Testing/TestCopyRescaleDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyRescaleDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/10/30 09:13:03 $
   7   Version:   $Revision: 1.23 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmDataEntry.h"
  21
  22 #include <time.h>
  23 #include <sys/times.h>
  24 #include <iomanip> // for std::ios::left, ...
  25
  26 //Generated file:
  27 #include "gdcmDataImages.h"
  28
  29 #ifndef _WIN32
  30 #include <unistd.h> //for access, unlink
  31 #else
  32 #include <io.h> //for _access on Win32
  33 #endif
  34
  35 bool FileExists(const char *filename)
  36 {
  37 #ifdef _MSC_VER
  38 # define access _access
  39 #endif
  40 #ifndef R_OK
  41 # define R_OK 04
  42 #endif
  43   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  44     {
  45     return false;
  46     }
  47   else
  48     {
  49     return true;
  50     }
  51 }
  52
  53 bool RemoveFile(const char *source)
  54 {
  55 #ifdef _MSC_VER
  56 #define _unlink unlink
  57 #endif
  58   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  59 }
  60
  61 int CopyRescaleDicom(std::string const &filename,
  62                      std::string const &output )
  63 {
  64    std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  65    if( FileExists( output.c_str() ) )
  66    {
  67      // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  68       if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  69       {
  70          std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  71          return 1;
  72       }
  73    }
  74
  75    //////////////// Step 1:
  76    std::cout << "      1...";
  77    GDCM_NAME_SPACE::File *originalF = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
  78    originalF->SetFileName( filename );
  79    originalF->Load();
  80
  81    GDCM_NAME_SPACE::File *copyF     = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
  82
  83    //First of all copy the file, field by field
  84
  85    //////////////// Step 2:
  86    std::cout << "2...";
  87    // Copy of the file content
  88    GDCM_NAME_SPACE::DocEntry *d = originalF->GetFirstEntry();
  89    while(d)
  90    {
  91       if ( GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *de = dynamic_cast<GDCM_NAME_SPACE::DataEntry *>(d) )
  92       {
  93          copyF->InsertEntryBinArea( de->GetBinArea(),de->GetLength(),
  94                                    de->GetGroup(),de->GetElement(),
  95                                    de->GetVR() );
  96       }
  97       else
  98       {
  99        // We skip pb of SQ recursive exploration
 100       }
 101
 102       d = originalF->GetNextEntry();
 103    }
 104
 105    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *original = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( originalF );
 106    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *copy     = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( copyF );
 107
 108    size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
 109
 110    size_t rescaleSize;
 111    uint8_t *rescaleImage;
 112
 113    const std::string &bitsStored = originalF->GetEntryString(0x0028,0x0101);
 114    if( bitsStored == "16" )
 115    {
 116       std::cout << "Rescale...";
 117       copyF->InsertEntryString( "8", 0x0028, 0x0100, "US"); // Bits Allocated
 118       copyF->InsertEntryString( "8", 0x0028, 0x0101, "US"); // Bits Stored
 119       copyF->InsertEntryString( "7", 0x0028, 0x0102, "US"); // High Bit
 120       copyF->InsertEntryString( "0", 0x0028, 0x0103, "US"); // Pixel Representation
 121
 122       // We assume the value were from 0 to uint16_t max
 123       rescaleSize = dataSize / 2;
 124       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 125
 126       uint16_t *imageData16 = (uint16_t*)original->GetImageData();
 127       uint16_t *tmpImage = imageData16;
 128       uint8_t *tmpRescale = rescaleImage;
 129       for(unsigned int i=0; i<rescaleSize; i++)
 130       {
 131          *tmpRescale = (uint8_t)( (*tmpImage)>>8 );
 132          tmpImage++;
 133          tmpRescale++;
 134       }
 135    }
 136    else
 137    {
 138       std::cout << "Same...";
 139       rescaleSize = dataSize;
 140       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 141       memcpy(rescaleImage,original->GetImageData(),dataSize);
 142    }
 143
 144    copy->SetImageData(rescaleImage, rescaleSize);
 145
 146    //////////////// Step 3:
 147    std::cout << "3...";
 148    copy->SetWriteModeToRGB();
 149    if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 150    {
 151       std::cout << " Failed" << std::endl
 152                 << "        " << output << " not written" << std::endl;
 153
 154       delete[] rescaleImage;
 155
 156       return 1;
 157    }
 158
 159    //////////////// Step 4:
 160    std::cout << "4...";
 161    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *copy2 = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( output );
 162
 163    //Is the file written still gdcm parsable ?
