Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/18 07:56:21 $
   7   Version:   $Revision: 1.30 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmHeader.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 #ifndef _WIN32
  27 #include <unistd.h> //for access, unlink
  28 #else
  29 #include <io.h> //for _access on Win32
  30 #endif
  31
  32 // return true if the file exists
  33 bool FileExists(const char* filename)
  34 {
  35 #ifdef _MSC_VER
  36 # define access _access
  37 #endif
  38 #ifndef R_OK
  39 # define R_OK 04
  40 #endif
  41   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  42     {
  43     return false;
  44     }
  45   else
  46     {
  47     return true;
  48     }
  49 }
  50
  51 bool RemoveFile(const char* source)
  52 {
  53 #ifdef _MSC_VER
  54 #define _unlink unlink
  55 #endif
  56   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  57 }
  58
  59 int CopyDicom(std::string const & filename,
  60               std::string const & output )
  61 {
  62       std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  63       if( FileExists( output.c_str() ) )
  64       {
  65         // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  66          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  67          {
  68             std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  69             return 1;
  70          }
  71       }
  72
  73       //////////////// Step 1:
  74       std::cout << "      1...";
  75       gdcm::Header *originalH = new gdcm::Header( filename );
  76       gdcm::Header *copyH     = new gdcm::Header( );
  77
  78       //First of all copy the header field by field
  79
  80       // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  81       // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  82       // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  83       // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  84
  85
  86       //////////////// Step 2:
  87       std::cout << "2...";
  88       gdcm::DocEntry* d=originalH->GetFirstEntry();
  89       while(d)
  90       {
  91          if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  92          {
  93             copyH->ReplaceOrCreate(
  94                                  b->GetBinArea(),
  95                                  b->GetLength(),
  96                                  b->GetGroup(),
  97                                  b->GetElement(),
  98                                  b->GetVR() );
  99          }
 100          else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
 101          {
 102              copyH->ReplaceOrCreate(
 103                                  v->GetValue(),
 104                                  v->GetGroup(),
 105                                  v->GetElement(),
 106                                  v->GetVR() );
 107          }
 108          else
 109          {
 110           // We skip pb of SQ recursive exploration
 111          }
 112
 113          d=originalH->GetNextEntry();
 114       }
 115
 116       gdcm::File *original = new gdcm::File( originalH );
 117       gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
 118
 119       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
 120       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
 121
 122       // Useless to set the image datas, because it's already made when
 123       // copying the corresponding BinEntry that contains the pixel datas
 124       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 125
 126       //////////////// Step 3:
 127       std::cout << "3...";
 128       copy->SetWriteModeToRGB();
 129       if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 130       {
 131          std::cout << " Failed" << std::endl
 132                    << "       " << output << " not written" << std::endl;
 133
 134          delete original;
 135          delete copy;
 136          delete originalH;
 137          delete copyH;
 138
 139          return 1;
 140       }
 141
 142       delete copy;
 143       delete copyH;
 144
 145       //////////////// Step 4:
 146       std::cout << "4...";
 147       copy = new gdcm::File( output );
 148
 149       //Is the file written still gdcm parsable ?
 150       if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 151       {
 152          std::cout << " Failed" << std::endl
 153                    << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 154
 155          delete original;
 156          delete originalH;
 157
 158          return 1;
 159       }
 160
 161       //////////////// Step 5:
 162       std::cout << "5...";
 163       size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 164       uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 165
 166       if (dataSize != dataSizeWritten)
 167       {
 168          std::cout << " Failed" << std::endl
 169                    << "        Pixel areas lengths differ: "
 170                    << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 171
 172          delete original;
 173          delete copy;
 174          delete originalH;
 175
 176          return 1;
 177       }
 178
 179       if (int res = memcmp(imageData, imageDataWritten, dataSize) !=0)
 180       {
 181          (void)res;
 182          std::cout << " Failed" << std::endl
 183                    << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 184
 185          delete original;
 186          delete copy;
 187          delete originalH;
 188
 189          return 1;
 190       }
 191       std::cout << "OK." << std::endl ;
 192
 193       delete original;
 194       delete copy;
 195       delete originalH;
 196
 197       return 0;
 198 }
 199
 200 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 201 // copying field by field the dicom image
 202
 203 int TestCopyDicom(int argc, char* argv[])
 204 {
 205    if ( argc == 3 )
 206    {
 207       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 208       // over all images
 209       const std::string input = argv[1];
 210       const std::string reference = argv[2];
 211       return CopyDicom( input, reference );
 212    }
 213    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 214    {
 215       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 216                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 217       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 218                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 219       return 1;
 220    }
 221    // else other cases:
 222
 223    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 224              << std::endl;
 225    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 226                 "Test/CMakeLists.txt)"
 227              << std::endl;
 228    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 229              << std::endl;
 230    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmHeader) and call"
 231              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 232              << "GetImageDataSize() "
 233              << std::endl;
 234    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 235              << " pixel datas are set to the copy"
 236              << std::endl;
 237    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 238              << std::endl;
 239    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 240              << std::endl;
 241    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 242              << "images " << std::endl
 243              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 244    std::cout << std::endl;
 245
 246    int i =0;
 247    int retVal = 0;  //by default this is an error
 248    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 249    {
 250       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 251       filename += "/";  //doh!
 252       filename += gdcmDataImages[i];
 253
 254       std::string output = "output.dcm";
 255
 256       if( CopyDicom( filename, output ) != 0 )
 257       {
 258          retVal++;
 259       }
 260
 261       i++;
 262    }
 263    return retVal;
 264 }
 265