Testing/TestCopyRescaleDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyRescaleDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/02/02 10:05:26 $
   7   Version:   $Revision: 1.13 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 bool FileExists(const char* filename);
  27
  28 bool RemoveFile(const char* source);
  29
  30 int CopyRescaleDicom(std::string const & filename,
  31                      std::string const & output )
  32 {
  33    std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  34    if( FileExists( output.c_str() ) )
  35    {
  36      // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  37       if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  38       {
  39          std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  40          return 1;
  41       }
  42    }
  43
  44    //////////////// Step 1:
  45    std::cout << "      1...";
  46    gdcm::File *originalF = new gdcm::File( filename );
  47    gdcm::File *copyF     = new gdcm::File( );
  48
  49    //First of all copy the file, field by field
  50
  51    //////////////// Step 2:
  52    std::cout << "2...";
  53    // Copy of the file content
  54    gdcm::DocEntry* d = originalF->GetFirstEntry();
  55    while(d)
  56    {
  57       if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  58       {
  59          copyF->InsertBinEntry( b->GetBinArea(),b->GetLength(),
  60                                 b->GetGroup(),b->GetElement(),
  61                                 b->GetVR() );
  62       }
  63       else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  64       {
  65           copyF->InsertValEntry( v->GetValue(),
  66                                  v->GetGroup(),v->GetElement(),
  67                                  v->GetVR() );
  68       }
  69       else
  70       {
  71        // We skip pb of SQ recursive exploration
  72       }
  73
  74       d=originalF->GetNextEntry();
  75    }
  76
  77    gdcm::FileHelper *original = new gdcm::FileHelper( originalF );
  78    gdcm::FileHelper *copy     = new gdcm::FileHelper( copyF );
  79
  80    size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  81
  82    size_t rescaleSize;
  83    uint8_t *rescaleImage;
  84
  85    const std::string & bitsStored    = originalF->GetEntryValue(0x0028,0x0101);
  86    if( bitsStored == "16" )
  87    {
  88       std::cout << "Rescale...";
  89       copyF->InsertValEntry( "8", 0x0028, 0x0100); // BitsAllocated
  90       copyF->InsertValEntry( "8", 0x0028, 0x0101); // BitsStored
  91       copyF->InsertValEntry( "7", 0x0028, 0x0102); // HighBit
  92       copyF->InsertValEntry( "0", 0x0028, 0x0103); //Pixel Representation
  93
  94       // We assume the value were from 0 to uint16_t max
  95       rescaleSize = dataSize / 2;
  96       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
  97
  98       uint16_t* imageData16 = (uint16_t*)original->GetImageData();
  99       for(unsigned int i=0; i<rescaleSize; i++)
 100       {
 101          rescaleImage[i] = imageData16[i]/256;
 102       }
 103    }
 104    else
 105    {
 106       std::cout << "Same...";
 107       rescaleSize = dataSize;
 108       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 109       memcpy(rescaleImage,original->GetImageData(),dataSize);
 110    }
 111
 112    copy->SetImageData(rescaleImage, rescaleSize);
 113
 114    //////////////// Step 3:
 115    std::cout << "3...";
 116    copy->SetWriteModeToRGB();
 117    if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 118    {
 119       std::cout << " Failed" << std::endl
 120                 << "        " << output << " not written" << std::endl;
 121
 122       delete original;
 123       delete copy;
 124       delete originalF;
 125       delete copyF;
 126       delete[] rescaleImage;
 127
 128       return 1;
 129    }
 130
 131    delete copy;
 132    delete copyF;
 133
 134    //////////////// Step 4:
 135    std::cout << "4...";
 136    copy = new gdcm::FileHelper( output );
 137
 138    //Is the file written still gdcm parsable ?
 139    if ( !copy->GetFile()->IsReadable() )
 140    {
 141       std::cout << " Failed" << std::endl
 142                 << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 143
 144       delete original;
 145       delete originalF;
 146       delete[] rescaleImage;
 147
 148       return 1;
 149    }
 150
 151    //////////////// Step 5:
 152    std::cout << "5...";
 153    size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 154    uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 155
 156    if (originalF->GetXSize() != copy->GetFile()->GetXSize() ||
 157        originalF->GetYSize() != copy->GetFile()->GetYSize() ||
 158        originalF->GetZSize() != copy->GetFile()->GetZSize())
 159    {
 160       std::cout << "Failed" << std::endl
 161          << "        X Size differs: "
 162          << "X: " << originalF->GetXSize() << " # "
 163                   << copy->GetFile()->GetXSize() << " | "
 164          << "Y: " << originalF->GetYSize() << " # "
 165                   << copy->GetFile()->GetYSize() << " | "
 166          << "Z: " << originalF->GetZSize() << " # "
 167                   << copy->GetFile()->GetZSize() << std::endl;
 168       delete original;
 169       delete copy;
 170       delete originalF;
 171       delete[] rescaleImage;
 172
 173       return 1;
 174    }
 175
 176    if (rescaleSize != dataSizeWritten)
 177    {
 178       std::cout << " Failed" << std::endl
 179                 << "        Pixel areas lengths differ: "
 180                 << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 181
 182       delete original;
 183       delete copy;
 184       delete originalF;
 185       delete[] rescaleImage;
 186
 187       return 1;
 188    }
 189
 190    if (int res = memcmp(rescaleImage, imageDataWritten, rescaleSize) !=0)
 191    {
 192       (void)res;
 193       std::cout << " Failed" << std::endl
 194                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 195
 196       delete original;
 197       delete copy;
 198       delete originalF;
 199       delete[] rescaleImage;
 200
 201       return 1;
 202    }
 203    std::cout << "OK." << std::endl ;
 204
 205    delete original;
 206    delete copy;
 207    delete originalF;
 208    delete[] rescaleImage;
 209
 210    return 0;
 211 }
 212
 213 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 214 // copying field by field the dicom image
 215
 216 int TestCopyRescaleDicom(int argc, char* argv[])
 217 {
 218    if ( argc == 3 )
 219    {
 220       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 221       // over all images
 222       const std::string input     = argv[1];
 223       const std::string reference = argv[2];
 224       return CopyRescaleDicom( input, reference );
 225    }
 226    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 227    {
 228       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 229                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 230       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 231                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 232       return 1;
 233    }
 234    // else other cases:
 235
 236    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 237              << std::endl;
 238    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 239                 "Test/CMakeLists.txt)"
 240              << std::endl;
 241    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 242              << std::endl;
 243    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmFile) and call"
 244              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 245              << "GetImageDataSize() "
 246              << std::endl;
 247    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 248              << " pixel data are set to the copy"
 249              << std::endl;
 250    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 251              << std::endl;
 252    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 253              << std::endl;
 254    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 255              << "images " << std::endl
 256              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 257    std::cout << std::endl;
 258
 259    int i =0;
 260    int retVal = 0;  //by default this is an error
 261    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 262    {
 263       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 264       filename += "/";  //doh!
 265       filename += gdcmDataImages[i];
 266
 267       std::string output = "output.dcm";
 268
 269       if( CopyRescaleDicom( filename, output ) != 0 )
 270       {
 271          retVal++;
 272       }
 273
 274       i++;
 275    }
 276    return retVal;
 277 }
 278