Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/08 13:39:57 $
   7   Version:   $Revision: 1.41 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 // return true if the file exists
  27 bool FileExists(const char *filename);
  28 bool RemoveFile(const char *source);
  29
  30 int CopyDicom(std::string const &filename,
  31               std::string const &output )
  32 {
  33       std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  34       if( FileExists( output.c_str() ) )
  35       {
  36          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  37          {
  38             std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  39             return 1;
  40          }
  41       }
  42
  43       //////////////// Step 1:
  44       std::cout << "      1...";
  45
  46       gdcm::File *originalH = new gdcm::File( );
  47       gdcm::File *copyH     = new gdcm::File( );
  48
  49       originalH->SetFileName( filename );
  50       originalH->Load( );
  51       //First of all copy the file, field by field
  52
  53       //////////////// Step 2:
  54       std::cout << "2...";
  55       gdcm::DocEntry *d=originalH->GetFirstEntry();
  56       while(d)
  57       {
  58          if ( gdcm::BinEntry *b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  59          {
  60             copyH->InsertBinEntry( b->GetBinArea(),b->GetLength(),
  61                                    b->GetGroup(),b->GetElement(),
  62                                    b->GetVR() );
  63          }
  64          else if ( gdcm::ValEntry *v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  65          {
  66              copyH->InsertValEntry( v->GetValue(),
  67                                     v->GetGroup(),v->GetElement(),
  68                                     v->GetVR() );
  69          }
  70          else
  71          {
  72           // We skip pb of SQ recursive exploration
  73          }
  74
  75          d=originalH->GetNextEntry();
  76       }
  77
  78       gdcm::FileHelper *original = new gdcm::FileHelper( originalH );
  79       gdcm::FileHelper *copy     = new gdcm::FileHelper( copyH );
  80
  81       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  82       uint8_t *imageData = original->GetImageData();
  83
  84       // Useless to set the image data, because it's already made when
  85       // copying the corresponding BinEntry that contains the pixel data
  86       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
  87
  88       //////////////// Step 3:
  89       std::cout << "3...";
  90       copy->SetWriteModeToRGB();
  91       if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
  92       {
  93          std::cout << " Failed" << std::endl
  94                    << "       " << output << " not written" << std::endl;
  95
  96          delete original;
  97          delete copy;
  98          delete originalH;
  99          delete copyH;
 100
 101          return 1;
 102       }
 103
 104       delete copy;
 105       delete copyH;
 106
 107       //////////////// Step 4:
 108       std::cout << "4...";
 109       copy = new gdcm::FileHelper( output );
 110
 111       //Is the file written still gdcm parsable ?
 112       if ( !copy->GetFile()->IsReadable() )
 113       {
 114          std::cout << " Failed" << std::endl
 115                    << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 116
 117          delete original;
 118          delete originalH;
 119
 120          return 1;
 121       }
 122
 123       //////////////// Step 5:
 124       std::cout << "5...";
 125       size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 126       uint8_t *imageDataWritten = copy->GetImageData();
 127
 128       if (dataSize != dataSizeWritten)
 129       {
 130          std::cout << " Failed" << std::endl
 131                    << "        Pixel areas lengths differ: "
 132                    << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 133
 134          delete original;
 135          delete copy;
 136          delete originalH;
 137
 138          return 1;
 139       }
 140
 141       if (int res = memcmp(imageData, imageDataWritten, dataSize) !=0)
 142       {
 143          (void)res;
 144          std::cout << " Failed" << std::endl
 145                    << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 146
 147          delete original;
 148          delete copy;
 149          delete originalH;
 150
 151          return 1;
 152       }
 153       std::cout << "OK." << std::endl ;
 154
 155       delete original;
 156       delete copy;
 157       delete originalH;
 158
 159       return 0;
 160 }
 161
 162 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 163 // copying field by field the dicom image
 164
 165 int TestCopyDicom(int argc, char *argv[])
 166 {
 167    if ( argc == 3 )
 168    {
 169       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 170       // over all images
 171       const std::string input = argv[1];
 172       const std::string reference = argv[2];
 173       return CopyDicom( input, reference );
 174    }
 175    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 176    {
 177       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 178                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 179       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 180                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 181       return 1;
 182    }
 183    // else other cases:
 184
 185    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 186              << std::endl;
 187    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 188                 "Test/CMakeLists.txt)"
 189              << std::endl;
 190    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 191              << std::endl;
 192    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmFile) and call"
 193              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 194              << "GetImageDataSize() "
 195              << std::endl;
 196    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 197              << " pixel data are set to the copy"
 198              << std::endl;
 199    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 200              << std::endl;
 201    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 202              << std::endl;
 203    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 204              << "images " << std::endl
 205              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 206    std::cout << std::endl;
 207
 208    int i =0;
 209    int retVal = 0;  //by default this is an error
 210    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 211    {
 212       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 213       filename += "/";  //doh!
 214       filename += gdcmDataImages[i];
 215
 216       std::string output = "output.dcm";
 217
 218       if( CopyDicom( filename, output ) != 0 )
 219       {
 220          retVal++;
 221       }
 222
 223       i++;
 224    }
 225    return retVal;
 226 }
 227