Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestUtil.cxx
  12   TestBug.cxx
  13   TestHash.cxx
  14   TestTS.cxx
  15   TestVR.cxx
  16   TestDicomDirElement.cxx
  17   TestDicomString.cxx
  18   TestDict.cxx
  19   TestWriteSimple.cxx
  20 )
  21
  22 # add tests that require data
  23 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  24   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  25     TestSerieHeader                  # uses gdcmData as a default root directory
  26     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h
  27     PrintAllDocument.cxx             # includes generated gdcmDataImages.h
  28     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
  29     TestAllEntryVerify.cxx           # includes generated gdcmDataImages.h
  30     #TestChangeHeader.cxx
  31     TestCopyDicom.cxx                # includes generated gdcmDataImages.h
  32     TestCopyRescaleDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  33     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
  34     BuildUpDicomDir.cxx              # writes a file named "NewDICOMDIR"
  35     makeDicomDir.cxx                 # writes a file named "NewDICOMDIR"
  36     TestDirList.cxx
  37   )
  38   # add test that require VTK:
  39   IF(GDCM_VTK)
  40     # Include the VTK library
  41     INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
  42
  43     INCLUDE_DIRECTORIES(
  44       ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk/
  45       )
  46     SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  47       VTKTestRead.cxx
  48       VTKTestReadSeq.cxx
  49       VTKTestWrite.cxx
  50       )
  51   ENDIF(GDCM_VTK)
  52 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  53
  54
  55
  56 # include stuff
  57 INCLUDE_DIRECTORIES(
  58   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src/
  59   ${GDCM_BINARY_DIR}/
  60 )
  61
  62 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  63 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  64 IF(GDCM_VTK)
  65   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  66 ELSE(GDCM_VTK)
  67   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
  68 ENDIF(GDCM_VTK)
  69
  70 SET (TestsToRun ${Tests})
  71 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
  72
  73 # Loop over files and create executables
  74 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  75   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
  76 #  IF (GDCM_DATA_ROOT)
  77 #    ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name}
  78 #        -D ${GDCM_DATA_ROOT}
  79 #        -T ${GDCM_BINARY_DIR}/Testing/Temporary
  80 #        -V Baseline/gdcm/${name}.png)
  81 #  ELSE (GDCM_DATA_ROOT)
  82     ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
  83 #  ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  84 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  85
  86 #-----------------------------------------------------------------------------
  87
  88 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
  89 # First parse this directory and extract all images
  90
  91 IF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
  92   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
  93     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
  94     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
  95     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
  96     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
  97     )
  98   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB
  99     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.acr"
 100     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.dcm"
 101     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.nema"
 102     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.ima"
 103     )
 104 ELSE(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
 105   # Since there is a bug in cmake 1.8.3, I'll have to do two separate globs
 106   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR
 107     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 108     )
 109   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM
 110     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 111     )
 112   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA
 113     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 114     )
 115   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA
 116     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 117     )
 118   SET(GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 119     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR}
 120     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA})
 121
 122   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_ACR
 123     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.acr"
 124     )
 125   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_DCM
 126     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.dcm"
 127     )
 128   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_NEMA
 129     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.nema"
 130     )
 131   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_IMA
 132     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.ima"
 133     )
 134   SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB
 135     ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_DCM} ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_ACR}
 136     ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_NEMA} ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_IMA})
 137 ENDIF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
 138
 139 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 140 SET(BLACK_LIST
 141   # serial killer (also segfaults vtkgdcmViewer, but NOT PrintFile)
 142   #"gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm"
 143
 144   # Mathieu: temporarily remove as it kills my gnome session (but not kde)
 145   # JPR: also breaks TestReadWriteReadCompare : Pixel differ (as expanded
 146   #      in memory)
 147   #"KODAK-12-MONO1-Odd_Terminated_Sequence.dcm"
 148
 149   # Multiframe Papyrus format image
 150   # Just to remember this format exist, and is gdcm::Header compliant
 151   # (NOT gdcm::File ...)
 152   # any contribution is welcome
 153   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
 154   )
 155
 156
 157 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
 158 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/FindDicom3Tools.cmake)
 159
 160 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 161 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 162 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 163   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 164   IF(DCIODVFY_FOUND)
 165     ADD_TEST("Clunie-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
 166   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
 167   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 168   IF(NOT bad_dicom)
 169     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 170   ENDIF(NOT bad_dicom)
 171 ENDFOREACH(filename)
 172
 173 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
 174 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB})
 175   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 176   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 177   IF(NOT bad_dicom)
 178     STRING(REGEX REPLACE "(.*)FileSeq0(.*)" "\\1FileSeq%d\\2" filename_temp2 ${filename_temp})
 179
 180     SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp2}\",")
 181   ENDIF(NOT bad_dicom)
 182 ENDFOREACH(filename)
 183
 184 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 185 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 186   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 187   )
 188
 189 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
 190 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
 191   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n"
 192   )