Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/11/24 10:23:46 $
   7   Version:   $Revision: 1.19 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmHeader.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDocument.h"
  21 #include "gdcmValEntry.h"
  22 #include "gdcmBinEntry.h"
  23
  24 //Generated file:
  25 #include "gdcmDataImages.h"
  26
  27 #ifndef _WIN32
  28 #include <unistd.h> //for access, unlink
  29 #else
  30 #include <io.h> //for _access on Win32
  31 #endif
  32
  33 // return true if the file exists
  34 bool FileExists(const char* filename)
  35 {
  36 #ifdef _MSC_VER
  37 # define access _access
  38 #endif
  39 #ifndef R_OK
  40 # define R_OK 04
  41 #endif
  42   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  43     {
  44     return false;
  45     }
  46   else
  47     {
  48     return true;
  49     }
  50 }
  51
  52 bool RemoveFile(const char* source)
  53 {
  54 #ifdef _MSC_VER
  55 #define _unlink unlink
  56 #endif
  57   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  58 }
  59
  60 int CopyDicom(std::string const & filename,
  61               std::string const & output )
  62 {
  63       std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  64       if( FileExists( output.c_str() ) )
  65       {
  66         // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  67          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  68          {
  69             std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  70             return 1;
  71          }
  72       }
  73
  74       //////////////// Step 1:
  75       std::cout << "      1...";
  76       gdcm::File *original = new gdcm::File( filename );
  77       gdcm::File *copy = new gdcm::File( output );
  78
  79       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  80       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
  81       (void)dataSize;  // To use the variable and not have warnings at compil.
  82       (void)imageData; // To use the variable and not have warnings at compil.
  83
  84       //First of all copy the header field by field
  85
  86       // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  87       // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  88       // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  89       // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  90
  91
  92       //////////////// Step 2:
  93       std::cout << "2...";
  94       original->GetHeader()->Initialize();
  95       gdcm::DocEntry* d=original->GetHeader()->GetNextEntry();
  96
  97       while(d)
  98       {
  99          if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
 100          {
 101             copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
 102                                  b->GetBinArea(),
 103                                  b->GetLength(),
 104                                  b->GetGroup(),
 105                                  b->GetElement(),
 106                                  b->GetVR() );
 107          }
 108          else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
 109          {
 110              copy->GetHeader()->ReplaceOrCreateByNumber(
 111                                  v->GetValue(),
 112                                  v->GetGroup(),
 113                                  v->GetElement(),
 114                                  v->GetVR() );
 115          }
 116          else
 117          {
 118           // We skip pb of SQ recursive exploration
 119           //std::cout << "Skipped Sequence "
 120           //          << "------------- " << d->GetVR() << " "<< std::hex
 121           //          << d->GetGroup() << " " << d->GetElement()
 122           //  << std::endl;
 123          }
 124
 125          d=original->GetHeader()->GetNextEntry();
 126       }
 127
 128
 129       // Useless to set the image datas, because it's already made when
 130       // copying the corresponding BinEntry that contains the pixel datas
 131       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 132 //      copy->GetImageData();
 133 //      original->GetHeader()->SetImageDataSize(dataSize);
 134
 135       //////////////// Step 3:
 136       std::cout << "3...";
 137       copy->WriteDcmExplVR( output );
 138
 139       delete copy;
 140
 141       //////////////// Step 4:
 142       std::cout << "4...";
 143       copy = new gdcm::File( output );
 144
 145       //Is the file written still gdcm parsable ?
 146       if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 147       {
 148          std::cout << "=> " << output << " Failed" << std::endl;
 149          delete original;
 150          return(1);
 151       }
 152
 153       //////////////// Step 5:
 154       std::cout << "5...";
 155       int    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 156       uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 157
 158       if (dataSize != dataSizeWritten)
 159       {
 160          std::cout << " Failed" << std::endl
 161             << "        Pixel areas lengths differ: "
 162             << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 163
 164          delete original;
 165          delete copy;
 166
 167          return 1;
 168       }
 169
 170       if (int res = memcmp(imageData, imageDataWritten, dataSize) !=0)
 171       {
 172          (void)res;
 173          std::cout << " Failed" << std::endl
 174             << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 175
 176          delete original;
 177          delete copy;
 178
 179          return 1;
 180       }
 181       std::cout << "OK." << std::endl ;
 182
 183       delete original;
 184       delete copy;
 185
 186       return 0;
 187 }
 188
 189 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 190 // copying field by field the dicom image
 191
 192 int TestCopyDicom(int argc, char* argv[])
 193 {
 194    if ( argc == 3 )
 195    {
 196       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 197       // over all images
 198       const std::string input = argv[1];
 199       const std::string reference = argv[2];
 200       return CopyDicom( input, reference );
 201    }
 202    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 203    {
 204       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 205                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 206       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 207                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 208       return 1;
 209    }
 210    // else other cases:
 211
 212    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 213              << std::endl;
 214    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 215                 "Test/CMakeLists.txt)"
 216              << std::endl;
 217    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 218              << std::endl;
 219    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmHeader) and call"
 220              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 221              << "GetImageDataSize() "
 222              << std::endl;
 223    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 224              << " pixel datas are set to the copy"
 225              << std::endl;
 226    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 227              << std::endl;
 228    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 229              << std::endl;
 230    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 231              << "images " << std::endl
 232              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 233    std::cout << std::endl;
 234
 235    int i =0;
 236    int retVal = 0;  //by default this is an error
 237    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 238    {
 239       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 240       filename += "/";  //doh!
 241       filename += gdcmDataImages[i];
 242
 243 //      std::string output = "../Testing/Temporary/output.dcm";
 244       std::string output = "output.dcm";
 245
 246       if( CopyDicom( filename, output ) != 0 )
 247       {
 248          retVal++;
 249       }
 250
 251       i++;
 252    }
 253    return retVal;
 254 }
 255