Testing/TestCopyRescaleDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyRescaleDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/14 11:28:29 $
   7   Version:   $Revision: 1.5 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmHeader.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 bool FileExists(const char* filename);
  27
  28 bool RemoveFile(const char* source);
  29
  30 int CopyRescaleDicom(std::string const & filename,
  31                      std::string const & output )
  32 {
  33    std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  34    if( FileExists( output.c_str() ) )
  35    {
  36      // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  37       if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  38       {
  39          std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  40          return 1;
  41       }
  42    }
  43
  44    //////////////// Step 1:
  45    std::cout << "      1...";
  46    gdcm::Header *originalH = new gdcm::Header( filename );
  47    gdcm::Header *copyH     = new gdcm::Header( );
  48
  49    //First of all copy the header field by field
  50
  51    // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  52    // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  53    // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  54    // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  55
  56
  57    //////////////// Step 2:
  58    std::cout << "2...";
  59    // Copy of the header content
  60    originalH->InitTraversal();
  61    gdcm::DocEntry* d = originalH->GetNextEntry();
  62    while(d)
  63    {
  64       if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  65       {
  66          copyH->ReplaceOrCreate(
  67                               b->GetBinArea(),
  68                               b->GetLength(),
  69                               b->GetGroup(),
  70                               b->GetElement(),
  71                               b->GetVR() );
  72       }
  73       else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  74       {
  75           copyH->ReplaceOrCreate(
  76                               v->GetValue(),
  77                               v->GetGroup(),
  78                               v->GetElement(),
  79                               v->GetVR() );
  80       }
  81       else
  82       {
  83        // We skip pb of SQ recursive exploration
  84       }
  85
  86       d=originalH->GetNextEntry();
  87    }
  88
  89    gdcm::File *original = new gdcm::File( originalH );
  90    gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
  91
  92    size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  93
  94    size_t rescaleSize;
  95    uint8_t *rescaleImage;
  96
  97    const std::string & bitsStored    = originalH->GetEntry(0x0028,0x0101);
  98    if( bitsStored == "16" )
  99    {
 100       std::cout << "Rescale...";
 101       copyH->ReplaceOrCreate( "8", 0x0028, 0x0100); // BitsAllocated
 102       copyH->ReplaceOrCreate( "8", 0x0028, 0x0101); // BitsStored
 103       copyH->ReplaceOrCreate( "7", 0x0028, 0x0102); // HighBit
 104       copyH->ReplaceOrCreate( "0", 0x0028, 0x0103); //Pixel Representation
 105
 106       // We assume the value were from 0 to uint16_t max
 107       rescaleSize = dataSize / 2;
 108       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 109
 110       uint16_t* imageData16 = (uint16_t*)original->GetImageData();
 111       for(unsigned int i=0; i<rescaleSize; i++)
 112       {
 113          rescaleImage[i] = imageData16[i]/256;
 114       }
 115    }
 116    else
 117    {
 118       std::cout << "Same...";
 119       rescaleSize = dataSize;
 120       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 121       memcpy(rescaleImage,original->GetImageData(),dataSize);
 122    }
 123
 124    copy->SetImageData(rescaleImage, rescaleSize);
 125
 126    //////////////// Step 3:
 127    std::cout << "3...";
 128    copy->SetWriteModeToRGB();
 129    if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 130    {
 131       std::cout << " Failed" << std::endl
 132                 << "        " << output << " not written" << std::endl;
 133
 134       delete original;
 135       delete copy;
 136       delete originalH;
 137       delete copyH;
 138       delete[] rescaleImage;
 139
 140       return 1;
 141    }
 142
 143    delete copy;
 144    delete copyH;
 145
 146    //////////////// Step 4:
 147    std::cout << "4...";
 148    copy = new gdcm::File( output );
 149
 150    //Is the file written still gdcm parsable ?
 151    if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 152    {
 153       std::cout << " Failed" << std::endl
 154                 << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 155
 156       delete original;
 157       delete originalH;
 158       delete[] rescaleImage;
 159
 160       return 1;
 161    }
 162
 163    //////////////// Step 5:
 164    std::cout << "5...";
 165    size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 166    uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 167
 168    if (originalH->GetXSize() != copy->GetHeader()->GetXSize() ||
 169        originalH->GetYSize() != copy->GetHeader()->GetYSize() ||
 170        originalH->GetZSize() != copy->GetHeader()->GetZSize())
 171    {
 172       std::cout << "Failed" << std::endl
 173          << "        X Size differs: "
 174          << "X: " << originalH->GetXSize() << " # "
 175                   << copy->GetHeader()->GetXSize() << " | "
 176          << "Y: " << originalH->GetYSize() << " # "
 177                   << copy->GetHeader()->GetYSize() << " | "
 178          << "Z: " << originalH->GetZSize() << " # "
 179                   << copy->GetHeader()->GetZSize() << std::endl;
 180       delete original;
 181       delete copy;
 182       delete originalH;
 183       delete[] rescaleImage;
 184
 185       return 1;
 186    }
 187
 188    if (rescaleSize != dataSizeWritten)
 189    {
 190       std::cout << " Failed" << std::endl
 191                 << "        Pixel areas lengths differ: "
 192                 << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 193
 194       delete original;
 195       delete copy;
 196       delete originalH;
 197       delete[] rescaleImage;
 198
 199       return 1;
 200    }
 201
 202    if (int res = memcmp(rescaleImage, imageDataWritten, rescaleSize) !=0)
 203    {
 204       (void)res;
 205       std::cout << " Failed" << std::endl
 206                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 207
 208       delete original;
 209       delete copy;
 210       delete originalH;
 211       delete[] rescaleImage;
 212
 213       return 1;
 214    }
 215    std::cout << "OK." << std::endl ;
 216
 217    delete original;
 218    delete copy;
 219    delete originalH;
 220    delete[] rescaleImage;
 221
 222    return 0;
 223 }
 224
 225 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 226 // copying field by field the dicom image
 227
 228 int TestCopyRescaleDicom(int argc, char* argv[])
 229 {
 230    if ( argc == 3 )
 231    {
 232       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 233       // over all images
 234       const std::string input     = argv[1];
 235       const std::string reference = argv[2];
 236       return CopyRescaleDicom( input, reference );
 237    }
 238    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 239    {
 240       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 241                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 242       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 243                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 244       return 1;
 245    }
 246    // else other cases:
 247
 248    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 249              << std::endl;
 250    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 251                 "Test/CMakeLists.txt)"
 252              << std::endl;
 253    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 254              << std::endl;
 255    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmHeader) and call"
 256              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 257              << "GetImageDataSize() "
 258              << std::endl;
 259    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 260              << " pixel datas are set to the copy"
 261              << std::endl;
 262    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 263              << std::endl;
 264    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 265              << std::endl;
 266    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 267              << "images " << std::endl
 268              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 269    std::cout << std::endl;
 270
 271    int i =0;
 272    int retVal = 0;  //by default this is an error
 273    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 274    {
 275       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 276       filename += "/";  //doh!
 277       filename += gdcmDataImages[i];
 278
 279       std::string output = "output.dcm";
 280
 281       if( CopyRescaleDicom( filename, output ) != 0 )
 282       {
 283          retVal++;
 284       }
 285
 286       i++;
 287    }
 288    return retVal;
 289 }
 290