Testing/TestCopyDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/11/25 10:24:33 $
   7   Version:   $Revision: 1.22 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmHeader.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmDocument.h"
  21 #include "gdcmValEntry.h"
  22 #include "gdcmBinEntry.h"
  23
  24 //Generated file:
  25 #include "gdcmDataImages.h"
  26
  27 #ifndef _WIN32
  28 #include <unistd.h> //for access, unlink
  29 #else
  30 #include <io.h> //for _access on Win32
  31 #endif
  32
  33 // return true if the file exists
  34 bool FileExists(const char* filename)
  35 {
  36 #ifdef _MSC_VER
  37 # define access _access
  38 #endif
  39 #ifndef R_OK
  40 # define R_OK 04
  41 #endif
  42   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  43     {
  44     return false;
  45     }
  46   else
  47     {
  48     return true;
  49     }
  50 }
  51
  52 bool RemoveFile(const char* source)
  53 {
  54 #ifdef _MSC_VER
  55 #define _unlink unlink
  56 #endif
  57   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  58 }
  59
  60 int CopyDicom(std::string const & filename,
  61               std::string const & output )
  62 {
  63       std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  64       if( FileExists( output.c_str() ) )
  65       {
  66         // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  67          if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  68          {
  69             std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  70             return 1;
  71          }
  72       }
  73
  74       //////////////// Step 1:
  75       std::cout << "      1...";
  76       gdcm::Header *originalH = new gdcm::Header( filename );
  77       gdcm::Header *copyH     = new gdcm::Header( output );
  78
  79       //First of all copy the header field by field
  80
  81       // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  82       // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  83       // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  84       // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  85
  86
  87       //////////////// Step 2:
  88       std::cout << "2...";
  89       originalH->Initialize();
  90       gdcm::DocEntry* d=originalH->GetNextEntry();
  91
  92       while(d)
  93       {
  94          if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  95          {
  96             copyH->ReplaceOrCreateByNumber(
  97                                  b->GetBinArea(),
  98                                  b->GetLength(),
  99                                  b->GetGroup(),
 100                                  b->GetElement(),
 101                                  b->GetVR() );
 102          }
 103          else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
 104          {
 105              copyH->ReplaceOrCreateByNumber(
 106                                  v->GetValue(),
 107                                  v->GetGroup(),
 108                                  v->GetElement(),
 109                                  v->GetVR() );
 110          }
 111          else
 112          {
 113           // We skip pb of SQ recursive exploration
 114           //std::cout << "Skipped Sequence "
 115           //          << "------------- " << d->GetVR() << " "<< std::hex
 116           //          << d->GetGroup() << " " << d->GetElement()
 117           //  << std::endl;
 118          }
 119
 120          d=originalH->GetNextEntry();
 121       }
 122
 123       gdcm::File *original = new gdcm::File( originalH );
 124       gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
 125
 126       size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
 127       uint8_t* imageData = original->GetImageData();
 128
 129       // Useless to set the image datas, because it's already made when
 130       // copying the corresponding BinEntry that contains the pixel datas
 131       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 132 //      copy->GetImageData();
 133 //      original->GetHeader()->SetImageDataSize(dataSize);
 134
 135       //////////////// Step 3:
 136       std::cout << "3...";
 137       copy->SetWriteModeToRGB();
 138       if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 139       {
 140          std::cout << " Failed" << std::endl
 141                    << "        " << output << " not written" << std::endl;
 142
 143          delete original;
 144          delete copy;
 145          delete originalH;
 146          delete copyH;
 147
 148          return 1;
 149       }
 150
 151       delete copy;
 152       delete copyH;
 153
 154       //////////////// Step 4:
 155       std::cout << "4...";
 156       copy = new gdcm::File( output );
 157
 158       //Is the file written still gdcm parsable ?
 159       if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 160       {
 161          std::cout << " Failed" << std::endl
 162                    << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 163
 164          delete original;
 165          delete originalH;
 166
 167          return 1;
 168       }
 169
 170       //////////////// Step 5:
 171       std::cout << "5...";
 172       size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 173       uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 174
 175       if (dataSize != dataSizeWritten)
 176       {
 177          std::cout << " Failed" << std::endl
 178                    << "        Pixel areas lengths differ: "
 179                    << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 180
 181          delete original;
 182          delete copy;
 183          delete originalH;
 184
 185          return 1;
 186       }
 187
 188       if (int res = memcmp(imageData, imageDataWritten, dataSize) !=0)
 189       {
 190          (void)res;
 191          std::cout << " Failed" << std::endl
 192                    << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 193
 194          delete original;
 195          delete copy;
 196          delete originalH;
 197
 198          return 1;
 199       }
 200       std::cout << "OK." << std::endl ;
 201
 202       delete original;
 203       delete copy;
 204       delete originalH;
 205
 206       return 0;
 207 }
 208
 209 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 210 // copying field by field the dicom image
 211
 212 int TestCopyDicom(int argc, char* argv[])
 213 {
 214    if ( argc == 3 )
 215    {
 216       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 217       // over all images
 218       const std::string input = argv[1];
 219       const std::string reference = argv[2];
 220       return CopyDicom( input, reference );
 221    }
 222    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 223    {
 224       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 225                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 226       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 227                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 228       return 1;
 229    }
 230    // else other cases:
 231
 232    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 233              << std::endl;
 234    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 235                 "Test/CMakeLists.txt)"
 236              << std::endl;
 237    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 238              << std::endl;
 239    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmHeader) and call"
 240              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 241              << "GetImageDataSize() "
 242              << std::endl;
 243    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 244              << " pixel datas are set to the copy"
 245              << std::endl;
 246    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 247              << std::endl;
 248    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 249              << std::endl;
 250    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 251              << "images " << std::endl
 252              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 253    std::cout << std::endl;
 254
 255    int i =0;
 256    int retVal = 0;  //by default this is an error
 257    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 258    {
 259       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 260       filename += "/";  //doh!
 261       filename += gdcmDataImages[i];
 262
 263       std::string output = "output.dcm";
 264
 265       if( CopyDicom( filename, output ) != 0 )
 266       {
 267          retVal++;
 268       }
 269
 270       i++;
 271    }
 272    return retVal;
 273 }
 274