Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/12/03 20:16:56 $
   7   Version:   $Revision: 1.25 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmHeader.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 #ifndef _WIN32
  27 #include <unistd.h> //for access, unlink
  28 #else
  29 #include <io.h> //for _access on Win32
  30 #endif
  31
  32 // return true if the file exists
  33 bool FileExists(const char* filename)
  34 {
  35 #ifdef _MSC_VER
  36 # define access _access
  37 #endif
  38 #ifndef R_OK
  39 # define R_OK 04
  40 #endif
  41   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  42     {
  43     return false;
  44     }
  45   else
  46     {
  47     return true;
  48     }
  49 }
  50
  51 bool RemoveFile(const char* source)
  52 {
  53 #ifdef _MSC_VER
  54 #define _unlink unlink
  55 #endif
  56   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  57 }
  58
  59 int CopyDicom(std::string const & filename,
  60               std::string const & output )
  61 {
  62       std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  63       if( FileExists( output.c_str() ) )
  64       {
  65         // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  66          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  67          {
  68             std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  69             return 1;
  70          }
  71       }
  72
  73       //////////////// Step 1:
  74       std::cout << "      1...";
  75       gdcm::Header *originalH = new gdcm::Header( filename );
  76       gdcm::Header *copyH     = new gdcm::Header( );
  77
  78       //First of all copy the header field by field
  79
  80       // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  81       // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  82       // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  83       // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  84
  85
  86       //////////////// Step 2:
  87       std::cout << "2...";
  88       originalH->Initialize();
  89       gdcm::DocEntry* d=originalH->GetNextEntry();
  90
  91       while(d)
  92       {
  93          if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  94          {
  95             copyH->ReplaceOrCreateByNumber(
  96                                  b->GetBinArea(),
  97                                  b->GetLength(),
  98                                  b->GetGroup(),
  99                                  b->GetElement(),
 100                                  b->GetVR() );
 101          }
 102          else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
 103          {
 104              copyH->ReplaceOrCreateByNumber(
 105                                  v->GetValue(),
 106                                  v->GetGroup(),
 107                                  v->GetElement(),
 108                                  v->GetVR() );
 109          }
 110          else
 111          {
 112           // We skip pb of SQ recursive exploration
 113           //std::cout << "Skipped Sequence "
 114           //          << "------------- " << d->GetVR() << " "<< std::hex
 115           //          << d->GetGroup() << " " << d->GetElement()
 116           //  << std::endl;
 117          }
 118
 119          d=originalH->GetNextEntry();
 120       }
 121
 122       gdcm::File *original = new gdcm::File( originalH );
 123       gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
 124
 125       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
 126       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
 127
 128       // Useless to set the image datas, because it's already made when
 129       // copying the corresponding BinEntry that contains the pixel datas
 130       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 131
 132       //////////////// Step 3:
 133       std::cout << "3...";
 134       copy->SetWriteModeToRGB();
 135       if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 136       {
 137          std::cout << " Failed" << std::endl
 138                    << "        " << output << " not written" << std::endl;
 139
 140          delete original;
 141          delete copy;
 142          delete originalH;
 143          delete copyH;
 144
 145          return 1;
 146       }
 147
 148       delete copy;
 149       delete copyH;
 150
 151       //////////////// Step 4:
 152       std::cout << "4...";
 153       copy = new gdcm::File( output );
 154
 155       //Is the file written still gdcm parsable ?
 156       if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 157       {
 158          std::cout << " Failed" << std::endl
 159                    << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 160
 161          delete original;
 162          delete originalH;
 163
 164          return 1;
 165       }
 166
 167       //////////////// Step 5:
 168       std::cout << "5...";
 169       size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 170       uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 171
 172       if (dataSize != dataSizeWritten)
 173       {
 174          std::cout << " Failed" << std::endl
 175                    << "        Pixel areas lengths differ: "
 176                    << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 177
 178          delete original;
 179          delete copy;
 180          delete originalH;
 181
 182          return 1;
 183       }
 184
 185       if (int res = memcmp(imageData, imageDataWritten, dataSize) !=0)
 186       {
 187          (void)res;
 188          std::cout << " Failed" << std::endl
 189                    << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 190
 191          delete original;
 192          delete copy;
 193          delete originalH;
 194
 195          return 1;
 196       }
 197       std::cout << "OK." << std::endl ;
 198
 199       delete original;
 200       delete copy;
 201       delete originalH;
 202
 203       return 0;
 204 }
 205
 206 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 207 // copying field by field the dicom image
 208
 209 int TestCopyDicom(int argc, char* argv[])
 210 {
 211    if ( argc == 3 )
 212    {
 213       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 214       // over all images
 215       const std::string input = argv[1];
 216       const std::string reference = argv[2];
 217       return CopyDicom( input, reference );
 218    }
 219    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 220    {
 221       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 222                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 223       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 224                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 225       return 1;
 226    }
 227    // else other cases:
 228
 229    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 230              << std::endl;
 231    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 232                 "Test/CMakeLists.txt)"
 233              << std::endl;
 234    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 235              << std::endl;
 236    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmHeader) and call"
 237              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 238              << "GetImageDataSize() "
 239              << std::endl;
 240    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 241              << " pixel datas are set to the copy"
 242              << std::endl;
 243    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 244              << std::endl;
 245    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 246              << std::endl;
 247    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 248              << "images " << std::endl
 249              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 250    std::cout << std::endl;
 251
 252    int i =0;
 253    int retVal = 0;  //by default this is an error
 254    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 255    {
 256       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 257       filename += "/";  //doh!
 258       filename += gdcmDataImages[i];
 259
 260       std::string output = "output.dcm";
 261
 262       if( CopyDicom( filename, output ) != 0 )
 263       {
 264          retVal++;
 265       }
 266
 267       i++;
 268    }
 269    return retVal;
 270 }
 271