Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/12/07 18:16:39 $
   7   Version:   $Revision: 1.26 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmHeader.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 #ifndef _WIN32
  27 #include <unistd.h> //for access, unlink
  28 #else
  29 #include <io.h> //for _access on Win32
  30 #endif
  31
  32 // return true if the file exists
  33 bool FileExists(const char* filename)
  34 {
  35 #ifdef _MSC_VER
  36 # define access _access
  37 #endif
  38 #ifndef R_OK
  39 # define R_OK 04
  40 #endif
  41   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  42     {
  43     return false;
  44     }
  45   else
  46     {
  47     return true;
  48     }
  49 }
  50
  51 bool RemoveFile(const char* source)
  52 {
  53 #ifdef _MSC_VER
  54 #define _unlink unlink
  55 #endif
  56   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  57 }
  58
  59 int CopyDicom(std::string const & filename,
  60               std::string const & output )
  61 {
  62       std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  63       if( FileExists( output.c_str() ) )
  64       {
  65         // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  66          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  67          {
  68             std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  69             return 1;
  70          }
  71       }
  72
  73       //////////////// Step 1:
  74       std::cout << "      1...";
  75       gdcm::Header *originalH = new gdcm::Header( filename );
  76       gdcm::Header *copyH     = new gdcm::Header( );
  77
  78       //First of all copy the header field by field
  79
  80       // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  81       // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  82       // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  83       // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  84
  85
  86       //////////////// Step 2:
  87       std::cout << "2...";
  88       originalH->Initialize();
  89       gdcm::DocEntry* d=originalH->GetNextEntry();
  90
  91       while(d)
  92       {
  93          if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  94          {
  95             copyH->ReplaceOrCreateByNumber(
  96                                  b->GetBinArea(),
  97                                  b->GetLength(),
  98                                  b->GetGroup(),
  99                                  b->GetElement(),
 100                                  b->GetVR() );
 101          }
 102          else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
 103          {
 104              copyH->ReplaceOrCreateByNumber(
 105                                  v->GetValue(),
 106                                  v->GetGroup(),
 107                                  v->GetElement(),
 108                                  v->GetVR() );
 109          }
 110          else
 111          {
 112           // We skip pb of SQ recursive exploration
 113          }
 114
 115          d=originalH->GetNextEntry();
 116       }
 117
 118       gdcm::File *original = new gdcm::File( originalH );
 119       gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
 120
 121       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
 122       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
 123
 124       // Useless to set the image datas, because it's already made when
 125       // copying the corresponding BinEntry that contains the pixel datas
 126       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 127
 128       //////////////// Step 3:
 129       std::cout << "3...";
 130       copy->SetWriteModeToRGB();
 131       if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 132       {
 133          std::cout << " Failed" << std::endl
 134                    << "        " << output << " not written" << std::endl;
 135
 136          delete original;
 137          delete copy;
 138          delete originalH;
 139          delete copyH;
 140
 141          return 1;
 142       }
 143
 144       delete copy;
 145       delete copyH;
 146
 147       //////////////// Step 4:
 148       std::cout << "4...";
 149       copy = new gdcm::File( output );
 150
 151       //Is the file written still gdcm parsable ?
 152       if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 153       {
 154          std::cout << " Failed" << std::endl
 155                    << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 156
 157          delete original;
 158          delete originalH;
 159
 160          return 1;
 161       }
 162
 163       //////////////// Step 5:
 164       std::cout << "5...";
 165       size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 166       uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 167
 168       if (dataSize != dataSizeWritten)
 169       {
 170          std::cout << " Failed" << std::endl
 171                    << "        Pixel areas lengths differ: "
 172                    << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 173
 174          delete original;
 175          delete copy;
 176          delete originalH;
 177
 178          return 1;
 179       }
 180
 181       if (int res = memcmp(imageData, imageDataWritten, dataSize) !=0)
 182       {
 183          (void)res;
 184          std::cout << " Failed" << std::endl
 185                    << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 186
 187          delete original;
 188          delete copy;
 189          delete originalH;
 190
 191          return 1;
 192       }
 193       std::cout << "OK." << std::endl ;
 194
 195       delete original;
 196       delete copy;
 197       delete originalH;
 198
 199       return 0;
 200 }
 201
 202 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 203 // copying field by field the dicom image
 204
 205 int TestCopyDicom(int argc, char* argv[])
 206 {
 207    if ( argc == 3 )
 208    {
 209       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 210       // over all images
 211       const std::string input = argv[1];
 212       const std::string reference = argv[2];
 213       return CopyDicom( input, reference );
 214    }
 215    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 216    {
 217       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 218                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 219       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 220                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 221       return 1;
 222    }
 223    // else other cases:
 224
 225    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 226              << std::endl;
 227    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 228                 "Test/CMakeLists.txt)"
 229              << std::endl;
 230    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 231              << std::endl;
 232    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmHeader) and call"
 233              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 234              << "GetImageDataSize() "
 235              << std::endl;
 236    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 237              << " pixel datas are set to the copy"
 238              << std::endl;
 239    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 240              << std::endl;
 241    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 242              << std::endl;
 243    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 244              << "images " << std::endl
 245              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 246    std::cout << std::endl;
 247
 248    int i =0;
 249    int retVal = 0;  //by default this is an error
 250    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 251    {
 252       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 253       filename += "/";  //doh!
 254       filename += gdcmDataImages[i];
 255
 256       std::string output = "output.dcm";
 257
 258       if( CopyDicom( filename, output ) != 0 )
 259       {
 260          retVal++;
 261       }
 262
 263       i++;
 264    }
 265    return retVal;
 266 }
 267