Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestUtil.cxx
  12   TestBug.cxx
  13   TestHash.cxx
  14   TestTS.cxx
  15   #TestVR.cxx
  16   TestDictGroupName.cxx
  17   TestDict.cxx
  18   TestDataEntry.cxx
  19   TestWriteSimple.cxx
  20   TestImageSet.cxx
  21   TestDicomDirElement.cxx
  22   TestDicomString.cxx
  23   #TestValidate.cxx
  24 )
  25
  26 # add tests that require data
  27 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  28   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  29     TestFileAccessors.cxx
  30     TestMakeIcon.cxx
  31     TestLoadAllDocumentsNoPrivNoSeq.cxx # includes generated gdcmDataImages.h
  32     TestPrintAllDocument.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  33     #TestAllEntryVerify.cxx           # includes generated gdcmDataImages.h
  34     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
  35     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h
  36     #TestCopyDicom.cxx                # includes generated gdcmDataImages.h
  37     #    TestCopyRescaleDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  38     #TestChangeHeader.cxx
  39     #    TestAnonymize.cxx
  40     TestDirList.cxx
  41     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
  42     TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
  43     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
  44     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory
  45   )
  46   # add test that require VTK:
  47   IF(GDCM_VTK)
  48     IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  49       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
  50     ELSE("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  51       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  52         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  53                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  54       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  55       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  56         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  57                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  58       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  59       # Include the VTK library since we know this is going to work
  60       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
  61
  62       INCLUDE_DIRECTORIES(
  63         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk
  64       )
  65       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  66         VTKTestRead.cxx
  67         VTKTestReadSeq.cxx
  68         VTKTestWrite.cxx
  69         VTKTestWriteSeq.cxx
  70       )
  71     ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  72   ENDIF(GDCM_VTK)
  73 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  74
  75
  76
  77 # include stuff
  78 INCLUDE_DIRECTORIES(
  79   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src
  80   ${GDCM_BINARY_DIR}
  81 )
  82
  83 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  84 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  85 IF(GDCM_VTK)
  86   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  87 ELSE(GDCM_VTK)
  88   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
  89 ENDIF(GDCM_VTK)
  90
  91 SET (TestsToRun ${Tests})
  92 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
  93
  94 # Loop over files and create executables
  95 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  96   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
  97   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
  98 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  99
 100 #-----------------------------------------------------------------------------
 101
 102 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
 103 # First parse this directory and extract all images
 104
 105 FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 106   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 107   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 108   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 109   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 110   )
 111
 112 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 113 SET(BLACK_LIST
 114   # Multiframe Papyrus format image
 115   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
 116   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
 117   # any contribution is welcome
 118   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
 119   # From David Clunie's Compresion Dataset
 120   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
 121   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
 122   #Not a Dicom Image, but a RT Object
 123   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm"
 124   #Dicom MPEG image
 125   "ETIAM_video_002.dcm"
 126   #Something stupid occured in the code for LibIDO images.
 127   #I Black list them for a while. JP
 128   "gdcm-ACR-LibIDO.acr"
 129   "LIBIDO-24-ACR_NEMA-Rectangle.dcm"
 130   #16 Bits per pixel images with LUT 16 Bits.
 131   #I wait to be 100% sure before releasing them. JP
 132   "rle16sti.dcm"
 133   "rle16loo.dcm"
 134   # Jasper cannot handle this image, only kakadu so far, unless you patch jasper
 135   # but then it breaks other images...
 136   "CT_Phillips_JPEG2K_Decompr_Problem.dcm"
 137   #
 138   # ------------
 139   #
 140   # I probabely messed up smething with the .png, .tst of
 141   # the images I recently added to the Test Suite
 142   # I Black list them, until I find where is the pb.
 143   "US-RGB-8-esopecho.dcm"
 144   "MR_Philips_Intera_No_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 145   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 146   "MR_SIEMENS_forceLoad29-1010_29-1020.dcm"
 147   # An element contains a value of 4, but no data follows
 148   # So, the next (group, elem) is not correctly read
 149   "gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm"
 150   )
 151
 152 # Create a specific list of dicom files that we know are part of a sequence
 153 SET(SEQ_LIST
 154   "SIEMENS_MAGNETOM-12-MONO2-FileSeq[0-9].dcm"
 155   )
 156
 157 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
 158 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
 159
 160 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 161 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 162 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
 163 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 164   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 165   IF(DCIODVFY_FOUND)
 166     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
 167     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
 168   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
 169   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 170   IF(NOT bad_dicom)
 171     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 172     # SEQ_LIST is a regular expression:
 173     STRING(REGEX MATCH ${SEQ_LIST} is_seq ${filename_temp})
 174     IF(is_seq)
 175       SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 176     ENDIF(is_seq)
 177   ENDIF(NOT bad_dicom)
 178 ENDFOREACH(filename)
 179
 180 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 181 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 182   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 183 )
 184
 185 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
 186 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
 187   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n"
 188 )
 189
 190 #-----------------------------------------------------------------------------
 191 # Trying to solve a bizarre problem when loading shared lib if gdcm is static
 192 # Therefore I disable the test when building SHAREDLIBS
 193 IF(UNIX AND NOT GDCM_BUILD_SHARED_LIBS)
 194   ADD_LIBRARY(dynmodule MODULE dynmodule.cxx)
 195   TARGET_LINK_LIBRARIES(dynmodule gdcm)
 196   ADD_EXECUTABLE(loadmodule loadmodule.cxx )
 197   TARGET_LINK_LIBRARIES(loadmodule gdcm -ldl)
 198   ADD_TEST(loadmodule ${CXX_TEST_PATH}/loadmodule)
 199 ENDIF(UNIX AND NOT GDCM_BUILD_SHARED_LIBS)
 200
 201
 202