far, unless you patch jasper
 133   # but then it breaks other images...
 134   "CT_Phillips_JPEG2K_Decompr_Problem.dcm"
 135   #
 136   # ------------
 137   #
 138   # I probabely messed up smething with the .png, .tst of
 139   # the images I recently added to the Test Suite
 140   # I Black list them, untill I find where is the pb.
 141   "US-RGB-8-esopecho.dcm"
 142   "MR_Philips_Intera_No_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 143   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 144   "MR_SIEMENS_forceLoad29-1010_29-1020.dcm"
 145   )
 146
 147 # Create a specific list of dicom files that we know are part of a sequence
 148 SET(SEQ_LIST
 149   "SIEMENS_MAGNETOM-12-MONO2-FileSeq[0-9].dcm"
 150   )
 151
 152 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
 153 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
 154
 155 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 156 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 157 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
 158 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 159   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 160   IF(DCIODVFY_FOUND)
 161     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
 162     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
 163   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
 164   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 165   IF(NOT bad_dicom)
 166     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 167     # SEQ_LIST is a regular expression:
 168     STRING(REGEX MATCH ${SEQ_LIST} is_seq ${filename_temp})
 169     IF(is_seq)
 170       SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 171     ENDIF(is_seq)
 172   ENDIF(NOT bad_dicom)
 173 ENDFOREACH(filename)
 174
 175 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 176 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 177   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 178 )
 179
 180 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
 181 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
 182   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n"
 183 )