Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestUtil.cxx
  12   TestBug.cxx
  13   TestHash.cxx
  14   TestTS.cxx
  15   TestVR.cxx
  16   TestDictGroupName.cxx
  17   TestDict.cxx
  18   TestWriteSimple.cxx
  19   TestImageSet.cxx
  20   TestDicomDirElement.cxx
  21   TestDicomString.cxx
  22   #TestValidate.cxx
  23 )
  24
  25 # add tests that require data
  26 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  27   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  28     TestFileAccessors.cxx
  29     TestMakeIcon.cxx
  30     TestPrintAllDocument.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  31     #TestAllEntryVerify.cxx           # includes generated gdcmDataImages.h
  32     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
  33     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h
  34     #TestCopyDicom.cxx                # includes generated gdcmDataImages.h
  35     #    TestCopyRescaleDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  36     #TestChangeHeader.cxx
  37     #    TestAnonymize.cxx
  38     TestDirList.cxx
  39     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
  40     TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
  41     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
  42     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory
  43   )
  44   # add test that require VTK:
  45   IF(GDCM_VTK)
  46     IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  47       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
  48     ELSE("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  49       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  50         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  51                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  52       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  53       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  54         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  55                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  56       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  57       # Include the VTK library since we know this is going to work
  58       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
  59
  60       INCLUDE_DIRECTORIES(
  61         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk/
  62       )
  63       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  64         VTKTestRead.cxx
  65         VTKTestReadSeq.cxx
  66         VTKTestWrite.cxx
  67         VTKTestWriteSeq.cxx
  68       )
  69     ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  70   ENDIF(GDCM_VTK)
  71 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  72
  73
  74
  75 # include stuff
  76 INCLUDE_DIRECTORIES(
  77   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src/
  78   ${GDCM_BINARY_DIR}/
  79 )
  80
  81 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  82 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  83 IF(GDCM_VTK)
  84   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  85 ELSE(GDCM_VTK)
  86   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
  87 ENDIF(GDCM_VTK)
  88
  89 SET (TestsToRun ${Tests})
  90 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
  91
  92 # Loop over files and create executables
  93 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  94   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
  95   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
  96 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
  97
  98 #-----------------------------------------------------------------------------
  99
 100 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
 101 # First parse this directory and extract all images
 102
 103 IF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
 104   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 105     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 106     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 107     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 108     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 109     )
 110   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB
 111     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.acr"
 112     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.dcm"
 113     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.nema"
 114     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.ima"
 115     )
 116 ELSE(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
 117   # Since there is a bug in cmake 1.8.3, I'll have to do two separate globs
 118   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR
 119     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 120     )
 121   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM
 122     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 123     )
 124   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA
 125     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 126     )
 127   FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA
 128     "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 129     )
 130   SET(GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 131     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_DCM} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_ACR}
 132     ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_NEMA} ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB_IMA})
 133
 134   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_ACR
 135     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.acr"
 136     )
 137   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_DCM
 138     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.dcm"
 139     )
 140   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_NEMA
 141     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.nema"
 142     )
 143   FILE(GLOB GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_IMA
 144     "${GDCM_DATA_ROOT}/*FileSeq0.ima"
 145     )
 146   SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB
 147     ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_DCM} ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_ACR}
 148     ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_NEMA} ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB_IMA})
 149 ENDIF(${CMAKE_MAJOR_VERSION}.${CMAKE_MINOR_VERSION} GREATER 1.9)
 150
 151 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 152 SET(BLACK_LIST
 153
 154   # Multiframe Papyrus format image
 155   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
 156   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
 157   # any contribution is welcome
 158   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
 159   # From David Clunie's Compresion Dataset
 160   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
 161   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
 162   #Not a Dicom Image, but a RT Object
 163   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm"
 164   #Dicom MPEG image
 165   "ETIAM_video_002.dcm"
 166   #Something stupid occured in the code for LibIDO images.
 167   #I Black list them for a while. JP
 168   "gdcm-ACR-LibIDO.acr"
 169   "LIBIDO-24-ACR_NEMA-Rectangle.dcm"
 170   #16 Bits per pixel images with LUT 16 Bits.
 171   #I wait to be 100% sure before releasing them. JP
 172   "rle16sti.dcm"
 173   "rle16loo.dcm"
 174   )
 175
 176 # Don't understand why jasper is segfaulting with borland...I bet a borland bug
 177 IF(BORLAND)
 178   SET(BLACK_LIST
 179     ${BLACK_LIST}
 180     "D_CLUNIE_CT1_J2KR.dcm"
 181     "D_CLUNIE_CT1_J2KI.dcm"
 182     )
 183 ENDIF(BORLAND)
 184
 185 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
 186 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
 187
 188 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 189 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 190 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 191   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 192   IF(DCIODVFY_FOUND)
 193     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
 194     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
 195   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
 196   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 197   IF(NOT bad_dicom)
 198     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 199   ENDIF(NOT bad_dicom)
 200 ENDFOREACH(filename)
 201
 202 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
 203 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES_GLOB})
 204   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 205   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 206   IF(NOT bad_dicom)
 207     STRING(REGEX REPLACE "(.*)FileSeq0(.*)" "\\1FileSeq%d\\2" filename_temp2 ${filename_temp})
 208
 209     SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp2}\",")
 210   ENDIF(NOT bad_dicom)
 211 ENDFOREACH(filename)
 212
 213 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 214 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 215   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 216 )
 217
 218 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
 219 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
 220   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n"
 221 )