]> Creatis software - gdcm.git/blob - Testing/CMakeLists.txt
Remove an empty line, to be sure the file is commited (and the Black list
[gdcm.git] / Testing / CMakeLists.txt
1 # CMakeLists for Testing purpose
2 # Cxx file that need a file to run should be place aproprietly
3
4 SET(CXX_TEST_PATH ${EXECUTABLE_OUTPUT_PATH})
5
6 SET(GDCM_TESTS ${CXX_TEST_PATH}/gdcmTests)
7
8 # add test that does not require data:
9 # They usally return if no argument is given
10 SET(TEST_SOURCES
11   TestUtil.cxx
12   TestBug.cxx
13   TestHash.cxx
14   TestCommand.cxx
15   TestTS.cxx
16   TestVR.cxx
17   TestDictGroupName.cxx
18   TestDict.cxx
19   TestDataEntry.cxx
20   TestWriteSimple.cxx
21   TestImageSet.cxx
22   TestDicomDirElement.cxx
23   TestDicomString.cxx
24   TestEnumVR.cxx
25
26 )
27 IF(UNIX)
28   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
29     #TestInline.cxx
30   )
31 ENDIF(UNIX)
32
33 # add tests that require data
34 IF (GDCM_DATA_ROOT)
35   SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
36     TestFileAccessors.cxx
37     TestMakeIcon.cxx
38     TestLoadAllDocumentsNoPrivNoSeq.cxx # includes generated gdcmDataImages.h
39     TestPrintAllDocument.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h
40     #TestAllEntryVerify.cxx           # includes generated gdcmDataImages.h
41     TestAllReadCompareDicom.cxx      # includes generated gdcmDataImages.h
42     TestReadWriteReadCompare.cxx     # includes generated gdcmDataImages.h 
43     #TestCopyDicom.cxx                # includes generated gdcmDataImages.h 
44     #    TestCopyRescaleDicom.cxx         # includes generated gdcmDataImages.h 
45     #TestChangeHeader.cxx
46     #    TestAnonymize.cxx
47     TestDirList.cxx
48     TestDicomDir.cxx                 # require DICOMDIR
49     TestBuildUpDicomDir.cxx          # writes a file named "NewDICOMDIR"
50     TestMakeDicomDir.cxx             # writes a file named "NewDICOMDIR"
51     TestSerieHelper.cxx              # uses gdcmData as a default root directory    
52     TestAllVM.cxx
53     TestValidate.cxx                 #Just to have on overviews of oddities ...  
54   )
55   # add test that require VTK:
56   IF(GDCM_VTK)
57     IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
58       MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !")
59     ELSE("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
60       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
61         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
62                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
63       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 2)
64       IF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
65         MESSAGE(FATAL_ERROR "This VTK version is not supported, you are on your own !"
66                              "Although gdcm should compile fine. You just need to turn BUILD_TESTING:=OFF")
67       ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_MINOR_VERSION}" EQUAL 4 AND "${VTK_BUILD_VERSION}" LESS 3)
68       # Include the VTK library since we know this is going to work
69       INCLUDE(${VTK_USE_FILE})
70
71       INCLUDE_DIRECTORIES(
72         ${GDCM_SOURCE_DIR}/vtk
73       )
74       SET(TEST_SOURCES ${TEST_SOURCES}
75         VTKTestRead.cxx
76         VTKTestReadSeq.cxx
77         VTKTestWrite.cxx
78         VTKTestWriteSeq.cxx
79       )
80     ENDIF("${VTK_MAJOR_VERSION}" LESS 4)
81   ENDIF(GDCM_VTK)
82 ENDIF (GDCM_DATA_ROOT)
83
84
85
86 # include stuff
87 INCLUDE_DIRECTORIES(
88   ${GDCM_SOURCE_DIR}/src
89   ${GDCM_BINARY_DIR}
90 )
91
92 CREATE_TEST_SOURCELIST(Tests gdcmTests.cxx ${TEST_SOURCES})
93 ADD_EXECUTABLE(gdcmTests ${Tests})
94 IF(GDCM_VTK)
95   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests vtkgdcm vtkRendering)
96 ELSE(GDCM_VTK)
97   TARGET_LINK_LIBRARIES(gdcmTests gdcm)
98 ENDIF(GDCM_VTK)
99
100 SET (TestsToRun ${Tests})
101 REMOVE (TestsToRun gdcmTests.cxx)
102
103 # Loop over files and create executables
104 FOREACH(file ${TEST_SOURCES})
105   GET_FILENAME_COMPONENT(name ${file} NAME_WE)
106   ADD_TEST(${name} ${GDCM_TESTS} ${name})
107 ENDFOREACH(file ${TEST_SOURCES})
108
109 #-----------------------------------------------------------------------------
110
111 # We need to test the reading of all dicom images in the gdcmData directory
112 # First parse this directory and extract all images
113
114 FILE(GLOB GDCM_DATA_IMAGES_GLOB
115   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.acr"
116   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.dcm"
117   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.nema"
118   "${GDCM_DATA_ROOT}/*.ima"
119   )
120
121 # Black list of images known to break lots of readers (efilm, xmedcon ...):
122 SET(BLACK_LIST
123   # Multiframe Papyrus format image
124   # Just to remember this format exists, and is gdcm::File compliant
125   # (NOT gdcm::FileHelper ...)
