Testing/TestCopyRescaleDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyRescaleDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/24 16:44:54 $
   7   Version:   $Revision: 1.10 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 bool FileExists(const char* filename);
  27
  28 bool RemoveFile(const char* source);
  29
  30 int CopyRescaleDicom(std::string const & filename,
  31                      std::string const & output )
  32 {
  33    std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  34    if( FileExists( output.c_str() ) )
  35    {
  36      // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  37       if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  38       {
  39          std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  40          return 1;
  41       }
  42    }
  43
  44    //////////////// Step 1:
  45    std::cout << "      1...";
  46    gdcm::File *originalH = new gdcm::File( filename );
  47    gdcm::File *copyH     = new gdcm::File( );
  48
  49    //First of all copy the header field by field
  50
  51    //////////////// Step 2:
  52    std::cout << "2...";
  53    // Copy of the header content
  54    gdcm::DocEntry* d = originalH->GetFirstEntry();
  55    while(d)
  56    {
  57       if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  58       {
  59          copyH->Insert(
  60                               b->GetBinArea(),
  61                               b->GetLength(),
  62                               b->GetGroup(),
  63                               b->GetElement(),
  64                               b->GetVR() );
  65       }
  66       else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  67       {
  68           copyH->Insert(
  69                               v->GetValue(),
  70                               v->GetGroup(),
  71                               v->GetElement(),
  72                               v->GetVR() );
  73       }
  74       else
  75       {
  76        // We skip pb of SQ recursive exploration
  77       }
  78
  79       d=originalH->GetNextEntry();
  80    }
  81
  82    gdcm::FileHelper *original = new gdcm::FileHelper( originalH );
  83    gdcm::FileHelper *copy     = new gdcm::FileHelper( copyH );
  84
  85    size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  86
  87    size_t rescaleSize;
  88    uint8_t *rescaleImage;
  89
  90    const std::string & bitsStored    = originalH->GetEntryValue(0x0028,0x0101);
  91    if( bitsStored == "16" )
  92    {
  93       std::cout << "Rescale...";
  94       copyH->Insert( "8", 0x0028, 0x0100); // BitsAllocated
  95       copyH->Insert( "8", 0x0028, 0x0101); // BitsStored
  96       copyH->Insert( "7", 0x0028, 0x0102); // HighBit
  97       copyH->Insert( "0", 0x0028, 0x0103); //Pixel Representation
  98
  99       // We assume the value were from 0 to uint16_t max
 100       rescaleSize = dataSize / 2;
 101       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 102
 103       uint16_t* imageData16 = (uint16_t*)original->GetImageData();
 104       for(unsigned int i=0; i<rescaleSize; i++)
 105       {
 106          rescaleImage[i] = imageData16[i]/256;
 107       }
 108    }
 109    else
 110    {
 111       std::cout << "Same...";
 112       rescaleSize = dataSize;
 113       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 114       memcpy(rescaleImage,original->GetImageData(),dataSize);
 115    }
 116
 117    copy->SetImageData(rescaleImage, rescaleSize);
 118
 119    //////////////// Step 3:
 120    std::cout << "3...";
 121    copy->SetWriteModeToRGB();
 122    if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 123    {
 124       std::cout << " Failed" << std::endl
 125                 << "        " << output << " not written" << std::endl;
 126
 127       delete original;
 128       delete copy;
 129       delete originalH;
 130       delete copyH;
 131       delete[] rescaleImage;
 132
 133       return 1;
 134    }
 135
 136    delete copy;
 137    delete copyH;
 138
 139    //////////////// Step 4:
 140    std::cout << "4...";
 141    copy = new gdcm::FileHelper( output );
 142
 143    //Is the file written still gdcm parsable ?
 144    if ( !copy->GetFile()->IsReadable() )
 145    {
 146       std::cout << " Failed" << std::endl
 147                 << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 148
 149       delete original;
 150       delete originalH;
 151       delete[] rescaleImage;
 152
 153       return 1;
 154    }
 155
 156    //////////////// Step 5:
 157    std::cout << "5...";
 158    size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 159    uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 160
 161    if (originalH->GetXSize() != copy->GetFile()->GetXSize() ||
 162        originalH->GetYSize() != copy->GetFile()->GetYSize() ||
 163        originalH->GetZSize() != copy->GetFile()->GetZSize())
 164    {
 165       std::cout << "Failed" << std::endl
 166          << "        X Size differs: "
 167          << "X: " << originalH->GetXSize() << " # "
 168                   << copy->GetFile()->GetXSize() << " | "
 169          << "Y: " << originalH->GetYSize() << " # "
 170                   << copy->GetFile()->GetYSize() << " | "
 171          << "Z: " << originalH->GetZSize() << " # "
 172                   << copy->GetFile()->GetZSize() << std::endl;
 173       delete original;
 174       delete copy;
 175       delete originalH;
 176       delete[] rescaleImage;
 177
 178       return 1;
 179    }
 180
 181    if (rescaleSize != dataSizeWritten)
 182    {
 183       std::cout << " Failed" << std::endl
 184                 << "        Pixel areas lengths differ: "
 185                 << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 186
 187       delete original;
 188       delete copy;
 189       delete originalH;
 190       delete[] rescaleImage;
 191
 192       return 1;
 193    }
 194
 195    if (int res = memcmp(rescaleImage, imageDataWritten, rescaleSize) !=0)
 196    {
 197       (void)res;
 198       std::cout << " Failed" << std::endl
 199                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 200
 201       delete original;
 202       delete copy;
 203       delete originalH;
 204       delete[] rescaleImage;
 205
 206       return 1;
 207    }
 208    std::cout << "OK." << std::endl ;
 209
 210    delete original;
 211    delete copy;
 212    delete originalH;
 213    delete[] rescaleImage;
 214
 215    return 0;
 216 }
 217
 218 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 219 // copying field by field the dicom image
 220
 221 int TestCopyRescaleDicom(int argc, char* argv[])
 222 {
 223    if ( argc == 3 )
 224    {
 225       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 226       // over all images
 227       const std::string input     = argv[1];
 228       const std::string reference = argv[2];
 229       return CopyRescaleDicom( input, reference );
 230    }
 231    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 232    {
 233       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 234                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 235       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 236                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 237       return 1;
 238    }
 239    // else other cases:
 240
 241    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 242              << std::endl;
 243    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 244                 "Test/CMakeLists.txt)"
 245              << std::endl;
 246    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 247              << std::endl;
 248    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmFile) and call"
 249              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 250              << "GetImageDataSize() "
 251              << std::endl;
 252    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 253              << " pixel datas are set to the copy"
 254              << std::endl;
 255    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 256              << std::endl;
 257    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 258              << std::endl;
 259    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 260              << "images " << std::endl
 261              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 262    std::cout << std::endl;
 263
 264    int i =0;
 265    int retVal = 0;  //by default this is an error
 266    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 267    {
 268       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 269       filename += "/";  //doh!
 270       filename += gdcmDataImages[i];
 271
 272       std::string output = "output.dcm";
 273
 274       if( CopyRescaleDicom( filename, output ) != 0 )
 275       {
 276          retVal++;
 277       }
 278
 279       i++;
 280    }
 281    return retVal;
 282 }
 283