Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestUtil.cxx
  12   TestBug.cxx
  13   TestHash.cxx
  14   TestTS.cxx
  15   TestVR.cxx
  16   TestDictGroupName.cxx
  17   TestDict.cxx
  18   TestWriteSimple.cxx
  19   TestImageSet.cxx
  20   TestDicomDirElement.cxx
  21   TestDicomString.cxx
  22 )
  23
  24 # add tests that require data
  25 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  26   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  27     TestFileAccessors.cxx
  28     TestMakeIcon.cxx
  29     TestPrintAllDocument.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  30     TestAllEntryVerify.cxx           # includes generated gdcmDataImages.h
  31     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
  32     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h
  33     #TestCopyDicom.cxx                # includes generated gdcmDataImages.h
  34     TestCopyRescaleDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  35     #TestChangeHeader.cxx
  36     TestAnonymize.cxx
  37     TestDirList.cxx
  38     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
  39     TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
  40     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
  41     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory
  42   )
  43   # add test that require VTK:
  44   IF(GDCM_VTK)
  45     IF(${VTK_MAJOR_VERSION} LESS 4)
  46       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
  47     ELSE(${VTK_MAJOR_VERSION} LESS 4)
  48       IF(${VTK_MAJOR_VERSION} EQUAL 4 AND ${VTK_MINOR_VERSION} EQUAL 4 AND ${VTK_BUILD_VERSION} LESS 3)
  49         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  50                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  51       ENDIF(${VTK_MAJOR_VERSION} EQUAL 4 AND ${VTK_MINOR_VERSION} EQUAL 4 AND ${VTK_BUILD_VERSION} LESS 3)
  52       # Include the VTK library since we know this is going to work
  53       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
  54
  55       INCLUDE_DIRECTORIES(
  56         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk/
  57       )
  58       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  59         VTKTestRead.cxx
  60         VTKTestReadSeq.cxx
  61         VTKTestWrite.cxx
  62         VTKTestWriteSeq.cxx
  63       )
  64     ENDIF(${VTK_MAJOR_VERSION} LESS 4)
  65   ENDIF(GDCM_VTK)
  66 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  67
  68
  69
  70 # include stuff
  71 INCLUDE_DIRECTORIES(
  72   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src/
  73   ${GDCM_BINARY_DIR}/
  74 )
  75
  76 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  77 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  78 IF(GDCM_VTK)
  79   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  80 ELSE(GDCM_VTK)
  81   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
  82 ENDIF(GDCM_VTK)
  83
  84 SET (TestsToRun ${Tests})
  85 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
  86
  87 # Loop over files and create executables
  88 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  89   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
  90   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
  91 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  92
  93 #-----------------------------------------------------------------------------
  94
  95 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
  96 # First parse this directory and extract all images
  97
  98 IF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
  99   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 100     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 101     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 102     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 103     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 104     )
 105   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB
 106     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.acr"
 107     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.dcm"
 108     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.nema"
 109     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.ima"
 110     )
 111 ELSE(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
 112   # Since there is a bug in cmake 1.8.3, I'll have to do two separate globs
 113   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR
 114     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 115     )
 116   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM
 117     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 118     )
 119   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA
 120     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 121     )
 122   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA
 123     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 124     )
 125   SET(GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 126     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR}
 127     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA})
 128
 129   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_ACR
 130     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.acr"
 131     )
 132   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_DCM
 133     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.dcm"
 134     )
 135   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_NEMA
 136     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.nema"
 137     )
 138   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_IMA
 139     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.ima"
 140     )
 141   SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB
 142     ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_DCM} ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_ACR}
 143     ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_NEMA} ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_IMA})
 144 ENDIF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
 145
 146 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 147 SET(BLACK_LIST
 148
 149   # Multiframe Papyrus format image
 150   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
 151   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
 152   # any contribution is welcome
 153   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
 154   # From David Clunie's Compresion Dataset
 155   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
 156   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
 157   "D_CLUNIE_CT1_J2KR.dcm"
 158   "D_CLUNIE_CT1_J2KI.dcm"
 159   #Not a Dicom Image, but a RT Object
 160   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm"
 161   #Dicom MPEG image
 162   "ETIAM_video_002.dcm"
 163   )
 164
 165 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
 166 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
 167
 168 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 169 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 170 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 171   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 172   IF(DCIODVFY_FOUND)
 173     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
 174     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
 175   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
 176   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 177   IF(NOT bad_dicom)
 178     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 179   ENDIF(NOT bad_dicom)
 180 ENDFOREACH(filename)
 181
 182 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
 183 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB})
 184   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 185   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 186   IF(NOT bad_dicom)
 187     STRING(REGEX REPLACE "(.*)FileSeq0(.*)" "\\1FileSeq%d\\2" filename_temp2 ${filename_temp})
 188
 189     SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp2}\",")
 190   ENDIF(NOT bad_dicom)
 191 ENDFOREACH(filename)
 192
 193 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 194 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 195   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 196 )
 197
 198 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
 199 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
 200   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n"
 201 )