Testing/TestCopyRescaleDicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestCopyRescaleDicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/05/20 15:50:27 $
   7   Version:   $Revision: 1.19 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFile.h"
  19 #include "gdcmFileHelper.h"
  20 #include "gdcmValEntry.h"
  21 #include "gdcmBinEntry.h"
  22
  23 #include <time.h>
  24 #include <sys/times.h>
  25 #include <iomanip> // for std::ios::left, ...
  26
  27 //Generated file:
  28 #include "gdcmDataImages.h"
  29
  30 #ifndef _WIN32
  31 #include <unistd.h> //for access, unlink
  32 #else
  33 #include <io.h> //for _access on Win32
  34 #endif
  35
  36 bool FileExists(const char *filename)
  37 {
  38 #ifdef _MSC_VER
  39 # define access _access
  40 #endif
  41 #ifndef R_OK
  42 # define R_OK 04
  43 #endif
  44   if ( access(filename, R_OK) != 0 )
  45     {
  46     return false;
  47     }
  48   else
  49     {
  50     return true;
  51     }
  52 }
  53
  54 bool RemoveFile(const char *source)
  55 {
  56 #ifdef _MSC_VER
  57 #define _unlink unlink
  58 #endif
  59   return unlink(source) != 0 ? false : true;
  60 }
  61
  62 int CopyRescaleDicom(std::string const &filename,
  63                      std::string const &output )
  64 {
  65    std::cout << "   Testing: " << filename << std::endl;
  66    if( FileExists( output.c_str() ) )
  67    {
  68      // std::cerr << "Don't try to cheat, I am removing the file anyway" << std::endl;
  69       if( !RemoveFile( output.c_str() ) )
  70       {
  71          std::cout << "Ouch, the file exist, but I cannot remove it" << std::endl;
  72          return 1;
  73       }
  74    }
  75
  76    //////////////// Step 1:
  77    std::cout << "      1...";
  78    gdcm::File originalF = gdcm::File( filename );
  79    gdcm::File copyF     = gdcm::File( );
  80
  81    //First of all copy the file, field by field
  82
  83    //////////////// Step 2:
  84    std::cout << "2...";
  85    // Copy of the file content
  86    gdcm::DocEntry *d = originalF.GetFirstEntry();
  87    while(d)
  88    {
  89       if ( gdcm::BinEntry *b = dynamic_cast<gdcm::BinEntry*>(d) )
  90       {
  91          copyF.InsertBinEntry( b->GetBinArea(),b->GetLength(),
  92                                b->GetGroup(),b->GetElement(),
  93                                b->GetVR() );
  94       }
  95       else if ( gdcm::ValEntry *v = dynamic_cast<gdcm::ValEntry*>(d) )
  96       {
  97           copyF.InsertValEntry( v->GetValue(),
  98                                 v->GetGroup(),v->GetElement(),
  99                                 v->GetVR() );
 100       }
 101       else
 102       {
 103        // We skip pb of SQ recursive exploration
 104       }
 105
 106       d = originalF.GetNextEntry();
 107    }
 108
 109    gdcm::FileHelper original = gdcm::FileHelper( &originalF );
 110    gdcm::FileHelper copy     = gdcm::FileHelper( &copyF );
 111
 112    size_t dataSize = original.GetImageDataSize();
 113
 114    size_t rescaleSize;
 115    uint8_t *rescaleImage;
 116
 117    const std::string &bitsStored = originalF.GetEntryValue(0x0028,0x0101);
 118    if( bitsStored == "16" )
 119    {
 120       std::cout << "Rescale...";
 121       copyF.InsertValEntry( "8", 0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
 122       copyF.InsertValEntry( "8", 0x0028, 0x0101); // Bits Stored
 123       copyF.InsertValEntry( "7", 0x0028, 0x0102); // High Bit
 124       copyF.InsertValEntry( "0", 0x0028, 0x0103); // Pixel Representation
 125
 126       // We assume the value were from 0 to uint16_t max
 127       rescaleSize = dataSize / 2;
 128       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 129
 130       uint16_t *imageData16 = (uint16_t*)original.GetImageData();
 131       uint16_t *tmpImage = imageData16;
 132       uint8_t *tmpRescale = rescaleImage;
 133       for(unsigned int i=0; i<rescaleSize; i++)
 134       {
 135          *tmpRescale = (uint8_t)( (*tmpImage)>>8 );
 136          tmpImage++;
 137          tmpRescale++;
 138       }
 139    }
 140    else
 141    {
 142       std::cout << "Same...";
 143       rescaleSize = dataSize;
 144       rescaleImage = new uint8_t[dataSize];
 145       memcpy(rescaleImage,original.GetImageData(),dataSize);
 146    }
 147
 148    copy.SetImageData(rescaleImage, rescaleSize);
 149
 150    //////////////// Step 3:
 151    std::cout << "3...";
 152    copy.SetWriteModeToRGB();
 153    if( !copy.WriteDcmExplVR(output) )
 154    {
 155       std::cout << " Failed" << std::endl
 156                 << "        " << output << " not written" << std::endl;
 157
 158       delete[] rescaleImage;
 159
 160       return 1;
 161    }
 162
 163    //////////////// Step 4:
 164    std::cout << "4...";
 165    gdcm::FileHelper copy2 = gdcm::FileHelper( output );
 166
 167    //Is the file written still gdcm parsable ?
