Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/19 08:58:33 $
   7   Version:   $Revision: 1.31 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmHeader.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 #ifndef _WIN32
  27 #include <unistd.h> //for access, unlink
  28 #else
  29 #include <io.h> //for _access on Win32
  30 #endif
  31
  32 // return true if the file exists
  33 bool FileExists(const char* filename)
  34 {
  35 #ifdef _MSC_VER
  36 # define access _access
  37 #endif
  38 #ifndef R_OK
  39 # define R_OK 04
  40 #endif
  41   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  42     {
  43     return false;
  44     }
  45   else
  46     {
  47     return true;
  48     }
  49 }
  50
  51 bool RemoveFile(const char* source)
  52 {
  53 #ifdef _MSC_VER
  54 #define _unlink unlink
  55 #endif
  56   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  57 }
  58
  59 int CopyDicom(std::string const & filename,
  60               std::string const & output )
  61 {
  62       std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  63       if( FileExists( output.c_str() ) )
  64       {
  65          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  66          {
  67             std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  68             return 1;
  69          }
  70       }
  71
  72       //////////////// Step 1:
  73       std::cout << "      1...";
  74       gdcm::Header *originalH = new gdcm::Header( filename );
  75       gdcm::Header *copyH     = new gdcm::Header( );
  76
  77       //First of all copy the header field by field
  78
  79       // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  80       // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  81
  82       //////////////// Step 2:
  83       std::cout << "2...";
  84       gdcm::DocEntry* d=originalH->GetFirstEntry();
  85       while(d)
  86       {
  87          if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  88          {
  89             copyH->ReplaceOrCreate(
  90                                  b->GetBinArea(),
  91                                  b->GetLength(),
  92                                  b->GetGroup(),
  93                                  b->GetElement(),
  94                                  b->GetVR() );
  95          }
  96          else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  97          {
  98              copyH->ReplaceOrCreate(
  99                                  v->GetValue(),
 100                                  v->GetGroup(),
 101                                  v->GetElement(),
 102                                  v->GetVR() );
 103          }
 104          else
 105          {
 106           // We skip pb of SQ recursive exploration
 107          }
 108
 109          d=originalH->GetNextEntry();
 110       }
 111
 112       gdcm::File *original = new gdcm::File( originalH );
 113       gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
 114
 115       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
 116       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
 117
 118       // Useless to set the image datas, because it's already made when
 119       // copying the corresponding BinEntry that contains the pixel datas
 120       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 121
 122       //////////////// Step 3:
 123       std::cout << "3...";
 124       copy->SetWriteModeToRGB();
 125       if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 126       {
 127          std::cout << " Failed" << std::endl
 128                    << "       " << output << " not written" << std::endl;
 129
 130          delete original;
 131          delete copy;
 132          delete originalH;
 133          delete copyH;
 134
 135          return 1;
 136       }
 137
 138       delete copy;
 139       delete copyH;
 140
 141       //////////////// Step 4:
 142       std::cout << "4...";
 143       copy = new gdcm::File( output );
 144
 145       //Is the file written still gdcm parsable ?
 146       if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 147       {
 148          std::cout << " Failed" << std::endl
 149                    << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 150
 151          delete original;
 152          delete originalH;
 153
 154          return 1;
 155       }
 156
 157       //////////////// Step 5:
 158       std::cout << "5...";
 159       size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 160       uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 161
 162       if (dataSize != dataSizeWritten)
 163       {
 164          std::cout << " Failed" << std::endl
 165                    << "        Pixel areas lengths differ: "
 166                    << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 167
 168          delete original;
 169          delete copy;
 170          delete originalH;
 171
 172          return 1;
 173       }
 174
 175       if (int res = memcmp(imageData, imageDataWritten, dataSize) !=0)
 176       {
 177          (void)res;
 178          std::cout << " Failed" << std::endl
 179                    << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 180
 181          delete original;
 182          delete copy;
 183          delete originalH;
 184
 185          return 1;
 186       }
 187       std::cout << "OK." << std::endl ;
 188
 189       delete original;
 190       delete copy;
 191       delete originalH;
 192
 193       return 0;
 194 }
 195
 196 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 197 // copying field by field the dicom image
 198
 199 int TestCopyDicom(int argc, char* argv[])
 200 {
 201    if ( argc == 3 )
 202    {
 203       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 204       // over all images
 205       const std::string input = argv[1];
 206       const std::string reference = argv[2];
 207       return CopyDicom( input, reference );
 208    }
 209    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 210    {
 211       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 212                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 213       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 214                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 215       return 1;
 216    }
 217    // else other cases:
 218
 219    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 220              << std::endl;
 221    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 222                 "Test/CMakeLists.txt)"
 223              << std::endl;
 224    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 225              << std::endl;
 226    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmHeader) and call"
 227              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 228              << "GetImageDataSize() "
 229              << std::endl;
 230    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 231              << " pixel datas are set to the copy"
 232              << std::endl;
 233    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 234              << std::endl;
 235    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 236              << std::endl;
 237    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 238              << "images " << std::endl
 239              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 240    std::cout << std::endl;
 241
 242    int i =0;
 243    int retVal = 0;  //by default this is an error
 244    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 245    {
 246       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 247       filename += "/";  //doh!
 248       filename += gdcmDataImages[i];
 249
 250       std::string output = "output.dcm";
 251
 252       if( CopyDicom( filename, output ) != 0 )
 253       {
 254          retVal++;
 255       }
 256
 257       i++;
 258    }
 259    return retVal;
 260 }
 261