Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/26 16:43:10 $
   7   Version:   $Revision: 1.37 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 #ifndef _WIN32
  27 #include <unistd.h> //for access, unlink
  28 #else
  29 #include <io.h> //for _access on Win32
  30 #endif
  31
  32 // return true if the file exists
  33 bool FileExists(const char* filename)
  34 {
  35 #ifdef _MSC_VER
  36 # define access _access
  37 #endif
  38 #ifndef R_OK
  39 # define R_OK 04
  40 #endif
  41   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  42     {
  43     return false;
  44     }
  45   else
  46     {
  47     return true;
  48     }
  49 }
  50
  51 bool RemoveFile(const char* source)
  52 {
  53 #ifdef _MSC_VER
  54 #define _unlink unlink
  55 #endif
  56   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  57 }
  58
  59 int CopyDicom(std::string const & filename,
  60               std::string const & output )
  61 {
  62       std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  63       if( FileExists( output.c_str() ) )
  64       {
  65          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  66          {
  67             std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  68             return 1;
  69          }
  70       }
  71
  72       //////////////// Step 1:
  73       std::cout << "      1...";
  74       gdcm::File *originalH = new gdcm::File( filename );
  75       gdcm::File *copyH     = new gdcm::File( );
  76
  77       //First of all copy the file, field by field
  78
  79       //////////////// Step 2:
  80       std::cout << "2...";
  81       gdcm::DocEntry* d=originalH->GetFirstEntry();
  82       while(d)
  83       {
  84          if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  85          {
  86             copyH->InsertBinEntry( b->GetBinArea(),b->GetLength(),
  87                                    b->GetGroup(),b->GetElement(),
  88                                    b->GetVR() );
  89          }
  90          else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  91          {
  92              copyH->InsertValEntry( v->GetValue(),
  93                                     v->GetGroup(),v->GetElement(),
  94                                     v->GetVR() );
  95          }
  96          else
  97          {
  98           // We skip pb of SQ recursive exploration
  99          }
 100
 101          d=originalH->GetNextEntry();
 102       }
 103
 104       gdcm::FileHelper *original = new gdcm::FileHelper( originalH );
 105       gdcm::FileHelper *copy     = new gdcm::FileHelper( copyH );
 106
 107       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
 108       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
 109
 110       // Useless to set the image data, because it's already made when
 111       // copying the corresponding BinEntry that contains the pixel data
 112       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 113
 114       //////////////// Step 3:
 115       std::cout << "3...";
 116       copy->SetWriteModeToRGB();
 117       if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 118       {
 119          std::cout << " Failed" << std::endl
 120                    << "       " << output << " not written" << std::endl;
 121
 122          delete original;
 123          delete copy;
 124          delete originalH;
 125          delete copyH;
 126
 127          return 1;
 128       }
 129
 130       delete copy;
 131       delete copyH;
 132
 133       //////////////// Step 4:
 134       std::cout << "4...";
 135       copy = new gdcm::FileHelper( output );
 136
 137       //Is the file written still gdcm parsable ?
 138       if ( !copy->GetFile()->IsReadable() )
 139       {
 140          std::cout << " Failed" << std::endl
 141                    << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 142
 143          delete original;
 144          delete originalH;
 145
 146          return 1;
 147       }
 148
 149       //////////////// Step 5:
 150       std::cout << "5...";
 151       size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 152       uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 153
 154       if (dataSize != dataSizeWritten)
 155       {
 156          std::cout << " Failed" << std::endl
 157                    << "        Pixel areas lengths differ: "
 158                    << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 159
 160          delete original;
 161          delete copy;
 162          delete originalH;
 163
 164          return 1;
 165       }
 166
 167       if (int res = memcmp(imageData, imageDataWritten, dataSize) !=0)
 168       {
 169          (void)res;
 170          std::cout << " Failed" << std::endl
 171                    << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 172
 173          delete original;
 174          delete copy;
 175          delete originalH;
 176
 177          return 1;
 178       }
 179       std::cout << "OK." << std::endl ;
 180
 181       delete original;
 182       delete copy;
 183       delete originalH;
 184
 185       return 0;
 186 }
 187
 188 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 189 // copying field by field the dicom image
 190
 191 int TestCopyDicom(int argc, char* argv[])
 192 {
 193    if ( argc == 3 )
 194    {
 195       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 196       // over all images
 197       const std::string input = argv[1];
 198       const std::string reference = argv[2];
 199       return CopyDicom( input, reference );
 200    }
 201    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 202    {
 203       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 204                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 205       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 206                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 207       return 1;
 208    }
 209    // else other cases:
 210
 211    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 212              << std::endl;
 213    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 214                 "Test/CMakeLists.txt)"
 215              << std::endl;
 216    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 217              << std::endl;
 218    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmFile) and call"
 219              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 220              << "GetImageDataSize() "
 221              << std::endl;
 222    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 223              << " pixel data are set to the copy"
 224              << std::endl;
 225    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 226              << std::endl;
 227    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 228              << std::endl;
 229    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 230              << "images " << std::endl
 231              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 232    std::cout << std::endl;
 233
 234    int i =0;
 235    int retVal = 0;  //by default this is an error
 236    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 237    {
 238       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 239       filename += "/";  //doh!
 240       filename += gdcmDataImages[i];
 241
 242       std::string output = "output.dcm";
 243
 244       if( CopyDicom( filename, output ) != 0 )
 245       {
 246          retVal++;
 247       }
 248
 249       i++;
 250    }
 251    return retVal;
 252 }
 253