Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestBug.cxx
  12   TestHash.cxx
  13 )
  14
  15 # add tests that require data
  16 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  17   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  18     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h
  19     PrintAllDocument.cxx             # includes generated gdcmDataImages.h
  20     PrintDicomDir.cxx
  21     TestChangeHeader.cxx
  22     TestDicomDir.cxx      #require DICOMDIR
  23     BuildUpDicomDir.cxx
  24     makeDicomDir.cxx
  25   )
  26   # add test that require VTK:
  27   IF(GDCM_VTK)
  28     INCLUDE_DIRECTORIES(
  29       ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk/
  30       )
  31     SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  32       ShowDicom.cxx
  33       )
  34   ENDIF(GDCM_VTK)
  35 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  36
  37
  38
  39 # include stuff
  40 INCLUDE_DIRECTORIES(
  41   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src/
  42   ${GDCM_BINARY_DIR}/
  43 )
  44
  45 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  46 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  47 IF(GDCM_VTK)
  48   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  49 ELSE(GDCM_VTK)
  50   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
  51 ENDIF(GDCM_VTK)
  52
  53 SET (TestsToRun ${Tests})
  54 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
  55
  56 # Loop over files and create executables
  57 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  58   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
  59 #  IF (GDCM_DATA_ROOT)
  60 #    ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name}
  61 #        -D ${GDCM_DATA_ROOT}
  62 #        -T ${GDCM_BINARY_DIR}/Testing/Temporary
  63 #        -V Baseline/gdcm/${name}.png)
  64 #  ELSE (GDCM_DATA_ROOT)
  65     ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
  66 #  ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  67 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  68
  69 #-----------------------------------------------------------------------------
  70
  71 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
  72 # First parse this directory and extract all images
  73
  74 IF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
  75   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
  76     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
  77     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
  78 #    "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
  79     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
  80     )
  81 ELSE(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
  82   # Since there is a bug in cmake 1.8.3, I'll have to do two separate globs
  83   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR
  84     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
  85     )
  86   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM
  87     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
  88     )
  89   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA
  90 #    "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
  91     )
  92   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA
  93     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
  94     )
  95   SET(GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
  96     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR}
  97     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA})
  98   #SET(GDCM_DATA_IMAGES_GLOB  ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR})
  99 ENDIF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
 100
 101 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 102 SET(BLACK_LIST
 103   "gdcm-JPEG-LossLessThoravision.dcm" # serial killer
 104   "cr172241.dcm"           #temporarily remove as it kills my gnome session
 105                            # (but not kde)
 106   "emptyImage.dcm"         #the png looks ugly...
 107   "irmPhlipsNew1.dcm"      #png looks ugly
 108   "mriThruVPRO.dcm"        #png looks ugly
 109   "gdcm-MR-SIEMENS-16-1.acr"   #segfaults TestReadWriteReadCompare
 110   #segfaults TestReadWriteReadCompare: this image looks corrupted:
 111   # - it's pixel data is 132096 bytes long
 112   # - it has a size of 256x256 with 16 bytes per pixel, i.e. a size
 113   #   of 256*256*2 = 131072 bytes.
 114   # Since there is a missmatch, when we have the following call stack:
 115   #  gdcmFile::GetImageData()
 116   #     PixelData = new uint8_t[ImageDataSize];
 117   #     \--->::GetImageDataIntoVector(destination, ImageDataSize)
 118   #       \---> ::ReadPixelData(destination)
 119   #         \---> fread(destination, Header->GetPixelAreaLength(), 1, fp);
 120   # we get a segfault because :
 121   #   - destination is ImageDataSize i.e. 131072 bytes long
 122   #   - Header->GetPixelAreaLength() = 132096 bytes long
 123   "oldACR00001.ima"
 124   )
 125
 126 #   gdcm-ACR-LibIDO seems to be cut
 127 #   test.acr is very bright
 128
 129 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 130 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 131 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 132   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 133   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 134   IF(NOT bad_dicom)
 135     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 136   ENDIF(NOT bad_dicom)
 137 ENDFOREACH(filename)
 138
 139 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 140 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 141   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 142   )