Testing/TestCopyRescaleDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyRescaleDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/21 11:40:54 $
   7   Version:   $Revision: 1.8 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 //Generated file:
  24 #include "gdcmDataImages.h"
  25
  26 bool FileExists(const char* filename);
  27
  28 bool RemoveFile(const char* source);
  29
  30 int CopyRescaleDicom(std::string const & filename,
  31                      std::string const & output )
  32 {
  33    std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  34    if( FileExists( output.c_str() ) )
  35    {
  36      // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  37       if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  38       {
  39          std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  40          return 1;
  41       }
  42    }
  43
  44    //////////////// Step 1:
  45    std::cout << "      1...";
  46    gdcm::File *originalH = new gdcm::File( filename );
  47    gdcm::File *copyH     = new gdcm::File( );
  48
  49    //First of all copy the header field by field
  50
  51    // Warning :Accessor gdcmElementSet::GetEntry() should not exist
  52    // It was commented out by Mathieu, that was a *good* idea
  53    // (the user does NOT have to know the way we implemented the File !)
  54    // Waiting for a 'clean' solution, I keep the method ...JPRx
  55
  56
  57    //////////////// Step 2:
  58    std::cout << "2...";
  59    // Copy of the header content
  60    gdcm::DocEntry* d = originalH->GetFirstEntry();
  61    while(d)
  62    {
  63       if ( gdcm::BinEntry* b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  64       {
  65          copyH->ReplaceOrCreate(
  66                               b->GetBinArea(),
  67                               b->GetLength(),
  68                               b->GetGroup(),
  69                               b->GetElement(),
  70                               b->GetVR() );
  71       }
  72       else if ( gdcm::ValEntry* v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  73       {
  74           copyH->ReplaceOrCreate(
  75                               v->GetValue(),
  76                               v->GetGroup(),
  77                               v->GetElement(),
  78                               v->GetVR() );
  79       }
  80       else
  81       {
  82        // We skip pb of SQ recursive exploration
  83       }
  84
  85       d=originalH->GetNextEntry();
  86    }
  87
  88    gdcm::FileHelper *original = new gdcm::FileHelper( originalH );
  89    gdcm::FileHelper *copy     = new gdcm::FileHelper( copyH );
  90
  91    size_t dataSize = original->GetImageDataSize();
  92
  93    size_t rescaleSize;
  94    uint8_t *rescaleImage;
  95
  96    const std::string & bitsStored    = originalH->GetEntry(0x0028,0x0101);
  97    if( bitsStored == "16" )
  98    {
  99       std::cout << "Rescale...";
 100       copyH->ReplaceOrCreate( "8", 0x0028, 0x0100); // BitsAllocated
 101       copyH->ReplaceOrCreate( "8", 0x0028, 0x0101); // BitsStored
 102       copyH->ReplaceOrCreate( "7", 0x0028, 0x0102); // HighBit
 103       copyH->ReplaceOrCreate( "0", 0x0028, 0x0103); //Pixel Representation
 104
 105       // We assume the value were from 0 to uint16_t max
 106       rescaleSize = dataSize / 2;
 107       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 108
 109       uint16_t* imageData16 = (uint16_t*)original->GetImageData();
 110       for(unsigned int i=0; i<rescaleSize; i++)
 111       {
 112          rescaleImage[i] = imageData16[i]/256;
 113       }
 114    }
 115    else
 116    {
 117       std::cout << "Same...";
 118       rescaleSize = dataSize;
 119       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 120       memcpy(rescaleImage,original->GetImageData(),dataSize);
 121    }
 122
 123    copy->SetImageData(rescaleImage, rescaleSize);
 124
 125    //////////////// Step 3:
 126    std::cout << "3...";
 127    copy->SetWriteModeToRGB();
 128    if( !copy->WriteDcmExplVR(output) )
 129    {
 130       std::cout << " Failed" << std::endl
 131                 << "        " << output << " not written" << std::endl;
 132
 133       delete original;
 134       delete copy;
 135       delete originalH;
 136       delete copyH;
 137       delete[] rescaleImage;
 138
 139       return 1;
 140    }
 141
 142    delete copy;
 143    delete copyH;
 144
 145    //////////////// Step 4:
 146    std::cout << "4...";
 147    copy = new gdcm::FileHelper( output );
 148
 149    //Is the file written still gdcm parsable ?
