Testing/TestCopyRescaleDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyRescaleDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/07/08 13:39:57 $
   7   Version:   $Revision: 1.20 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 #include <time.h>
  24 #include <sys/times.h>
  25 #include <iomanip> // for std::ios::left, ...
  26
  27 //Generated file:
  28 #include "gdcmDataImages.h"
  29
  30 #ifndef _WIN32
  31 #include <unistd.h> //for access, unlink
  32 #else
  33 #include <io.h> //for _access on Win32
  34 #endif
  35
  36 bool FileExists(const char *filename)
  37 {
  38 #ifdef _MSC_VER
  39 # define access _access
  40 #endif
  41 #ifndef R_OK
  42 # define R_OK 04
  43 #endif
  44   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  45     {
  46     return false;
  47     }
  48   else
  49     {
  50     return true;
  51     }
  52 }
  53
  54 bool RemoveFile(const char *source)
  55 {
  56 #ifdef _MSC_VER
  57 #define _unlink unlink
  58 #endif
  59   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  60 }
  61
  62 int CopyRescaleDicom(std::string const &filename,
  63                      std::string const &output )
  64 {
  65    std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  66    if( FileExists( output.c_str() ) )
  67    {
  68      // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  69       if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  70       {
  71          std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  72          return 1;
  73       }
  74    }
  75
  76    //////////////// Step 1:
  77    std::cout << "      1...";
  78    gdcm::File originalF = gdcm::File( );
  79    originalF.SetFileName( filename );
  80    originalF.Load();
  81
  82    gdcm::File copyF     = gdcm::File( );
  83
  84    //First of all copy the file, field by field
  85
  86    //////////////// Step 2:
  87    std::cout << "2...";
  88    // Copy of the file content
  89    gdcm::DocEntry *d = originalF.GetFirstEntry();
  90    while(d)
  91    {
  92       if ( gdcm::BinEntry *b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  93       {
  94          copyF.InsertBinEntry( b->GetBinArea(),b->GetLength(),
  95                                b->GetGroup(),b->GetElement(),
  96                                b->GetVR() );
  97       }
  98       else if ( gdcm::ValEntry *v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  99       {
 100           copyF.InsertValEntry( v->GetValue(),
 101                                 v->GetGroup(),v->GetElement(),
 102                                 v->GetVR() );
 103       }
 104       else
 105       {
 106        // We skip pb of SQ recursive exploration
 107       }
 108
 109       d = originalF.GetNextEntry();
 110    }
 111
 112    gdcm::FileHelper original = gdcm::FileHelper( &originalF );
 113    gdcm::FileHelper copy     = gdcm::FileHelper( &copyF );
 114
 115    size_t dataSize = original.GetImageDataSize();
 116
 117    size_t rescaleSize;
 118    uint8_t *rescaleImage;
 119
 120    const std::string &bitsStored = originalF.GetEntryValue(0x0028,0x0101);
 121    if( bitsStored == "16" )
 122    {
 123       std::cout << "Rescale...";
 124       copyF.InsertValEntry( "8", 0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 125       copyF.InsertValEntry( "8", 0x0028, 0x0101); // Bits Stored
 126       copyF.InsertValEntry( "7", 0x0028, 0x0102); // High Bit
 127       copyF.InsertValEntry( "0", 0x0028, 0x0103); // Pixel Representation
 128
 129       // We assume the value were from 0 to uint16_t max
 130       rescaleSize = dataSize / 2;
 131       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 132
 133       uint16_t *imageData16 = (uint16_t*)original.GetImageData();
 134       uint16_t *tmpImage = imageData16;
 135       uint8_t *tmpRescale = rescaleImage;
 136       for(unsigned int i=0; i<rescaleSize; i++)
 137       {
 138          *tmpRescale = (uint8_t)( (*tmpImage)>>8 );
 139          tmpImage++;
 140          tmpRescale++;
 141       }
 142    }
 143    else
 144    {
 145       std::cout << "Same...";
 146       rescaleSize = dataSize;
 147       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 148       memcpy(rescaleImage,original.GetImageData(),dataSize);
 149    }
 150
 151    copy.SetImageData(rescaleImage, rescaleSize);
 152
 153    //////////////// Step 3:
 154    std::cout << "3...";
 155    copy.SetWriteModeToRGB();
 156    if( !copy.WriteDcmExplVR(output) )
 157    {
 158       std::cout << " Failed" << std::endl
 159                 << "        " << output << " not written" << std::endl;
 160
 161       delete[] rescaleImage;
 162
 163       return 1;
 164    }
 165
 166    //////////////// Step 4:
 167    std::cout << "4...";
 168    gdcm::FileHelper copy2 = gdcm::FileHelper( output );
 169
 170    //Is the file written still gdcm parsable ?
