Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 #include "gdcmHeader.h"
   2 #include "gdcmFile.h"
   3 #include "gdcmDocument.h"
   4 #include "gdcmValEntry.h"
   5 #include "gdcmBinEntry.h"
   6
   7 //Generated file:
   8 #include "gdcmDataImages.h"
   9
  10 #ifndef _WIN32
  11 #include <unistd.h> //for access, unlink
  12 #else
  13 #include <io.h> //for _access on Win32
  14 #endif
  15
  16 // return true if the file exists
  17 bool FileExists(const char* filename)
  18 {
  19 #ifdef _MSC_VER
  20 # define access _access
  21 #endif
  22 #ifndef R_OK
  23 # define R_OK 04
  24 #endif
  25   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  26     {
  27     return false;
  28     }
  29   else
  30     {
  31     return true;
  32     }
  33 }
  34
  35 bool RemoveFile(const char* source)
  36 {
  37 #ifdef _MSC_VER
  38 #define _unlink unlink
  39 #endif
  40   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  41 }
  42
  43 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
  44 // copying field by field the dicom image
  45
  46 int TestCopyDicom(int , char* [])
  47 {
  48    int i =0;
  49    int retVal = 0;  //by default this is an error
  50    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
  51    {
  52       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
  53       filename += "/";  //doh!
  54       filename += gdcmDataImages[i];
  55       std::cerr << "Filename: " << filename << std::endl;
  56
  57       std::string output = "../Testing/Temporary/output.dcm";
  58
  59       if( FileExists( output.c_str() ) )
  60       {
  61         // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  62          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  63          {
  64             std::cerr << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  65             return 1;
  66          }
  67       }
  68
  69       gdcm::File *original = new gdcm::File( filename );
  70       gdcm::File *copy = new gdcm::File( output );
  71
  72       const gdcm::TagDocEntryHT & Ht = original->GetHeader()->GetTagHT();
  73
  74       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  75       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
  76
  77       //First of all copy the header field by field
  78
  79       // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  80       // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  81       // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  82       // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  83
  84       gdcm::DocEntry* d;
  85
  86       for (gdcm::TagDocEntryHT::const_iterator tag = Ht.begin(); tag != Ht.end(); ++tag)
  87       {
  88          d = tag->second;
  89          if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  90          {
  91             copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
  92                                  b->GetBinArea(),
  93                                  b->GetLength(),
  94                                  b->GetGroup(),
  95                                  b->GetElement(),
  96                                  b->GetVR() );
  97          }
  98          else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  99          {
 100              copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
 101                                  v->GetValue(),
 102                                  v->GetGroup(),
 103                                  v->GetElement(),
 104                                  v->GetVR() );
 105          }
 106          else
 107          {
 108           // We skip pb of SQ recursive exploration
 109           //std::cout << "Skipped Sequence "
 110           //          << "------------- " << d->GetVR() << " "<< std::hex
 111           //          << d->GetGroup() << " " << d->GetElement()
 112           //  << std::endl;
 113          }
 114       }
 115
 116       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 117       original->GetHeader()->SetImageDataSize(dataSize);
 118
 119       copy->WriteDcmExplVR( output );
 120
 121       delete original;
 122       delete copy;
 123
 124       copy = new gdcm::File( output );
 125
 126       //Is the file written still gdcm parsable ?
 127       if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 128       {
 129          retVal +=1;
 130          std::cout << output << " Failed" << std::endl;
 131       }
 132       i++;
 133    }
 134    return retVal;
 135 }
 136