 150    if ( !copy->GetFile()->IsReadable() )
 151    {
 152       std::cout << " Failed" << std::endl
 153                 << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 154
 155       delete original;
 156       delete originalH;
 157       delete[] rescaleImage;
 158
 159       return 1;
 160    }
 161
 162    //////////////// Step 5:
 163    std::cout << "5...";
 164    size_t    dataSizeWritten = copy->GetImageDataSize();
 165    uint8_t* imageDataWritten = copy->GetImageData();
 166
 167    if (originalH->GetXSize() != copy->GetFile()->GetXSize() ||
 168        originalH->GetYSize() != copy->GetFile()->GetYSize() ||
 169        originalH->GetZSize() != copy->GetFile()->GetZSize())
 170    {
 171       std::cout << "Failed" << std::endl
 172          << "        X Size differs: "
 173          << "X: " << originalH->GetXSize() << " # "
 174                   << copy->GetFile()->GetXSize() << " | "
 175          << "Y: " << originalH->GetYSize() << " # "
 176                   << copy->GetFile()->GetYSize() << " | "
 177          << "Z: " << originalH->GetZSize() << " # "
 178                   << copy->GetFile()->GetZSize() << std::endl;
 179       delete original;
 180       delete copy;
 181       delete originalH;
 182       delete[] rescaleImage;
 183
 184       return 1;
 185    }
 186
 187    if (rescaleSize != dataSizeWritten)
 188    {
 189       std::cout << " Failed" << std::endl
 190                 << "        Pixel areas lengths differ: "
 191                 << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 192
 193       delete original;
 194       delete copy;
 195       delete originalH;
 196       delete[] rescaleImage;
 197
 198       return 1;
 199    }
 200
 201    if (int res = memcmp(rescaleImage, imageDataWritten, rescaleSize) !=0)
 202    {
 203       (void)res;
 204       std::cout << " Failed" << std::endl
 205                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 206
 207       delete original;
 208       delete copy;
 209       delete originalH;
 210       delete[] rescaleImage;
 211
 212       return 1;
 213    }
 214    std::cout << "OK." << std::endl ;
 215
 216    delete original;
 217    delete copy;
 218    delete originalH;
 219    delete[] rescaleImage;
 220
 221    return 0;
 222 }
 223
 224 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 225 // copying field by field the dicom image
 226
 227 int TestCopyRescaleDicom(int argc, char* argv[])
 228 {
 229    if ( argc == 3 )
 230    {
 231       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 232       // over all images
 233       const std::string input     = argv[1];
 234       const std::string reference = argv[2];
 235       return CopyRescaleDicom( input, reference );
 236    }
 237    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 238    {
 239       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 240                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 241       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 242                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 243       return 1;
 244    }
 245    // else other cases:
 246
 247    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 248              << std::endl;
 249    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 250                 "Test/CMakeLists.txt)"
 251              << std::endl;
 252    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 253              << std::endl;
 254    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmFile) and call"
 255              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 256              << "GetImageDataSize() "
 257              << std::endl;
 258    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 259              << " pixel datas are set to the copy"
 260              << std::endl;
 261    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 262              << std::endl;
 263    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 264              << std::endl;
 265    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 266              << "images " << std::endl
 267              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 268    std::cout << std::endl;
 269
 270    int i =0;
 271    int retVal = 0;  //by default this is an error
 272    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 273    {
 274       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 275       filename += "/";  //doh!
 276       filename += gdcmDataImages[i];
 277
 278       std::string output = "output.dcm";
 279
 280       if( CopyRescaleDicom( filename, output ) != 0 )
 281       {
 282          retVal++;
 283       }
 284
 285       i++;
 286    }
 287    return retVal;
 288 }
 289