Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/24 16:44:54 $
   7   Version:   $Revision: 1.35 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 #ifndef _WIN32
  27 #include <unistd.h> //for access, unlink
  28 #else
  29 #include <io.h> //for _access on Win32
  30 #endif
  31
  32 // return true if the file exists
  33 bool FileExists(const char* filename)
  34 {
  35 #ifdef _MSC_VER
  36 # define access _access
  37 #endif
  38 #ifndef R_OK
  39 # define R_OK 04
  40 #endif
  41   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  42     {
  43     return false;
  44     }
  45   else
  46     {
  47     return true;
  48     }
  49 }
  50
  51 bool RemoveFile(const char* source)
  52 {
  53 #ifdef _MSC_VER
  54 #define _unlink unlink
  55 #endif
  56   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  57 }
  58
  59 int CopyDicom(std::string const & filename,
  60               std::string const & output )
  61 {
  62       std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  63       if( FileExists( output.c_str() ) )
  64       {
  65          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  66          {
  67             std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  68             return 1;
  69          }
  70       }
  71
  72       //////////////// Step 1:
  73       std::cout << "      1...";
  74       gdcm::File *originalH = new gdcm::File( filename );
  75       gdcm::File *copyH     = new gdcm::File( );
  76
  77       //First of all copy the header field by field
  78
  79       //////////////// Step 2:
  80       std::cout << "2...";
  81       gdcm::DocEntry* d=originalH->GetFirstEntry();
  82       while(d)
  83       {
  84          if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  85          {
  86             copyH->Insert( b->GetBinArea(),
  87                            b->GetLength(),
  88                            b->GetGroup(),
  89                            b->GetElement(),
  90                            b->GetVR() );
  91          }
  92          else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  93          {
  94              copyH->Insert( v->GetValue(),
  95                             v->GetGroup(),
  96                             v->GetElement(),
  97                             v->GetVR() );
  98          }
  99          else
 100          {
 101           // We skip pb of SQ recursive exploration
 102          }
 103
 104          d=originalH->GetNextEntry();
 105       }
 106
 107       gdcm::FileHelper *original = new gdcm::FileHelper( originalH );
 108       gdcm::FileHelper *copy     = new gdcm::FileHelper( copyH );
 109
 110       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
 111       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
 112
 113       // Useless to set the image datas, because it's already made when
 114       // copying the corresponding BinEntry that contains the pixel datas
 115       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 116
 117       //////////////// Step 3:
 118       std::cout << "3...";
 119       copy->SetWriteModeToRGB();
 120       if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 121       {
 122          std::cout << " Failed" << std::endl
 123                    << "       " << output << " not written" << std::endl;
 124
 125          delete original;
 126          delete copy;
 127          delete originalH;
 128          delete copyH;
 129
 130          return 1;
 131       }
 132
 133       delete copy;
 134       delete copyH;
 135
 136       //////////////// Step 4:
 137       std::cout << "4...";
 138       copy = new gdcm::FileHelper( output );
 139
 140       //Is the file written still gdcm parsable ?
 141       if ( !copy->GetFile()->IsReadable() )
 142       {
 143          std::cout << " Failed" << std::endl
 144                    << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 145
 146          delete original;
 147          delete originalH;
 148
 149          return 1;
 150       }
 151
 152       //////////////// Step 5:
 153       std::cout << "5...";
 154       size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 155       uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 156
 157       if (dataSize != dataSizeWritten)
 158       {
 159          std::cout << " Failed" << std::endl
 160                    << "        Pixel areas lengths differ: "
 161                    << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 162
 163          delete original;
 164          delete copy;
 165          delete originalH;
 166
 167          return 1;
 168       }
 169
 170       if (int res = memcmp(imageData, imageDataWritten, dataSize) !=0)
 171       {
 172          (void)res;
 173          std::cout << " Failed" << std::endl
 174                    << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 175
 176          delete original;
 177          delete copy;
 178          delete originalH;
 179
 180          return 1;
 181       }
 182       std::cout << "OK." << std::endl ;
 183
 184       delete original;
 185       delete copy;
 186       delete originalH;
 187
 188       return 0;
 189 }
 190
 191 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 192 // copying field by field the dicom image
 193
 194 int TestCopyDicom(int argc, char* argv[])
 195 {
 196    if ( argc == 3 )
 197    {
 198       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 199       // over all images
 200       const std::string input = argv[1];
 201       const std::string reference = argv[2];
 202       return CopyDicom( input, reference );
 203    }
 204    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 205    {
 206       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 207                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 208       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 209                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 210       return 1;
 211    }
 212    // else other cases:
 213
 214    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 215              << std::endl;
 216    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 217                 "Test/CMakeLists.txt)"
 218              << std::endl;
 219    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 220              << std::endl;
 221    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmFile) and call"
 222              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 223              << "GetImageDataSize() "
 224              << std::endl;
 225    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 226              << " pixel datas are set to the copy"
 227              << std::endl;
 228    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 229              << std::endl;
 230    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 231              << std::endl;
 232    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 233              << "images " << std::endl
 234              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 235    std::cout << std::endl;
 236
 237    int i =0;
 238    int retVal = 0;  //by default this is an error
 239    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 240    {
 241       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 242       filename += "/";  //doh!
 243       filename += gdcmDataImages[i];
 244
 245       std::string output = "output.dcm";
 246
 247       if( CopyDicom( filename, output ) != 0 )
 248       {
 249          retVal++;
 250       }
 251
 252       i++;
 253    }
 254    return retVal;
 255 }
 256