 164    if ( !copy2->GetFile()->IsReadable() )
 165    {
 166       std::cout << " Failed" << std::endl
 167                 << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 168
 169       delete[] rescaleImage;
 170
 171       return 1;
 172    }
 173
 174    //////////////// Step 5:
 175    std::cout << "5...";
 176    size_t    dataSizeWritten = copy2->GetImageDataSize();
 177    uint8_t *imageDataWritten = copy2->GetImageData();
 178
 179    if (originalF->GetXSize() != copy2->GetFile()->GetXSize() ||
 180        originalF->GetYSize() != copy2->GetFile()->GetYSize() ||
 181        originalF->GetZSize() != copy2->GetFile()->GetZSize())
 182    {
 183       std::cout << "Failed" << std::endl
 184          << "        X Size differs: "
 185          << "X: " << originalF->GetXSize() << " # "
 186                   << copy2->GetFile()->GetXSize() << " | "
 187          << "Y: " << originalF->GetYSize() << " # "
 188                   << copy2->GetFile()->GetYSize() << " | "
 189          << "Z: " << originalF->GetZSize() << " # "
 190                   << copy2->GetFile()->GetZSize() << std::endl;
 191       delete[] rescaleImage;
 192
 193       return 1;
 194    }
 195
 196    if (rescaleSize != dataSizeWritten)
 197    {
 198       std::cout << " Failed" << std::endl
 199                 << "        Pixel areas lengths differ: "
 200                 << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 201
 202       delete[] rescaleImage;
 203
 204       return 1;
 205    }
 206
 207    if (int res = memcmp(rescaleImage, imageDataWritten, rescaleSize) !=0)
 208    {
 209       (void)res;
 210       std::cout << " Failed" << std::endl
 211                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 212
 213       delete[] rescaleImage;
 214
 215       return 1;
 216    }
 217    std::cout << "OK." << std::endl ;
 218
 219    delete[] rescaleImage;
 220
 221    return 0;
 222 }
 223
 224 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 225 // copying field by field the dicom image
 226
 227 int TestCopyRescaleDicom(int argc, char *argv[])
 228 {
 229    if ( argc == 3 )
 230    {
 231       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 232       // over all images
 233       const std::string input     = argv[1];
 234       const std::string reference = argv[2];
 235       return CopyRescaleDicom( input, reference );
 236    }
 237    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 238    {
 239       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 240                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 241       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 242                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 243       return 1;
 244    }
 245    // else other cases:
 246
 247    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 248              << std::endl;
 249    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 250                 "Test/CMakeLists.txt)"
 251              << std::endl;
 252    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 253              << std::endl;
 254    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmFile) and call"
 255              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 256              << "GetImageDataSize() "
 257              << std::endl;
 258    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 259              << " pixel data are set to the copy"
 260              << std::endl;
 261    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 262              << std::endl;
 263    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 264              << std::endl;
 265    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 266              << "images " << std::endl
 267              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 268    std::cout << std::endl;
 269
 270
 271    clock_t r1,r2, r3,r4;
 272    struct tms tms1,tms2, tms3,tms4;
 273
 274    r3 = times(&tms3);
 275    int i =0;
 276    int retVal = 0;  //by default this is an error
 277    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 278    {
 279       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 280       filename += "/";  //doh!
 281       filename += gdcmDataImages[i];
 282
 283       std::string output = "output.dcm";
 284
 285       r1 = times(&tms1);
 286       if( CopyRescaleDicom( filename, output ) != 0 )
 287       {
 288          retVal++;
 289       }
 290       r2 = times(&tms2);
 291
 292       std::cout
 293         << std::setw(150-strlen(gdcmDataImages[i]))
 294         << gdcmDataImages[i] << " user time: "
 295         << (long) ((tms2.tms_utime)  - (tms1.tms_utime))
 296         << " system time: "
 297         << (long) ((tms2.tms_stime)  - (tms1.tms_stime))
 298         << "\t elapsed time: " << r2 - r1
 299         << std::endl;
 300
 301       i++;
 302    }
 303    r4 = times(&tms4);
 304
 305    std::cout
 306         << std::setw(150-strlen("Gross Total")) << " --> "
 307         << "Gross Total" << " user time: "
 308         << (long) ((tms4.tms_utime)  - (tms3.tms_utime))
 309         << " system time: "
 310         << (long) ((tms4.tms_stime)  - (tms3.tms_stime))
 311         << "\t elapsed time: " << (long) (r4 - r3)
 312         << std::endl;
 313    return retVal;
 314 }
 315