Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestEmpty.cxx
  12   TestUtil.cxx
  13   TestBug.cxx
  14   TestHash.cxx
  15   TestCommand.cxx
  16   TestTS.cxx
  17   TestVR.cxx
  18   TestDictGroupName.cxx
  19   TestDict.cxx
  20   TestDataEntry.cxx
  21   TestWriteSimple.cxx
  22   TestImageSet.cxx
  23   TestDicomDirElement.cxx
  24   TestDicomString.cxx
  25   TestEnumVR.cxx
  26   TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
  27 )
  28 IF(UNIX)
  29   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  30     #TestInline.cxx
  31   )
  32 ENDIF(UNIX)
  33
  34 # add tests that require data
  35 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  36   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  37     TestFileAccessors.cxx
  38     TestMakeIcon.cxx
  39     TestLoadAllDocumentsNoPrivNoSeq.cxx # includes generated gdcmDataImages.h
  40     #TestLoadAllDocumentsNoShadow.cxx   # includes generated gdcmDataImages.h
  41     TestPrintAllDocument.cxx            # includes generated gdcmDataImages.h
  42     #TestAllEntryVerify.cxx             # includes generated gdcmDataImages.h
  43     #TestAllReadCompareDicom.cxx        # includes generated gdcmDataImages.h
  44     TestReadWriteReadCompare.cxx        # includes generated gdcmDataImages.h
  45     TestReadWriteJPEGReadCompare.cxx    # includes generated gdcmDataImages.h
  46     #TestReadWriteJPEG2000ReadCompare.cxx # includes generated gdcmDataImages.h
  47
  48     #TestCopyDicom.cxx                  # includes generated gdcmDataImages.h
  49     #    TestCopyRescaleDicom.cxx       # includes generated gdcmDataImages.h
  50     #TestChangeHeader.cxx
  51     #    TestAnonymize.cxx
  52     TestDirList.cxx
  53     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
  54
  55     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
  56     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory
  57     TestAllVM.cxx
  58     TestValidate.cxx                 #Just to have on overviews of oddities ...
  59   )
  60   # add test that require VTK:
  61   IF(GDCM_VTK)
  62     IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  63       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
  64     ELSE("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  65       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  66         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  67                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  68       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  69       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  70         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  71                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  72       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  73       # Include the VTK library since we know this is going to work
  74       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
  75
  76       INCLUDE_DIRECTORIES(
  77         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk
  78       )
  79       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  80         VTKTestRead.cxx
  81         VTKTestReadSeq.cxx
  82         VTKTestWrite.cxx
  83         VTKTestWriteSeq.cxx
  84       )
  85     ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  86   ENDIF(GDCM_VTK)
  87 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  88
  89
  90
  91 # include stuff
  92 INCLUDE_DIRECTORIES(
  93   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src
  94   ${GDCM_BINARY_DIR}
  95 )
  96
  97 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  98 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  99 IF(GDCM_VTK)
 100   IF(GDCM_DATA_ROOT)
 101     TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
 102   ELSE(GDCM_DATA_ROOT)
 103     TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
 104   ENDIF(GDCM_DATA_ROOT)
 105 ELSE(GDCM_VTK)
 106   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
 107 ENDIF(GDCM_VTK)
 108
 109 SET (TestsToRun ${Tests})
 110 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
 111
 112 # Loop over files and create executables
 113 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
 114   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
 115   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
 116 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
 117
 118 #-----------------------------------------------------------------------------
 119
 120 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
 121 # First parse this directory and extract all images
 122
 123 FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 124   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 125   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 126   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 127   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 128   )
 129
 130 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 131 SET(BLACK_LIST
 132   # Multiframe Papyrus format image
 133   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
 134   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
 135   # any contribution is welcome
 136   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
 137   # From David Clunie's Compresion Dataset
 138   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
 139   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
 140   #Not a Dicom Image, but a RT Object
 141   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm"
 142   #Dicom MPEG image
 143   "ETIAM_video_002.dcm"
 144   #Something stupid occured in the code for LibIDO images.
 145   #I Black list them for a while. JP
 146   #"gdcm-ACR-LibIDO.acr"
 147   "LIBIDO-24-ACR_NEMA-Rectangle.dcm"
 148   #16 Bits per pixel images with LUT 16 Bits.
