Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/10/21 08:35:49 $
   7   Version:   $Revision: 1.43 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDataEntry.h"
  21
  22 //Generated file:
  23 #include "gdcmDataImages.h"
  24
  25 // return true if the file exists
  26 bool FileExists(const char *filename);
  27 bool RemoveFile(const char *source);
  28
  29 int CopyDicom(std::string const &filename,
  30               std::string const &output )
  31 {
  32       std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  33       if( FileExists( output.c_str() ) )
  34       {
  35          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  36          {
  37             std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  38             return 1;
  39          }
  40       }
  41
  42       //////////////// Step 1:
  43       std::cout << "      1...";
  44
  45       gdcm::File *originalH = new gdcm::File( );
  46       gdcm::File *copyH     = new gdcm::File( );
  47
  48       originalH->SetFileName( filename );
  49       originalH->Load( );
  50       //First of all copy the file, field by field
  51
  52       //////////////// Step 2:
  53       std::cout << "2...";
  54       gdcm::DocEntry *d=originalH->GetFirstEntry();
  55       while(d)
  56       {
  57          if ( gdcm::DataEntry *de = dynamic_cast<gdcm::DataEntry *>(d) )
  58          {
  59             copyH->InsertEntryBinArea( de->GetBinArea(),de->GetLength(),
  60                                        de->GetGroup(),de->GetElement(),
  61                                        de->GetVR() );
  62          }
  63          else
  64          {
  65           // We skip pb of SQ recursive exploration
  66          }
  67
  68          d=originalH->GetNextEntry();
  69       }
  70
  71       gdcm::FileHelper *original = new gdcm::FileHelper( originalH );
  72       gdcm::FileHelper *copy     = new gdcm::FileHelper( copyH );
  73
  74       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  75       uint8_t *imageData = original->GetImageData();
  76
  77       // Useless to set the image data, because it's already made when
  78       // copying the corresponding DataEntry that contains the pixel data
  79
  80       // --> FIXME : Why do we let the following line?
  81       //             to avoid compile time warnings?
  82       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
  83
  84       //////////////// Step 3:
  85       std::cout << "3...";
  86       copy->SetWriteModeToRGB();
  87       if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
  88       {
  89          std::cout << " Failed" << std::endl
  90                    << "       " << output << " not written" << std::endl;
  91
  92          delete original;
  93          delete copy;
  94          delete originalH;
  95          delete copyH;
  96
  97          return 1;
  98       }
  99
 100       delete copy;
 101       delete copyH;
 102
 103       //////////////// Step 4:
 104       std::cout << "4...";
 105       copy = new gdcm::FileHelper( output );
 106
 107       //Is the file written still gdcm parsable ?
 108       if ( !copy->GetFile()->IsReadable() )
 109       {
 110          std::cout << " Failed" << std::endl
 111                    << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 112
 113          delete original;
 114          delete originalH;
 115
 116          return 1;
 117       }
 118
 119       //////////////// Step 5:
 120       std::cout << "5...";
 121       size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 122       uint8_t *imageDataWritten = copy->GetImageData();
 123
 124       if (dataSize != dataSizeWritten)
 125       {
 126          std::cout << " Failed" << std::endl
 127                    << "        Pixel areas lengths differ: "
 128                    << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 129
 130          delete original;
 131          delete copy;
 132          delete originalH;
 133
 134          return 1;
 135       }
 136
 137       if (int res = memcmp(imageData, imageDataWritten, dataSize) !=0)
 138       {
 139          (void)res;
 140          std::cout << " Failed" << std::endl
 141                    << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 142
 143          delete original;
 144          delete copy;
 145          delete originalH;
 146
 147          return 1;
 148       }
 149       std::cout << "OK." << std::endl ;
 150
 151       delete original;
 152       delete copy;
 153       delete originalH;
 154
 155       return 0;
 156 }
 157
 158 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 159 // copying field by field the dicom image
 160
 161 int TestCopyDicom(int argc, char *argv[])
 162 {
 163    if ( argc == 3 )
 164    {
 165       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 166       // over all images
 167       const std::string input = argv[1];
 168       const std::string reference = argv[2];
 169       return CopyDicom( input, reference );
 170    }
 171    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 172    {
 173       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 174                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 175       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 176                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 177       return 1;
 178    }
 179    // else other cases:
 180
 181    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 182              << std::endl;
 183    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 184                 "Test/CMakeLists.txt)"
 185              << std::endl;
 186    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 187              << std::endl;
 188    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmFile) and call"
 189              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 190              << "GetImageDataSize() "
 191              << std::endl;
 192    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 193              << " pixel data are set to the copy"
 194              << std::endl;
 195    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 196              << std::endl;
 197    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 198              << std::endl;
 199    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 200              << "images " << std::endl
 201              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 202    std::cout << std::endl;
 203
 204    int i =0;
 205    int retVal = 0;  //by default this is an error
 206    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 207    {
 208       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 209       filename += "/";  //doh!
 210       filename += gdcmDataImages[i];
 211
 212       std::string output = "output.dcm";
 213
 214       if( CopyDicom( filename, output ) != 0 )
 215       {
 216          retVal++;
 217       }
 218
 219       i++;
 220    }
 221    return retVal;
 222 }
 223