Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 #include "gdcmHeader.h"
   2 #include "gdcmFile.h"
   3 #include "gdcmDocument.h"
   4 #include "gdcmValEntry.h"
   5 #include "gdcmBinEntry.h"
   6
   7 //Generated file:
   8 #include "gdcmDataImages.h"
   9
  10 #ifndef _WIN32
  11 #include <unistd.h> //for access, unlink
  12 #endif
  13
  14 // return true if the file exists
  15 bool FileExists(const char* filename)
  16 {
  17 #ifdef _MSC_VER
  18 # define access _access
  19 #endif
  20 #ifndef R_OK
  21 # define R_OK 04
  22 #endif
  23   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  24     {
  25     return false;
  26     }
  27   else
  28     {
  29     return true;
  30     }
  31 }
  32
  33 bool RemoveFile(const char* source)
  34 {
  35 #ifdef _MSC_VER
  36 #define _unlink unlink
  37 #endif
  38   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  39 }
  40
  41 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
  42 // copying field by field the dicom image
  43
  44 int TestCopyDicom(int , char* [])
  45 {
  46    int i =0;
  47    int retVal = 0;  //by default this is an error
  48    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
  49    {
  50       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
  51       filename += "/";  //doh!
  52       filename += gdcmDataImages[i];
  53       std::cerr << "Filename: " << filename << std::endl;
  54
  55       std::string output = "../Testing/Temporary/output.dcm";
  56
  57       if( FileExists( output.c_str() ) )
  58       {
  59         // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  60          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  61          {
  62             std::cerr << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  63             return 1;
  64          }
  65       }
  66
  67       gdcmFile *original = new gdcmFile( filename );
  68       gdcmFile *copy = new gdcmFile( output );
  69
  70       TagDocEntryHT & Ht = original->GetHeader()->GetEntry();
  71
  72       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  73       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
  74
  75       //First of all copy the header field by field
  76
  77       // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  78       // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  79       // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  80       // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  81
  82       gdcmDocEntry* d;
  83
  84       for (TagDocEntryHT::iterator tag = Ht.begin(); tag != Ht.end(); ++tag)
  85       {
  86          d = tag->second;
  87          if ( gdcmBinEntry* b = dynamic_cast<gdcmBinEntry*>(d) )
  88          {
  89             copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
  90                                  b->GetBinArea(),
  91                                  b->GetLength(),
  92                                  b->GetGroup(),
  93                                  b->GetElement(),
  94                                  b->GetVR() );
  95          }
  96          else if ( gdcmValEntry* v = dynamic_cast<gdcmValEntry*>(d) )
  97          {
  98              copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
  99                                  v->GetValue(),
 100                                  v->GetGroup(),
 101                                  v->GetElement(),
 102                                  v->GetVR() );
 103          }
 104          else
 105          {
 106           // We skip pb of SQ recursive exploration
 107           //std::cout << "Skipped Sequence "
 108           //          << "------------- " << d->GetVR() << " "<< std::hex
 109           //          << d->GetGroup() << " " << d->GetElement()
 110           //  << std::endl;
 111          }
 112       }
 113
 114       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 115       original->GetHeader()->SetImageDataSize(dataSize);
 116
 117       copy->WriteDcmExplVR( output );
 118
 119       delete original;
 120       delete copy;
 121
 122       copy = new gdcmFile( output );
 123
 124       //Is the file written still gdcm parsable ?
 125       if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 126       {
 127          retVal +=1;
 128          std::cout << output << " Failed" << std::endl;
 129       }
 130       i++;
 131    }
 132    return retVal;
 133 }
 134