126   # any contribution is welcome
127   "PET-cardio-Multiframe-Papyrus.dcm"
128   # From David Clunie's Compresion Dataset  
129   "D_CLUNIE_CT1_JLSN.dcm"
130   "D_CLUNIE_CT1_JLSL.dcm"
131   #Not a Dicom Image, but a RT Object
132   "RS2.16.124.113534.2.3.5.0.120040728.21342.353.12747_anonimized.dcm" 
133   #Dicom MPEG image
134   "ETIAM_video_002.dcm"
135   #Something stupid occured in the code for LibIDO images.
136   #I Black list them for a while. JP
137   #"gdcm-ACR-LibIDO.acr"
138   "LIBIDO-24-ACR_NEMA-Rectangle.dcm"
139   #16 Bits per pixel images with LUT 16 Bits.
140   #I wait to be 100% sure before releasing them. JP
141   "rle16sti.dcm"
142   "rle16loo.dcm"   
143   # Jasper cannot handle this image, only kakadu so far, unless you patch jasper
144   # but then it breaks other images...
145   "CT_Phillips_JPEG2K_Decompr_Problem.dcm"
146   #
147   # ------------
148   #  
149   #Still cause troubles (see the .README.txt file for more details)  
150   "MR_Philips_Intera_in_SQ_2001_e05f_item_wrong_lgt_use_NOSHADOWSEQ.dcm"  
151   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceExplicitVR.dcm" 
152   #The 2 previous images are identical !
153   #--> Replaced by more significant name
154   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceExplicitVR_in_SQ_2001_e05f_item_wrong_lgt_use_NOSHADOWSEQ.dcm"
155
156   #hexedit shows something *very* strange around offset 0x76e !
157   #the images looks *over*corrupted (on disc, not from the manufacturer!)
158   "MR_Philips_Intera_PrivateSequenceImplicitVR.dcm"
159   )
160
161 # Create a specific list of dicom files that we know are part of a sequence
162 SET(SEQ_LIST
163   "SIEMENS_MAGNETOM-12-MONO2-FileSeq[0-9].dcm"
164   )
165
166 # Add a special test that requires dciodvfy from dicom3tools
167 INCLUDE(${GDCM_SOURCE_DIR}/CMake/FindDicom3Tools.cmake)
168
169 # This is a GLOB expression, change it into a list separated with a comma and \n
170 SET(GDCM_DATA_IMAGES)
171 SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES)
172 FOREACH(filename ${GDCM_DATA_IMAGES_GLOB})
173   GET_FILENAME_COMPONENT(filename_temp ${filename} NAME)
174   IF(DCIODVFY_FOUND)
175     ADD_TEST("DCIODVFY-INPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${filename}")
176     ADD_TEST("DCIODVFY-OUTPUT-${filename_temp}" "${DCIODVFY_EXECUTABLE}" "${GDCM_DATA_ROOT}/BaselineDicom/${filename_temp}")
177   ENDIF(DCIODVFY_FOUND)
178   STRING(REGEX MATCH ${filename_temp} bad_dicom ${BLACK_LIST})
179   IF(NOT bad_dicom)
180     SET(GDCM_DATA_IMAGES "${GDCM_DATA_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
181     # SEQ_LIST is a regular expression:
182     STRING(REGEX MATCH ${SEQ_LIST} is_seq ${filename_temp})
183     IF(is_seq)
184       SET(GDCM_DATA_SEQ_IMAGES "${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n\"${filename_temp}\",")
185     ENDIF(is_seq)
186   ENDIF(NOT bad_dicom)
187 ENDFOREACH(filename)
188
189 # Populate GDCM_DATA_IMAGES:
190 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataImages.h"
191   "const char * const gdcmDataImages[] = { ${GDCM_DATA_IMAGES}\n0 };\n" 
192 )
193
194 # Populate GDCM_DATA_SEQ_IMAGES:
195 FILE(WRITE "${GDCM_BINARY_DIR}/gdcmDataSeqImages.h"
196   "const char * const gdcmDataSeqImages[] = { ${GDCM_DATA_SEQ_IMAGES}\n0 };\n" 
197 )
198
199 #-----------------------------------------------------------------------------
200 # Trying to solve a bizarre problem when loading shared lib if gdcm is static
201 # Therefore I disable the test when building SHAREDLIBS
202 IF(UNIX AND NOT BUILD_SHARED_LIBS)
203   ADD_LIBRARY(dynmodule MODULE dynmodule.cxx)
204   TARGET_LINK_LIBRARIES(dynmodule gdcm)
205   ADD_EXECUTABLE(loadmodule loadmodule.cxx )
206   TARGET_LINK_LIBRARIES(loadmodule gdcm -ldl)
207   ADD_TEST(loadmodule ${CXX_TEST_PATH}/loadmodule)
208 ENDIF(UNIX AND NOT BUILD_SHARED_LIBS)
209
210
211