Testing/TestCopyRescaleDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyRescaleDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2004/12/07 16:55:56 $
   7   Version:   $Revision: 1.1 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmHeader.h"
  19 #include "gdcmFile.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 bool FileExists(const char* filename);
  27
  28 bool RemoveFile(const char* source);
  29
  30 int CopyRescaleDicom(std::string const & filename,
  31                      std::string const & output )
  32 {
  33    std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  34    if( FileExists( output.c_str() ) )
  35    {
  36      // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  37       if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  38       {
  39          std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  40          return 1;
  41       }
  42    }
  43
  44    //////////////// Step 1:
  45    std::cout << "      1...";
  46    gdcm::Header *originalH = new gdcm::Header( filename );
  47    gdcm::Header *copyH     = new gdcm::Header( );
  48
  49    //First of all copy the header field by field
  50
  51    // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  52    // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  53    // (the user does NOT have to know the way we implemented the Header !)
  54    // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  55
  56
  57    //////////////// Step 2:
  58    std::cout << "2...";
  59    originalH->Initialize();
  60    gdcm::DocEntry* d = originalH->GetNextEntry();
  61
  62    while(d)
  63    {
  64       if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  65       {
  66           copyH->ReplaceOrCreateByNumber(
  67                               v->GetValue(),
  68                               v->GetGroup(),
  69                               v->GetElement(),
  70                               v->GetVR() );
  71       }
  72
  73       d=originalH->GetNextEntry();
  74    }
  75
  76    gdcm::File *original = new gdcm::File( originalH );
  77    gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
  78
  79    size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  80    uint8_t* imageData = original->GetImageData();
  81
  82    size_t rescaleSize = dataSize / 2;
  83 #ifdef VERSION_1
  84    uint8_t *rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
  85 #endif
  86
  87    //2 case now, if 16 bits input then try to downscale to 8bits just for
  88    //fun:
  89
  90    const std::string & bitsStored    = originalH->GetEntryByNumber(0x0028,0x0101);
  91 //   std::cout << "BitsStored:    " << bitsStored << std::endl;
  92
  93    if( bitsStored == "16" )
  94    {
  95       uint16_t* imageData16 = (uint16_t*)original->GetImageData();
  96       copyH->ReplaceOrCreateByNumber( "8", 0x0028, 0x0100); // BitsAllocated
  97       copyH->ReplaceOrCreateByNumber( "8", 0x0028, 0x0101); // BitsStored
  98       copyH->ReplaceOrCreateByNumber( "7", 0x0028, 0x0102); // HighBit
  99       copyH->ReplaceOrCreateByNumber( "0", 0x0028, 0x0103); //Pixel Representation
 100
 101       // We assume the value were from 0 to uint16_t max
 102       for(unsigned int i=0; i<rescaleSize; i++)
 103       {
 104 #ifdef VERSION_1
 105          rescaleImage[i] = imageData16[i]/256;
 106 #else
 107          imageData[i]  = imageData16[i]/256;
 108 #endif
 109       }
 110 #ifdef VERSION_1
 111       copy->SetImageData(rescaleImage, rescaleSize);
 112 #endif
 113    }
 114    else
 115    {
 116       copy->SetImageData(imageData, dataSize);
 117    }
 118
 119    //////////////// Step 3:
 120    std::cout << "3...";
 121    copy->SetWriteModeToRGB();
 122    if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 123    {
 124       std::cout << " Failed" << std::endl
 125                 << "        " << output << " not written" << std::endl;
 126
 127       delete original;
 128       delete copy;
 129       delete originalH;
 130       delete copyH;
 131
 132       return 1;
 133    }
 134
 135    delete copy;
 136    delete copyH;
 137
 138    //////////////// Step 4:
 139    std::cout << "4...";
 140    copy = new gdcm::File( output );
 141
 142    //Is the file written still gdcm parsable ?
 143    if ( !copy->GetHeader()->IsReadable() )
 144    {
 145       std::cout << " Failed" << std::endl
 146                 << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 147
 148       delete original;
 149       delete originalH;
 150
 151       return 1;
 152    }
 153
 154    //////////////// Step 5:
 155    std::cout << "5...";
 156    size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 157    uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 158
 159    if (dataSize != dataSizeWritten)
 160    {
 161       std::cout << " Failed" << std::endl
 162                 << "        Pixel areas lengths differ: "
 163                 << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 164
 165       delete original;
 166       delete copy;
 167       delete originalH;
 168
 169       return 1;
 170    }
 171
 172    if (int res = memcmp(imageData, imageDataWritten, dataSize) !=0)
 173    {
 174       (void)res;
 175       std::cout << " Failed" << std::endl
 176                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 177
 178       delete original;
 179       delete copy;
 180       delete originalH;
 181
 182       return 1;
 183    }
 184    std::cout << "OK." << std::endl ;
 185
 186    delete original;
 187    delete copy;
 188    delete originalH;
 189 #ifdef VERSION_1
 190    delete[] rescaleImage;
 191 #endif
 192
 193    return 0;
 194 }
 195
 196 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 197 // copying field by field the dicom image
 198
 199 int TestCopyRescaleDicom(int argc, char* argv[])
 200 {
 201    if ( argc == 3 )
 202    {
 203       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 204       // over all images
 205       const std::string input     = argv[1];
 206       const std::string reference = argv[2];
 207       return CopyRescaleDicom( input, reference );
 208    }
 209    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 210    {
 211       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 212                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 213       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 214                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 215       return 1;
 216    }
 217    // else other cases:
 218
 219    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 220              << std::endl;
 221    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 222                 "Test/CMakeLists.txt)"
 223              << std::endl;
 224    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 225              << std::endl;
 226    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmHeader) and call"
 227              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 228              << "GetImageDataSize() "
 229              << std::endl;
 230    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 231              << " pixel datas are set to the copy"
 232              << std::endl;
 233    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 234              << std::endl;
 235    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 236              << std::endl;
 237    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 238              << "images " << std::endl
 239              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 240    std::cout << std::endl;
 241
 242    int i =0;
 243    int retVal = 0;  //by default this is an error
 244    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 245    {
 246       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 247       filename += "/";  //doh!
 248       filename += gdcmDataImages[i];
 249
 250       std::string output = "output.dcm";
 251
 252       if( CopyRescaleDicom( filename, output ) != 0 )
 253       {
 254          retVal++;
 255       }
 256
 257       i++;
 258    }
 259    return retVal;
 260 }
 261