Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 #include "gdcmHeader.h"
   2 #include "gdcmFile.h"
   3 #include "gdcmDocument.h"
   4 #include "gdcmValEntry.h"
   5 #include "gdcmBinEntry.h"
   6
   7 //Generated file:
   8 #include "gdcmDataImages.h"
   9
  10 #ifndef _WIN32
  11 #include <unistd.h> //for access, unlink
  12 #endif
  13
  14 // return true if the file exists
  15 bool FileExists(const char* filename)
  16 {
  17 #ifdef _MSC_VER
  18 # define access _access
  19 #endif
  20 #ifndef R_OK
  21 # define R_OK 04
  22 #endif
  23   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  24     {
  25     return false;
  26     }
  27   else
  28     {
  29     return true;
  30     }
  31 }
  32
  33 bool RemoveFile(const char* source)
  34 {
  35 #ifdef _MSC_VER
  36 #define _unlink unlink
  37 #endif
  38   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  39 }
  40
  41 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
  42 // copying field by field the dicom image
  43
  44 int TestCopyDicom(int , char* [])
  45 {
  46    int i =0;
  47    int retVal = 0;  //by default this is an error
  48    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
  49    {
  50       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
  51       filename += "/";  //doh!
  52       filename += gdcmDataImages[i];
  53       std::cerr << "Filename: " << filename << std::endl;
  54
  55       std::string output = "../Testing/Temporary/output.dcm";
  56
  57       if( FileExists( output.c_str() ) )
  58       {
  59         // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  60          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  61          {
  62             std::cerr << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  63             return 1;
  64          }
  65       }
  66
  67       gdcmFile *original = new gdcmFile( filename );
  68       gdcmFile *copy = new gdcmFile( output );
  69
  70       TagDocEntryHT & Ht = original->GetHeader()->GetEntry();
  71
  72       //First of all copy the header field by field
  73
  74       // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  75       // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  76       // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  77       // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  78
  79       TagNameHT & nameHt = original->GetHeader()->GetPubDict()->GetEntriesByName();
  80
  81       gdcmValEntry* v;
  82       gdcmBinEntry* b;
  83       gdcmDocEntry* d;
  84
  85       for (TagDocEntryHT::iterator tag = Ht.begin(); tag != Ht.end(); ++tag)
  86       {
  87          d = tag->second;
  88
  89          if ( gdcmBinEntry* b = dynamic_cast<gdcmBinEntry*>(d) )
  90          {
  91          // for private elements, the gdcmDictEntry is unknown
  92          // and it's VR is unpredictable ...
  93          // ( In *this* case ReplaceOrCreateByNumber
  94          //  should have a knowledge of the virtual dictionary
  95          //  gdcmDictSet::VirtualEntry )
  96          // ReplaceOrCreateByNumber may now receive the VR of the source Entry
  97          // as a extra parameter
  98          //
  99             //if ( d->GetGroup()%2 == 1) // Skip private Entries
 100             //   continue;
 101
 102            // TODO :write ReplaceOrCreateByNumber with VR,
 103            //       for BinEntries as well!
 104
 105             copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
 106                                  b->GetVoidArea(),
 107                                  b->GetLength(),
 108                                  b->GetGroup(),
 109                                  b->GetElement() );
 110             }
 111             else  if ( gdcmValEntry* v = dynamic_cast<gdcmValEntry*>(d) )
 112             {
 113                if ( d->GetGroup()%2 != 1)
 114                {
 115                   copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
 116                                  v->GetValue(),
 117                                  v->GetGroup(),
 118                                  v->GetElement() );
 119                 }
 120                 else
 121                 {
 122                   copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
 123                                  v->GetValue(),
 124                                  v->GetGroup(),
 125                                  v->GetElement(),
 126                                  v->GetVR() );
 127                 }
 128          }
 129          else
 130          {
 131           // We skip pb of SQ recursive exploration
 132           //std::cout << "Skipped Sequence "
 133           //          << "------------- " << d->GetVR() << " "<< std::hex
 134           //          << d->GetGroup() << " " << d->GetElement()
 135           //  << std::endl;
 136          }
 137       }
 138
 139       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
 140       void *imageData = original->GetImageData();
 141
 142       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 143       original->GetHeader()->SetImageDataSize(dataSize);
 144
 145       copy->WriteDcmExplVR( output );
 146
 147       delete original;
 148       delete copy;
 149
 150       copy = new gdcmFile( output );
 151
 152       //Is the file written still gdcm parsable ?
 153       if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 154       {
 155          retVal +=1;
 156          std::cout << output << " Failed" << std::endl;
 157       }
 158       i++;
 159    }
 160    return retVal;
 161 }
 162