Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/14 11:28:29 $
   7   Version:   $Revision: 1.29 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmHeader.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 #ifndef _WIN32
  27 #include <unistd.h> //for access, unlink
  28 #else
  29 #include <io.h> //for _access on Win32
  30 #endif
  31
  32 // return true if the file exists
  33 bool FileExists(const char* filename)
  34 {
  35 #ifdef _MSC_VER
  36 # define access _access
  37 #endif
  38 #ifndef R_OK
  39 # define R_OK 04
  40 #endif
  41   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  42     {
  43     return false;
  44     }
  45   else
  46     {
  47     return true;
  48     }
  49 }
  50
  51 bool RemoveFile(const char* source)
  52 {
  53 #ifdef _MSC_VER
  54 #define _unlink unlink
  55 #endif
  56   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  57 }
  58
  59 int CopyDicom(std::string const & filename,
  60               std::string const & output )
  61 {
  62       std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  63       if( FileExists( output.c_str() ) )
  64       {
  65         // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  66          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  67          {
  68             std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  69             return 1;
  70          }
  71       }
  72
  73       //////////////// Step 1:
  74       std::cout << "      1...";
  75       gdcm::Header *originalH = new gdcm::Header( filename );
  76       gdcm::Header *copyH     = new gdcm::Header( );
  77
  78       //First of all copy the header field by field
  79
  80       // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  81       // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  82       // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  83       // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  84
  85
  86       //////////////// Step 2:
  87       std::cout << "2...";
  88       originalH->InitTraversal();
  89       gdcm::DocEntry* d=originalH->GetNextEntry();
  90       while(d)
  91       {
  92          if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  93          {
  94             copyH->ReplaceOrCreate(
  95                                  b->GetBinArea(),
  96                                  b->GetLength(),
  97                                  b->GetGroup(),
  98                                  b->GetElement(),
  99                                  b->GetVR() );
 100          }
 101          else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
 102          {
 103              copyH->ReplaceOrCreate(
 104                                  v->GetValue(),
 105                                  v->GetGroup(),
 106                                  v->GetElement(),
 107                                  v->GetVR() );
 108          }
 109          else
 110          {
 111           // We skip pb of SQ recursive exploration
 112          }
 113
 114          d=originalH->GetNextEntry();
 115       }
 116
 117       gdcm::File *original = new gdcm::File( originalH );
 118       gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
 119
 120       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
 121       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
 122
 123       // Useless to set the image datas, because it's already made when
 124       // copying the corresponding BinEntry that contains the pixel datas
 125       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 126
 127       //////////////// Step 3:
 128       std::cout << "3...";
 129       copy->SetWriteModeToRGB();
 130       if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 131       {
 132          std::cout << " Failed" << std::endl
 133                    << "       " << output << " not written" << std::endl;
 134
 135          delete original;
 136          delete copy;
 137          delete originalH;
 138          delete copyH;
 139
 140          return 1;
 141       }
 142
 143       delete copy;
 144       delete copyH;
 145
 146       //////////////// Step 4:
 147       std::cout << "4...";
 148       copy = new gdcm::File( output );
 149
 150       //Is the file written still gdcm parsable ?
 151       if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 152       {
 153          std::cout << " Failed" << std::endl
 154                    << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 155
 156          delete original;
 157          delete originalH;
 158
 159          return 1;
 160       }
 161
 162       //////////////// Step 5:
 163       std::cout << "5...";
 164       size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 165       uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 166
 167       if (dataSize != dataSizeWritten)
 168       {
 169          std::cout << " Failed" << std::endl
 170                    << "        Pixel areas lengths differ: "
 171                    << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 172
 173          delete original;
 174          delete copy;
 175          delete originalH;
 176
 177          return 1;
 178       }
 179
 180       if (int res = memcmp(imageData, imageDataWritten, dataSize) !=0)
 181       {
 182          (void)res;
 183          std::cout << " Failed" << std::endl
 184                    << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 185
 186          delete original;
 187          delete copy;
 188          delete originalH;
 189
 190          return 1;
 191       }
 192       std::cout << "OK." << std::endl ;
 193
 194       delete original;
 195       delete copy;
 196       delete originalH;
 197
 198       return 0;
 199 }
 200
 201 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 202 // copying field by field the dicom image
 203
 204 int TestCopyDicom(int argc, char* argv[])
 205 {
 206    if ( argc == 3 )
 207    {
 208       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 209       // over all images
 210       const std::string input = argv[1];
 211       const std::string reference = argv[2];
 212       return CopyDicom( input, reference );
 213    }
 214    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 215    {
 216       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 217                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 218       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 219                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 220       return 1;
 221    }
 222    // else other cases:
 223
 224    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 225              << std::endl;
 226    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 227                 "Test/CMakeLists.txt)"
 228              << std::endl;
 229    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 230              << std::endl;
 231    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmHeader) and call"
 232              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 233              << "GetImageDataSize() "
 234              << std::endl;
 235    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 236              << " pixel datas are set to the copy"
 237              << std::endl;
 238    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 239              << std::endl;
 240    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 241              << std::endl;
 242    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 243              << "images " << std::endl
 244              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 245    std::cout << std::endl;
 246
 247    int i =0;
 248    int retVal = 0;  //by default this is an error
 249    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 250    {
 251       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 252       filename += "/";  //doh!
 253       filename += gdcmDataImages[i];
 254
 255       std::string output = "output.dcm";
 256
 257       if( CopyDicom( filename, output ) != 0 )
 258       {
 259          retVal++;
 260       }
 261
 262       i++;
 263    }
 264    return retVal;
 265 }
 266