Testing/TestCopyRescaleDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyRescaleDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/08 15:03:58 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmHeader.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 bool FileExists(const char* filename);
  27
  28 bool RemoveFile(const char* source);
  29
  30 int CopyRescaleDicom(std::string const & filename,
  31                      std::string const & output )
  32 {
  33    std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  34    if( FileExists( output.c_str() ) )
  35    {
  36      // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  37       if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  38       {
  39          std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  40          return 1;
  41       }
  42    }
  43
  44    //////////////// Step 1:
  45    std::cout << "      1...";
  46    gdcm::Header *originalH = new gdcm::Header( filename );
  47    gdcm::Header *copyH     = new gdcm::Header( );
  48
  49    //First of all copy the header field by field
  50
  51    // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  52    // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  53    // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  54    // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  55
  56
  57    //////////////// Step 2:
  58    std::cout << "2...";
  59    originalH->Initialize();
  60    gdcm::DocEntry* d = originalH->GetNextEntry();
  61
  62    // Copy of the header content
  63    while(d)
  64    {
  65       if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  66       {
  67          copyH->ReplaceOrCreate(
  68                               b->GetBinArea(),
  69                               b->GetLength(),
  70                               b->GetGroup(),
  71                               b->GetElement(),
  72                               b->GetVR() );
  73       }
  74       else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  75       {
  76           copyH->ReplaceOrCreate(
  77                               v->GetValue(),
  78                               v->GetGroup(),
  79                               v->GetElement(),
  80                               v->GetVR() );
  81       }
  82       else
  83       {
  84        // We skip pb of SQ recursive exploration
  85       }
  86
  87       d=originalH->GetNextEntry();
  88    }
  89
  90    gdcm::File *original = new gdcm::File( originalH );
  91    gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
  92
  93    size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  94
  95    size_t rescaleSize;
  96    uint8_t *rescaleImage;
  97
  98    const std::string & bitsStored    = originalH->GetEntry(0x0028,0x0101);
  99    if( bitsStored == "16" )
 100    {
 101       std::cout << "Rescale...";
 102       copyH->ReplaceOrCreate( "8", 0x0028, 0x0100); // BitsAllocated
 103       copyH->ReplaceOrCreate( "8", 0x0028, 0x0101); // BitsStored
 104       copyH->ReplaceOrCreate( "7", 0x0028, 0x0102); // HighBit
 105       copyH->ReplaceOrCreate( "0", 0x0028, 0x0103); //Pixel Representation
 106
 107       // We assume the value were from 0 to uint16_t max
 108       rescaleSize = dataSize / 2;
 109       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 110
 111       uint16_t* imageData16 = (uint16_t*)original->GetImageData();
 112       for(unsigned int i=0; i<rescaleSize; i++)
 113       {
 114          rescaleImage[i] = imageData16[i]/256;
 115       }
 116    }
 117    else
 118    {
 119       std::cout << "Same...";
 120       rescaleSize = dataSize;
 121       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 122       memcpy(rescaleImage,original->GetImageData(),dataSize);
 123    }
 124
 125    copy->SetImageData(rescaleImage, rescaleSize);
 126
 127    //////////////// Step 3:
 128    std::cout << "3...";
 129    copy->SetWriteModeToRGB();
 130    if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 131    {
 132       std::cout << " Failed" << std::endl
 133                 << "        " << output << " not written" << std::endl;
 134
 135       delete original;
 136       delete copy;
 137       delete originalH;
 138       delete copyH;
 139       delete[] rescaleImage;
 140
 141       return 1;
 142    }
 143
 144    delete copy;
 145    delete copyH;
 146
 147    //////////////// Step 4:
 148    std::cout << "4...";
 149    copy = new gdcm::File( output );
 150
 151    //Is the file written still gdcm parsable ?
 152    if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 153    {
 154       std::cout << " Failed" << std::endl
 155                 << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 156
 157       delete original;
 158       delete originalH;
 159       delete[] rescaleImage;
 160
 161       return 1;
 162    }
 163
 164    //////////////// Step 5:
 165    std::cout << "5...";
 166    size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 167    uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 168
 169    if (originalH->GetXSize() != copy->GetHeader()->GetXSize() ||
 170        originalH->GetYSize() != copy->GetHeader()->GetYSize() ||
 171        originalH->GetZSize() != copy->GetHeader()->GetZSize())
 172    {
 173       std::cout << "Failed" << std::endl
 174          << "        X Size differs: "
 175          << "X: " << originalH->GetXSize() << " # "
 176                   << copy->GetHeader()->GetXSize() << " | "
 177          << "Y: " << originalH->GetYSize() << " # "
 178                   << copy->GetHeader()->GetYSize() << " | "
 179          << "Z: " << originalH->GetZSize() << " # "
 180                   << copy->GetHeader()->GetZSize() << std::endl;
 181       delete original;
 182       delete copy;
 183       delete originalH;
 184       delete[] rescaleImage;
 185
 186       return 1;
 187    }
 188
 189    if (rescaleSize != dataSizeWritten)
 190    {
 191       std::cout << " Failed" << std::endl
 192                 << "        Pixel areas lengths differ: "
 193                 << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 194
 195       delete original;
 196       delete copy;
 197       delete originalH;
 198       delete[] rescaleImage;
 199
 200       return 1;
 201    }
 202
 203    if (int res = memcmp(rescaleImage, imageDataWritten, rescaleSize) !=0)
 204    {
 205       (void)res;
 206       std::cout << " Failed" << std::endl
 207                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 208
 209       delete original;
 210       delete copy;
 211       delete originalH;
 212       delete[] rescaleImage;
 213
 214       return 1;
 215    }
 216    std::cout << "OK." << std::endl ;
 217
 218    delete original;
 219    delete copy;
 220    delete originalH;
 221    delete[] rescaleImage;
 222
 223    return 0;
 224 }
 225
 226 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 227 // copying field by field the dicom image
 228
 229 int TestCopyRescaleDicom(int argc, char* argv[])
 230 {
 231    if ( argc == 3 )
 232    {
 233       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 234       // over all images
 235       const std::string input     = argv[1];
 236       const std::string reference = argv[2];
 237       return CopyRescaleDicom( input, reference );
 238    }
 239    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 240    {
 241       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 242                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 243       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 244                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 245       return 1;
 246    }
 247    // else other cases:
 248
 249    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 250              << std::endl;
 251    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 252                 "Test/CMakeLists.txt)"
 253              << std::endl;
 254    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 255              << std::endl;
 256    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmHeader) and call"
 257              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 258              << "GetImageDataSize() "
 259              << std::endl;
 260    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 261              << " pixel datas are set to the copy"
 262              << std::endl;
 263    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 264              << std::endl;
 265    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 266              << std::endl;
 267    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 268              << "images " << std::endl
 269              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 270    std::cout << std::endl;
 271
 272    int i =0;
 273    int retVal = 0;  //by default this is an error
 274    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 275    {
 276       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 277       filename += "/";  //doh!
 278       filename += gdcmDataImages[i];
 279
 280       std::string output = "output.dcm";
 281
 282       if( CopyRescaleDicom( filename, output ) != 0 )
 283       {
 284          retVal++;
 285       }
 286
 287       i++;
 288    }
 289    return retVal;
 290 }
 291