Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestUtil.cxx
  12   TestBug.cxx
  13   TestHash.cxx
  14   TestTS.cxx
  15   TestVR.cxx
  16   TestDictGroupName.cxx
  17   TestDict.cxx
  18   TestDataEntry.cxx
  19   TestWriteSimple.cxx
  20   TestImageSet.cxx
  21   TestDicomDirElement.cxx
  22   TestDicomString.cxx
  23   #TestValidate.cxx
  24 )
  25 IF(UNIX)
  26   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  27     TestInline.cxx
  28   )
  29 IF(UNIX)
  30
  31 # add tests that require data
  32 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  33   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  34     TestFileAccessors.cxx
  35     TestMakeIcon.cxx
  36     TestLoadAllDocumentsNoPrivNoSeq.cxx # includes generated gdcmDataImages.h
  37     TestPrintAllDocument.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  38     #TestAllEntryVerify.cxx           # includes generated gdcmDataImages.h
  39     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
  40     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h
  41     #TestCopyDicom.cxx                # includes generated gdcmDataImages.h
  42     #    TestCopyRescaleDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  43     #TestChangeHeader.cxx
  44     #    TestAnonymize.cxx
  45     TestDirList.cxx
  46     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
  47     TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
  48     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
  49     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory
  50     TestAllVM.cxx
  51   )
  52   # add test that require VTK:
  53   IF(GDCM_VTK)
  54     IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  55       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
  56     ELSE("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  57       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  58         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  59                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  60       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  61       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  62         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  63                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  64       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  65       # Include the VTK library since we know this is going to work
  66       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
  67
  68       INCLUDE_DIRECTORIES(
  69         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk
  70       )
  71       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  72         VTKTestRead.cxx
  73         VTKTestReadSeq.cxx
  74         VTKTestWrite.cxx
  75         VTKTestWriteSeq.cxx
  76       )
  77     ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  78   ENDIF(GDCM_VTK)
  79 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  80
  81
  82
  83 # include stuff
  84 INCLUDE_DIRECTORIES(
  85   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src
  86   ${GDCM_BINARY_DIR}
  87 )
  88
  89 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  90 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  91 IF(GDCM_VTK)
  92   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  93 ELSE(GDCM_VTK)
  94   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
  95 ENDIF(GDCM_VTK)
  96
  97 SET (TestsToRun ${Tests})
  98 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
  99
 100 # Loop over files and create executables
 101 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
 102   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
 103   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
 104 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
 105
 106 #-----------------------------------------------------------------------------
 107
 108 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
 109 # First parse this directory and extract all images
 110
 111 FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 112   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 113   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 114   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 115   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 116   )
 117
 118 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 119 SET(BLACK_LIST
 120   # Multiframe Papyrus format image
 121   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
 122   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
 123   # any contribution is welcome
 124   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
 125   # From David Clunie's Compresion Dataset
 126   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
 127   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
 128   #Not a Dicom Image, but a RT Object
 129   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm"
 130   #Dicom MPEG image
 131   "ETIAM_video_002.dcm"
 132   #Something stupid occured in the code for LibIDO images.
 133   #I Black list them for a while. JP
 134   "gdcm-ACR-LibIDO.acr"
 135   "LIBIDO-24-ACR_NEMA-Rectangle.dcm"
 136   #16 Bits per pixel images with LUT 16 Bits.
 137   #I wait to be 100% sure before releasing them. JP
 138   "rle16sti.dcm"
 139   "rle16loo.dcm"
 140   # Jasper cannot handle this image, only kakadu so far, unless you patch jasper
 141   # but then it breaks other images...
 142   "CT_Phillips_JPEG2K_Decompr_Problem.dcm"
 143   #
 144   # ------------
 145   #
 146   # I probabely messed up smething with the .png, .tst of
 147   # the images I recently added to the Test Suite
 148   # I Black list them, until I find where is the pb.
 149   "US-RGB-8-esopecho.dcm"
 150   "MR_Philips_Intera_No_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 151   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 152   "MR_SIEMENS_forceLoad29-1010_29-1020.dcm"
 153   # An element contains a value of 4, but no data follows
 154   # So, the next (group, elem) is not correctly read
 155   "gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm"
 156   )
 157
 158 # Create a specific list of dicom files that we know are part of a sequence
 159 SET(SEQ_LIST
 160   "SIEMENS_MAGNETOM-12-MONO2-FileSeq[0-9].dcm"
 161   )
 162
 163 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
 164 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
 165
 166 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 167 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 168 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
 169 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 170   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 171   IF(DCIODVFY_FOUND)
 172     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
 173     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
 174   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
 175   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 176   IF(NOT bad_dicom)
 177     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 178     # SEQ_LIST is a regular expression:
 179     STRING(REGEX MATCH ${SEQ_LIST} is_seq ${filename_temp})
 180     IF(is_seq)
 181       SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 182     ENDIF(is_seq)
 183   ENDIF(NOT bad_dicom)
 184 ENDFOREACH(filename)
 185
 186 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 187 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 188   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 189 )
 190
 191 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
 192 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
 193   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n"
 194 )
 195
 196 #-----------------------------------------------------------------------------
 197 # Trying to solve a bizarre problem when loading shared lib if gdcm is static
 198 # Therefore I disable the test when building SHAREDLIBS
 199 IF(UNIX AND NOT GDCM_BUILD_SHARED_LIBS)
 200   ADD_LIBRARY(dynmodule MODULE dynmodule.cxx)
 201   TARGET_LINK_LIBRARIES(dynmodule gdcm)
 202   ADD_EXECUTABLE(loadmodule loadmodule.cxx )
 203   TARGET_LINK_LIBRARIES(loadmodule gdcm -ldl)
 204   ADD_TEST(loadmodule ${CXX_TEST_PATH}/loadmodule)
 205 ENDIF(UNIX AND NOT GDCM_BUILD_SHARED_LIBS)
 206
 207
 208