Testing/TestCopyRescaleDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyRescaleDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/02/09 15:06:48 $
   7   Version:   $Revision: 1.15 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 bool FileExists(const char *filename);
  27
  28 bool RemoveFile(const char *source);
  29
  30 int CopyRescaleDicom(std::string const &filename,
  31                      std::string const &output )
  32 {
  33    std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  34    if( FileExists( output.c_str() ) )
  35    {
  36      // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  37       if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  38       {
  39          std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  40          return 1;
  41       }
  42    }
  43
  44    //////////////// Step 1:
  45    std::cout << "      1...";
  46    gdcm::File *originalF = new gdcm::File( filename );
  47    gdcm::File *copyF     = new gdcm::File( );
  48
  49    //First of all copy the file, field by field
  50
  51    //////////////// Step 2:
  52    std::cout << "2...";
  53    // Copy of the file content
  54    gdcm::DocEntry *d = originalF->GetFirstEntry();
  55    while(d)
  56    {
  57       if ( gdcm::BinEntry *b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  58       {
  59          copyF->InsertBinEntry( b->GetBinArea(),b->GetLength(),
  60                                 b->GetGroup(),b->GetElement(),
  61                                 b->GetVR() );
  62       }
  63       else if ( gdcm::ValEntry *v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  64       {
  65           copyF->InsertValEntry( v->GetValue(),
  66                                  v->GetGroup(),v->GetElement(),
  67                                  v->GetVR() );
  68       }
  69       else
  70       {
  71        // We skip pb of SQ recursive exploration
  72       }
  73
  74       d=originalF->GetNextEntry();
  75    }
  76
  77    gdcm::FileHelper *original = new gdcm::FileHelper( originalF );
  78    gdcm::FileHelper *copy     = new gdcm::FileHelper( copyF );
  79
  80    size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  81
  82    size_t rescaleSize;
  83    uint8_t *rescaleImage;
  84
  85    const std::string &bitsStored = originalF->GetEntryValue(0x0028,0x0101);
  86    if( bitsStored == "16" )
  87    {
  88       std::cout << "Rescale...";
  89       copyF->InsertValEntry( "8", 0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
  90       copyF->InsertValEntry( "8", 0x0028, 0x0101); // Bits Stored
  91       copyF->InsertValEntry( "7", 0x0028, 0x0102); // High Bit
  92       copyF->InsertValEntry( "0", 0x0028, 0x0103); // Pixel Representation
  93
  94       // We assume the value were from 0 to uint16_t max
  95       rescaleSize = dataSize / 2;
  96       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
  97
  98       uint16_t *imageData16 = (uint16_t*)original->GetImageData();
  99       uint16_t *tmpImage = imageData16;
 100       uint8_t *tmpRescale = rescaleImage;
 101       for(unsigned int i=0; i<rescaleSize; i++)
 102       {
 103          *tmpRescale = (*tmpImage)>>8;
 104          tmpImage++;
 105          tmpRescale++;
 106       }
 107    }
 108    else
 109    {
 110       std::cout << "Same...";
 111       rescaleSize = dataSize;
 112       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 113       memcpy(rescaleImage,original->GetImageData(),dataSize);
 114    }
 115
 116    copy->SetImageData(rescaleImage, rescaleSize);
 117
 118    //////////////// Step 3:
 119    std::cout << "3...";
 120    copy->SetWriteModeToRGB();
 121    if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 122    {
 123       std::cout << " Failed" << std::endl
 124                 << "        " << output << " not written" << std::endl;
 125
 126       delete original;
 127       delete copy;
 128       delete originalF;
 129       delete copyF;
 130       delete[] rescaleImage;
 131
 132       return 1;
 133    }
 134
 135    delete copy;
 136    delete copyF;
 137
 138    //////////////// Step 4:
 139    std::cout << "4...";
 140    copy = new gdcm::FileHelper( output );
 141
 142    //Is the file written still gdcm parsable ?
 143    if ( !copy->GetFile()->IsReadable() )
 144    {
 145       std::cout << " Failed" << std::endl
 146                 << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 147
 148       delete original;
 149       delete originalF;
 150       delete[] rescaleImage;
 151
 152       return 1;
 153    }
 154
 155    //////////////// Step 5:
 156    std::cout << "5...";
 157    size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 158    uint8_t *imageDataWritten = copy->GetImageData();
 159
 160    if (originalF->GetXSize() != copy->GetFile()->GetXSize() ||
 161        originalF->GetYSize() != copy->GetFile()->GetYSize() ||
 162        originalF->GetZSize() != copy->GetFile()->GetZSize())
 163    {
 164       std::cout << "Failed" << std::endl
 165          << "        X Size differs: "
 166          << "X: " << originalF->GetXSize() << " # "
 167                   << copy->GetFile()->GetXSize() << " | "
 168          << "Y: " << originalF->GetYSize() << " # "
 169                   << copy->GetFile()->GetYSize() << " | "
 170          << "Z: " << originalF->GetZSize() << " # "
 171                   << copy->GetFile()->GetZSize() << std::endl;
 172       delete original;
 173       delete copy;
 174       delete originalF;
 175       delete[] rescaleImage;
 176
 177       return 1;
 178    }
 179
 180    if (rescaleSize != dataSizeWritten)
 181    {
 182       std::cout << " Failed" << std::endl
 183                 << "        Pixel areas lengths differ: "
 184                 << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 185
 186       delete original;
 187       delete copy;
 188       delete originalF;
 189       delete[] rescaleImage;
 190
 191       return 1;
 192    }
 193
 194    if (int res = memcmp(rescaleImage, imageDataWritten, rescaleSize) !=0)
 195    {
 196       (void)res;
 197       std::cout << " Failed" << std::endl
 198                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 199
 200       delete original;
 201       delete copy;
 202       delete originalF;
 203       delete[] rescaleImage;
 204
 205       return 1;
 206    }
 207    std::cout << "OK." << std::endl ;
 208
 209    delete original;
 210    delete copy;
 211    delete originalF;
 212    delete[] rescaleImage;
 213
 214    return 0;
 215 }
 216
 217 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 218 // copying field by field the dicom image
 219
 220 int TestCopyRescaleDicom(int argc, char *argv[])
 221 {
 222    if ( argc == 3 )
 223    {
 224       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 225       // over all images
 226       const std::string input     = argv[1];
 227       const std::string reference = argv[2];
 228       return CopyRescaleDicom( input, reference );
 229    }
 230    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 231    {
 232       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 233                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 234       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 235                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 236       return 1;
 237    }
 238    // else other cases:
 239
 240    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 241              << std::endl;
 242    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 243                 "Test/CMakeLists.txt)"
 244              << std::endl;
 245    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 246              << std::endl;
 247    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmFile) and call"
 248              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 249              << "GetImageDataSize() "
 250              << std::endl;
 251    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 252              << " pixel data are set to the copy"
 253              << std::endl;
 254    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 255              << std::endl;
 256    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 257              << std::endl;
 258    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 259              << "images " << std::endl
 260              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 261    std::cout << std::endl;
 262
 263    int i =0;
 264    int retVal = 0;  //by default this is an error
 265    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 266    {
 267       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 268       filename += "/";  //doh!
 269       filename += gdcmDataImages[i];
 270
 271       std::string output = "output.dcm";
 272
 273       if( CopyRescaleDicom( filename, output ) != 0 )
 274       {
 275          retVal++;
 276       }
 277
 278       i++;
 279    }
 280    return retVal;
 281 }
 282