 171    if ( !copy2.GetFile()->IsReadable() )
 172    {
 173       std::cout << " Failed" << std::endl
 174                 << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 175
 176       delete[] rescaleImage;
 177
 178       return 1;
 179    }
 180
 181    //////////////// Step 5:
 182    std::cout << "5...";
 183    size_t    dataSizeWritten = copy2.GetImageDataSize();
 184    uint8_t *imageDataWritten = copy2.GetImageData();
 185
 186    if (originalF.GetXSize() != copy2.GetFile()->GetXSize() ||
 187        originalF.GetYSize() != copy2.GetFile()->GetYSize() ||
 188        originalF.GetZSize() != copy2.GetFile()->GetZSize())
 189    {
 190       std::cout << "Failed" << std::endl
 191          << "        X Size differs: "
 192          << "X: " << originalF.GetXSize() << " # "
 193                   << copy2.GetFile()->GetXSize() << " | "
 194          << "Y: " << originalF.GetYSize() << " # "
 195                   << copy2.GetFile()->GetYSize() << " | "
 196          << "Z: " << originalF.GetZSize() << " # "
 197                   << copy2.GetFile()->GetZSize() << std::endl;
 198       delete[] rescaleImage;
 199
 200       return 1;
 201    }
 202
 203    if (rescaleSize != dataSizeWritten)
 204    {
 205       std::cout << " Failed" << std::endl
 206                 << "        Pixel areas lengths differ: "
 207                 << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 208
 209       delete[] rescaleImage;
 210
 211       return 1;
 212    }
 213
 214    if (int res = memcmp(rescaleImage, imageDataWritten, rescaleSize) !=0)
 215    {
 216       (void)res;
 217       std::cout << " Failed" << std::endl
 218                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 219
 220       delete[] rescaleImage;
 221
 222       return 1;
 223    }
 224    std::cout << "OK." << std::endl ;
 225
 226    delete[] rescaleImage;
 227
 228    return 0;
 229 }
 230
 231 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 232 // copying field by field the dicom image
 233
 234 int TestCopyRescaleDicom(int argc, char *argv[])
 235 {
 236    if ( argc == 3 )
 237    {
 238       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 239       // over all images
 240       const std::string input     = argv[1];
 241       const std::string reference = argv[2];
 242       return CopyRescaleDicom( input, reference );
 243    }
 244    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 245    {
 246       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 247                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 248       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 249                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 250       return 1;
 251    }
 252    // else other cases:
 253
 254    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 255              << std::endl;
 256    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 257                 "Test/CMakeLists.txt)"
 258              << std::endl;
 259    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 260              << std::endl;
 261    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmFile) and call"
 262              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 263              << "GetImageDataSize() "
 264              << std::endl;
 265    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 266              << " pixel data are set to the copy"
 267              << std::endl;
 268    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 269              << std::endl;
 270    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 271              << std::endl;
 272    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 273              << "images " << std::endl
 274              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 275    std::cout << std::endl;
 276
 277
 278    clock_t r1,r2, r3,r4;
 279    struct tms tms1,tms2, tms3,tms4;
 280
 281    r3 = times(&tms3);
 282    int i =0;
 283    int retVal = 0;  //by default this is an error
 284    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 285    {
 286       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 287       filename += "/";  //doh!
 288       filename += gdcmDataImages[i];
 289
 290       std::string output = "output.dcm";
 291
 292       r1 = times(&tms1);
 293       if( CopyRescaleDicom( filename, output ) != 0 )
 294       {
 295          retVal++;
 296       }
 297       r2 = times(&tms2);
 298
 299       std::cout
 300         << std::setw(150-strlen(gdcmDataImages[i]))
 301         << gdcmDataImages[i] << " user time: "
 302         << (long) ((tms2.tms_utime)  - (tms1.tms_utime))
 303         << " system time: "
 304         << (long) ((tms2.tms_stime)  - (tms1.tms_stime))
 305         << "\t elapsed time: " << r2 - r1
 306         << std::endl;
 307
 308       i++;
 309    }
 310    r4 = times(&tms4);
 311
 312    std::cout
 313         << std::setw(150-strlen("Gross Total")) << " --> "
 314         << "Gross Total" << " user time: "
 315         << (long) ((tms4.tms_utime)  - (tms3.tms_utime))
 316         << " system time: "
 317         << (long) ((tms4.tms_stime)  - (tms3.tms_stime))
 318         << "\t elapsed time: " << (long) (r4 - r3)
 319         << std::endl;
 320    return retVal;
 321 }
 322