Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestUtil.cxx
  12   TestBug.cxx
  13   TestHash.cxx
  14   TestTS.cxx
  15   TestVR.cxx
  16   TestDictGroupName.cxx
  17   TestDict.cxx
  18   TestWriteSimple.cxx
  19   TestImageSet.cxx
  20   TestDicomDirElement.cxx
  21   TestDicomString.cxx
  22 )
  23
  24 # add tests that require data
  25 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  26   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  27     TestFileAccessors.cxx
  28     TestMakeIcon.cxx
  29     TestPrintAllDocument.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  30     #TestAllEntryVerify.cxx           # includes generated gdcmDataImages.h
  31     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
  32     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h
  33     #TestCopyDicom.cxx                # includes generated gdcmDataImages.h
  34     #    TestCopyRescaleDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  35     #TestChangeHeader.cxx
  36     #    TestAnonymize.cxx
  37     TestDirList.cxx
  38     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
  39     TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
  40     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
  41     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory
  42   )
  43   # add test that require VTK:
  44   IF(GDCM_VTK)
  45     IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  46       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
  47     ELSE("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  48       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  49         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  50                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  51       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  52       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  53         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  54                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  55       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  56       # Include the VTK library since we know this is going to work
  57       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
  58
  59       INCLUDE_DIRECTORIES(
  60         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk/
  61       )
  62       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  63         VTKTestRead.cxx
  64         VTKTestReadSeq.cxx
  65         VTKTestWrite.cxx
  66         VTKTestWriteSeq.cxx
  67       )
  68     ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  69   ENDIF(GDCM_VTK)
  70 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  71
  72
  73
  74 # include stuff
  75 INCLUDE_DIRECTORIES(
  76   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src/
  77   ${GDCM_BINARY_DIR}/
  78 )
  79
  80 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  81 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  82 IF(GDCM_VTK)
  83   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  84 ELSE(GDCM_VTK)
  85   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
  86 ENDIF(GDCM_VTK)
  87
  88 SET (TestsToRun ${Tests})
  89 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
  90
  91 # Loop over files and create executables
  92 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  93   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
  94   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
  95 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  96
  97 #-----------------------------------------------------------------------------
  98
  99 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
 100 # First parse this directory and extract all images
 101
 102 IF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
 103   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 104     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 105     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 106     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 107     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 108     )
 109   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB
 110     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.acr"
 111     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.dcm"
 112     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.nema"
 113     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.ima"
 114     )
 115 ELSE(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
 116   # Since there is a bug in cmake 1.8.3, I'll have to do two separate globs
 117   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR
 118     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 119     )
 120   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM
 121     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 122     )
 123   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA
 124     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 125     )
 126   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA
 127     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 128     )
 129   SET(GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 130     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR}
 131     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA})
 132
 133   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_ACR
 134     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.acr"
 135     )
 136   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_DCM
 137     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.dcm"
 138     )
 139   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_NEMA
 140     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.nema"
 141     )
 142   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_IMA
 143     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.ima"
 144     )
 145   SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB
 146     ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_DCM} ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_ACR}
 147     ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_NEMA} ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_IMA})
 148 ENDIF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
 149
 150 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 151 SET(BLACK_LIST
 152
 153   # Multiframe Papyrus format image
 154   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
 155   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
 156   # any contribution is welcome
 157   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
 158   # From David Clunie's Compresion Dataset
 159   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
 160   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
 161   #Not a Dicom Image, but a RT Object
 162   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm"
 163   #Dicom MPEG image
 164   "ETIAM_video_002.dcm"
 165   )
 166
 167 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
 168 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
 169
 170 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 171 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 172 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 173   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 174   IF(DCIODVFY_FOUND)
 175     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
 176     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
 177   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
 178   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 179   IF(NOT bad_dicom)
 180     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 181   ENDIF(NOT bad_dicom)
 182 ENDFOREACH(filename)
 183
 184 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
 185 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB})
 186   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 187   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 188   IF(NOT bad_dicom)
 189     STRING(REGEX REPLACE "(.*)FileSeq0(.*)" "\\1FileSeq%d\\2" filename_temp2 ${filename_temp})
 190
 191     SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp2}\",")
 192   ENDIF(NOT bad_dicom)
 193 ENDFOREACH(filename)
 194
 195 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 196 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 197   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 198 )
 199
 200 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
 201 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
 202   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n"
 203 )