Testing/TestCopyRescaleDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyRescaleDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/12/07 18:16:40 $
   7   Version:   $Revision: 1.2 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmHeader.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 bool FileExists(const char* filename);
  27
  28 bool RemoveFile(const char* source);
  29
  30 int CopyRescaleDicom(std::string const & filename,
  31                      std::string const & output )
  32 {
  33    std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  34    if( FileExists( output.c_str() ) )
  35    {
  36      // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  37       if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  38       {
  39          std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  40          return 1;
  41       }
  42    }
  43
  44    //////////////// Step 1:
  45    std::cout << "      1...";
  46    gdcm::Header *originalH = new gdcm::Header( filename );
  47    gdcm::Header *copyH     = new gdcm::Header( );
  48
  49    //First of all copy the header field by field
  50
  51    // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  52    // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  53    // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  54    // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  55
  56
  57    //////////////// Step 2:
  58    std::cout << "2...";
  59    originalH->Initialize();
  60    gdcm::DocEntry* d = originalH->GetNextEntry();
  61
  62    // Copy of the header content
  63    while(d)
  64    {
  65       if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  66       {
  67          copyH->ReplaceOrCreateByNumber(
  68                               b->GetBinArea(),
  69                               b->GetLength(),
  70                               b->GetGroup(),
  71                               b->GetElement(),
  72                               b->GetVR() );
  73       }
  74       else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  75       {
  76           copyH->ReplaceOrCreateByNumber(
  77                               v->GetValue(),
  78                               v->GetGroup(),
  79                               v->GetElement(),
  80                               v->GetVR() );
  81       }
  82       else
  83       {
  84        // We skip pb of SQ recursive exploration
  85       }
  86
  87       d=originalH->GetNextEntry();
  88    }
  89
  90    gdcm::File *original = new gdcm::File( originalH );
  91    gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
  92
  93    size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  94    uint8_t* imageData = original->GetImageData();
  95
  96    size_t rescaleSize;
  97    uint8_t *rescaleImage;
  98
  99    const std::string & bitsStored    = originalH->GetEntryByNumber(0x0028,0x0101);
 100    if( bitsStored == "16" )
 101    {
 102       std::cout << "Rescale...";
 103       copyH->ReplaceOrCreateByNumber( "8", 0x0028, 0x0100); // BitsAllocated
 104       copyH->ReplaceOrCreateByNumber( "8", 0x0028, 0x0101); // BitsStored
 105       copyH->ReplaceOrCreateByNumber( "7", 0x0028, 0x0102); // HighBit
 106       copyH->ReplaceOrCreateByNumber( "0", 0x0028, 0x0103); //Pixel Representation
 107
 108       // We assume the value were from 0 to uint16_t max
 109       rescaleSize = dataSize / 2;
 110       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 111
 112       uint16_t* imageData16 = (uint16_t*)original->GetImageData();
 113       for(unsigned int i=0; i<rescaleSize; i++)
 114       {
 115          rescaleImage[i] = imageData16[i]/256;
 116       }
 117    }
 118    else
 119    {
 120       std::cout << "Same...";
 121       rescaleSize = dataSize;
 122       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 123       memcpy(rescaleImage,original->GetImageData(),dataSize);
 124    }
 125
 126    copy->SetImageData(rescaleImage, rescaleSize);
 127
 128    //////////////// Step 3:
 129    std::cout << "3...";
 130    copy->SetWriteModeToRGB();
 131    if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 132    {
 133       std::cout << " Failed" << std::endl
 134                 << "        " << output << " not written" << std::endl;
 135
 136       delete original;
 137       delete copy;
 138       delete originalH;
 139       delete copyH;
 140       delete[] rescaleImage;
 141
 142       return 1;
 143    }
 144
 145    delete copy;
 146    delete copyH;
 147
 148    //////////////// Step 4:
 149    std::cout << "4...";
 150    copy = new gdcm::File( output );
 151
 152    //Is the file written still gdcm parsable ?
 153    if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 154    {
 155       std::cout << " Failed" << std::endl
 156                 << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 157
 158       delete original;
 159       delete originalH;
 160       delete[] rescaleImage;
 161
 162       return 1;
 163    }
 164
 165    //////////////// Step 5:
 166    std::cout << "5...";
 167    size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 168    uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 169
 170    if (originalH->GetXSize() != copy->GetHeader()->GetXSize() ||
 171        originalH->GetYSize() != copy->GetHeader()->GetYSize() ||
 172        originalH->GetZSize() != copy->GetHeader()->GetZSize())
 173    {
 174       std::cout << "Failed" << std::endl
 175          << "        X Size differs: "
 176          << "X: " << originalH->GetXSize() << " # "
 177                   << copy->GetHeader()->GetXSize() << " | "
 178          << "Y: " << originalH->GetYSize() << " # "
 179                   << copy->GetHeader()->GetYSize() << " | "
 180          << "Z: " << originalH->GetZSize() << " # "
 181                   << copy->GetHeader()->GetZSize() << std::endl;
 182       delete original;
 183       delete copy;
 184       delete originalH;
 185       delete[] rescaleImage;
 186
 187       return 1;
 188    }
 189
 190    if (rescaleSize != dataSizeWritten)
 191    {
 192       std::cout << " Failed" << std::endl
 193                 << "        Pixel areas lengths differ: "
 194                 << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 195
 196       delete original;
 197       delete copy;
 198       delete originalH;
 199       delete[] rescaleImage;
 200
 201       return 1;
 202    }
 203
 204    if (int res = memcmp(rescaleImage, imageDataWritten, rescaleSize) !=0)
 205    {
 206       (void)res;
 207       std::cout << " Failed" << std::endl
 208                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 209
 210       delete original;
 211       delete copy;
 212       delete originalH;
 213       delete[] rescaleImage;
 214
 215       return 1;
 216    }
 217    std::cout << "OK." << std::endl ;
 218
 219    delete original;
 220    delete copy;
 221    delete originalH;
 222    delete[] rescaleImage;
 223
 224    return 0;
 225 }
 226
 227 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 228 // copying field by field the dicom image
 229
 230 int TestCopyRescaleDicom(int argc, char* argv[])
 231 {
 232    if ( argc == 3 )
 233    {
 234       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 235       // over all images
 236       const std::string input     = argv[1];
 237       const std::string reference = argv[2];
 238       return CopyRescaleDicom( input, reference );
 239    }
 240    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 241    {
 242       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 243                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 244       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 245                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 246       return 1;
 247    }
 248    // else other cases:
 249
 250    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 251              << std::endl;
 252    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 253                 "Test/CMakeLists.txt)"
 254              << std::endl;
 255    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 256              << std::endl;
 257    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmHeader) and call"
 258              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 259              << "GetImageDataSize() "
 260              << std::endl;
 261    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 262              << " pixel datas are set to the copy"
 263              << std::endl;
 264    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 265              << std::endl;
 266    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 267              << std::endl;
 268    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 269              << "images " << std::endl
 270              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 271    std::cout << std::endl;
 272
 273    int i =0;
 274    int retVal = 0;  //by default this is an error
 275    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 276    {
 277       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 278       filename += "/";  //doh!
 279       filename += gdcmDataImages[i];
 280
 281       std::string output = "output.dcm";
 282
 283       if( CopyRescaleDicom( filename, output ) != 0 )
 284       {
 285          retVal++;
 286       }
 287
 288       i++;
 289    }
 290    return retVal;
 291 }
 292