Testing/CMakeLists.txt

   1 # CMakeLists for Testing purpose
   2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
   3
   4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
   5
   6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
   7
   8 # add test that does not require data:
   9 # They usally return if no argument is given
  10 SET(TEST_SOURCES
  11   TestUtil.cxx
  12   TestBug.cxx
  13   TestHash.cxx
  14   TestTS.cxx
  15   TestVR.cxx
  16   TestDictGroupName.cxx
  17   TestDict.cxx
  18   TestDataEntry.cxx
  19   TestWriteSimple.cxx
  20   TestImageSet.cxx
  21   TestDicomDirElement.cxx
  22   TestDicomString.cxx
  23
  24 )
  25 IF(UNIX)
  26   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  27     TestInline.cxx
  28   )
  29 ENDIF(UNIX)
  30
  31 # add tests that require data
  32 IF (GDCM_DATA_ROOT)
  33   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  34     TestFileAccessors.cxx
  35     TestMakeIcon.cxx
  36     TestLoadAllDocumentsNoPrivNoSeq.cxx # includes generated gdcmDataImages.h
  37     TestPrintAllDocument.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  38     #TestAllEntryVerify.cxx           # includes generated gdcmDataImages.h
  39     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
  40     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h
  41     #TestCopyDicom.cxx                # includes generated gdcmDataImages.h
  42     #    TestCopyRescaleDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
  43     #TestChangeHeader.cxx
  44     #    TestAnonymize.cxx
  45     TestDirList.cxx
  46     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
  47     TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
  48     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
  49     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory
  50     TestAllVM.cxx
  51     TestValidate.cxx                 #Just to have on overviews of oddities ...
  52   )
  53   # add test that require VTK:
  54   IF(GDCM_VTK)
  55     IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  56       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
  57     ELSE("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  58       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  59         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  60                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  61       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
  62       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  63         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
  64                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
  65       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
  66       # Include the VTK library since we know this is going to work
  67       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
  68
  69       INCLUDE_DIRECTORIES(
  70         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk
  71       )
  72       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
  73         VTKTestRead.cxx
  74         VTKTestReadSeq.cxx
  75         VTKTestWrite.cxx
  76         VTKTestWriteSeq.cxx
  77       )
  78     ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
  79   ENDIF(GDCM_VTK)
  80 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
  81
  82
  83
  84 # include stuff
  85 INCLUDE_DIRECTORIES(
  86   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src
  87   ${GDCM_BINARY_DIR}
  88 )
  89
  90 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
  91 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
  92 IF(GDCM_VTK)
  93   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
  94 ELSE(GDCM_VTK)
  95   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
  96 ENDIF(GDCM_VTK)
  97
  98 SET (TestsToRun ${Tests})
  99 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
 100
 101 # Loop over files and create executables
 102 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
 103   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
 104   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
 105 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
 106
 107 #-----------------------------------------------------------------------------
 108
 109 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
 110 # First parse this directory and extract all images
 111
 112 FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
 113   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
 114   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
 115   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
 116   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
 117   )
 118
 119 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
 120 SET(BLACK_LIST
 121   # Multiframe Papyrus format image
 122   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
 123   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
 124   # any contribution is welcome
 125   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
 126   # From David Clunie's Compresion Dataset
 127   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
 128   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
 129   #Not a Dicom Image, but a RT Object
 130   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm"
 131   #Dicom MPEG image
 132   "ETIAM_video_002.dcm"
 133   #Something stupid occured in the code for LibIDO images.
 134   #I Black list them for a while. JP
 135   "gdcm-ACR-LibIDO.acr"
 136   "LIBIDO-24-ACR_NEMA-Rectangle.dcm"
 137   #16 Bits per pixel images with LUT 16 Bits.
 138   #I wait to be 100% sure before releasing them. JP
 139   "rle16sti.dcm"
 140   "rle16loo.dcm"
 141   # Jasper cannot handle this image, only kakadu so far, unless you patch jasper
 142   # but then it breaks other images...
 143   "CT_Phillips_JPEG2K_Decompr_Problem.dcm"
 144   #
 145   # ------------
 146   #
 147   # I probabely messed up smething with the .png, .tst of
 148   # the images I recently added to the Test Suite
 149   # I Black list them, until I find where is the pb.
 150   "US-RGB-8-esopecho.dcm"
 151   "MR_Philips_Intera_No_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 152   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
 153   "MR_SIEMENS_forceLoad29-1010_29-1020.dcm"
 154   # An element contains a value of 4, but no data follows
 155   # So, the next (group, elem) is not correctly read
 156   "gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm"
 157   )
 158
 159 # Create a specific list of dicom files that we know are part of a sequence
 160 SET(SEQ_LIST
 161   "SIEMENS_MAGNETOM-12-MONO2-FileSeq[0-9].dcm"
 162   )
 163
 164 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
 165 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
 166
 167 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
 168 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
 169 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
 170 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
 171   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
 172   IF(DCIODVFY_FOUND)
 173     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
 174     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
 175   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
 176   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
 177   IF(NOT bad_dicom)
 178     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 179     # SEQ_LIST is a regular expression:
 180     STRING(REGEX MATCH ${SEQ_LIST} is_seq ${filename_temp})
 181     IF(is_seq)
 182       SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
 183     ENDIF(is_seq)
 184   ENDIF(NOT bad_dicom)
 185 ENDFOREACH(filename)
 186
 187 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
 188 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
 189   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n"
 190 )
 191
 192 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
 193 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
 194   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n"
 195 )
 196
 197 #-----------------------------------------------------------------------------
 198 # Trying to solve a bizarre problem when loading shared lib if gdcm is static
 199 # Therefore I disable the test when building SHAREDLIBS
 200 IF(UNIX AND NOT GDCM_BUILD_SHARED_LIBS)
 201   ADD_LIBRARY(dynmodule MODULE dynmodule.cxx)
 202   TARGET_LINK_LIBRARIES(dynmodule gdcm)
 203   ADD_EXECUTABLE(loadmodule loadmodule.cxx )
 204   TARGET_LINK_LIBRARIES(loadmodule gdcm -ldl)
 205   ADD_TEST(loadmodule ${CXX_TEST_PATH}/loadmodule)
 206 ENDIF(UNIX AND NOT GDCM_BUILD_SHARED_LIBS)
 207
 208
 209