 149   #I wait to be 100% sure before releasing them. JP
 150   "rle16sti.dcm"
 151   "rle16loo.dcm"
 152   # Jasper cannot handle this image, only kakadu so far, unless you patch jasper
 153   # but then it breaks other images...
 154   "CT_Phillips_JPEG2K_Decompr_Problem.dcm"
 155
 156   #RTDOSE, 32 bits image : cannot be compressed
 157   #"RTDOSE.dcm"
 158
 159   #
 160   # ------------
 161   #
 162   #Still cause troubles (see the .README.txt file for more details)
 163   "MR_Philips_Intera_in_SQ_2001_e05f_item_wrong_lgt_use_NOSHADOWSEQ.dcm"
 164   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceExplicitVR.dcm"
 165   #The 2 previous images are identical !
 166   #--> Replaced by more significant name
 167   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceExplicitVR_in_SQ_2001_e05f_item_wrong_lgt_use_NOSHADOWSEQ.dcm"
 168
 169   #hexedit shows something *very* strange around offset 0x76e !
 170   #the images looks *over*corrupted (on disc, not from the manufacturer!)
 171   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 172
 173   # Seems this one hangs on 64 bits processors ?!?
 174   # I blacklist it untill the pb is solved.
 175   # (to get some more green on the Dasboards)
 176   "MR_Philips-Intera_BreaksNOSHADOW.dcm"
 177   )
 178
 179 # Create a specific list of dicom files that we know are part of a sequence
 180 SET(SEQ_LIST
 181   "SIEMENS_MAGNETOM-12-MONO2-FileSeq[0-9].dcm"
 182   )
 183
 184 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
 185 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
 186
 187 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 188 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 189 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
 190 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 191   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 192   IF(DCIODVFY_FOUND)
 193     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
 194     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
 195   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
 196   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 197   IF(NOT bad_dicom)
 198     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 199     # SEQ_LIST is a regular expression:
 200     STRING(REGEX MATCH ${SEQ_LIST} is_seq ${filename_temp})
 201     IF(is_seq)
 202       SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 203     ENDIF(is_seq)
 204   ENDIF(NOT bad_dicom)
 205 ENDFOREACH(filename)
 206
 207 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 208 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 209   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 210 )
 211
 212 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
 213 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
 214   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n"
 215 )
 216
 217 #-----------------------------------------------------------------------------
 218 # Trying to solve a bizarre problem when loading shared lib if gdcm is static
 219 # Therefore I disable the test when building SHAREDLIBS
 220 IF(UNIX AND NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 221   ADD_LIBRARY(dynmodule MODULE dynmodule.cxx)
 222   TARGET_LINK_LIBRARIES(dynmodule gdcm)
 223   ADD_EXECUTABLE(loadmodule loadmodule.cxx )
 224   TARGET_LINK_LIBRARIES(loadmodule gdcm -ldl)
 225   ADD_TEST(loadmodule ${CXX_TEST_PATH}/loadmodule)
 226 ENDIF(UNIX AND NOT BUILD_SHARED_LIBS)
 227
 228
 229 #-----------------------------------------------------------------------------
 230 # Do the build against an installed gdcm
 231 SET(GDCM_TEST_INSTALL_LEFT "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}")
 232 SET(GDCM_TEST_INSTALL_RIGHT "${GDCM_BINARY_DIR}/InstallTest/Root")
 233 STRING(COMPARE EQUAL "${GDCM_TEST_INSTALL_LEFT}" "${GDCM_TEST_INSTALL_RIGHT}"
 234   GDCM_TEST_INSTALL)
 235 IF(GDCM_TEST_INSTALL)
 236   ADD_TEST(Install
 237     ${CMAKE_CTEST_COMMAND}
 238     #  ${GDCM_INSTALL_TEST_CONFIG_TYPE}
 239     --build-and-test ${CMAKE_SOURCE_DIR} ${CMAKE_BINARY_DIR}
 240     --build-generator ${CMAKE_GENERATOR}
 241     --build-project GDCM
 242     --build-makeprogram ${CMAKE_MAKE_PROGRAM}
 243     --build-noclean
 244     --build-target install)
 245 ENDIF(GDCM_TEST_INSTALL)
 246