 168    if ( !copy2.GetFile()->IsReadable() )
 169    {
 170       std::cout << " Failed" << std::endl
 171                 << "        " << output << " not readable" << std::endl;
 172
 173       delete[] rescaleImage;
 174
 175       return 1;
 176    }
 177
 178    //////////////// Step 5:
 179    std::cout << "5...";
 180    size_t    dataSizeWritten = copy2.GetImageDataSize();
 181    uint8_t *imageDataWritten = copy2.GetImageData();
 182
 183    if (originalF.GetXSize() != copy2.GetFile()->GetXSize() ||
 184        originalF.GetYSize() != copy2.GetFile()->GetYSize() ||
 185        originalF.GetZSize() != copy2.GetFile()->GetZSize())
 186    {
 187       std::cout << "Failed" << std::endl
 188          << "        X Size differs: "
 189          << "X: " << originalF.GetXSize() << " # "
 190                   << copy2.GetFile()->GetXSize() << " | "
 191          << "Y: " << originalF.GetYSize() << " # "
 192                   << copy2.GetFile()->GetYSize() << " | "
 193          << "Z: " << originalF.GetZSize() << " # "
 194                   << copy2.GetFile()->GetZSize() << std::endl;
 195       delete[] rescaleImage;
 196
 197       return 1;
 198    }
 199
 200    if (rescaleSize != dataSizeWritten)
 201    {
 202       std::cout << " Failed" << std::endl
 203                 << "        Pixel areas lengths differ: "
 204                 << dataSize << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 205
 206       delete[] rescaleImage;
 207
 208       return 1;
 209    }
 210
 211    if (int res = memcmp(rescaleImage, imageDataWritten, rescaleSize) !=0)
 212    {
 213       (void)res;
 214       std::cout << " Failed" << std::endl
 215                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 216
 217       delete[] rescaleImage;
 218
 219       return 1;
 220    }
 221    std::cout << "OK." << std::endl ;
 222
 223    delete[] rescaleImage;
 224
 225    return 0;
 226 }
 227
 228 // Here we load a gdcmFile and then try to create from scratch a copy of it,
 229 // copying field by field the dicom image
 230
 231 int TestCopyRescaleDicom(int argc, char *argv[])
 232 {
 233    if ( argc == 3 )
 234    {
 235       // The test is specified a specific filename, use it instead of looping
 236       // over all images
 237       const std::string input     = argv[1];
 238       const std::string reference = argv[2];
 239       return CopyRescaleDicom( input, reference );
 240    }
 241    else if ( argc > 3 || argc == 2 )
 242    {
 243       std::cout << "   Usage: " << argv[0]
 244                 << " (no arguments needed)." << std::endl;
 245       std::cout << "or   Usage: " << argv[0]
 246                 << " filename.dcm reference.dcm" << std::endl;
 247       return 1;
 248    }
 249    // else other cases:
 250
 251    std::cout << "   Description (Test::TestCopyDicom): "
 252              << std::endl;
 253    std::cout << "   For all images in gdcmData (and not blacklisted in "
 254                 "Test/CMakeLists.txt)"
 255              << std::endl;
 256    std::cout << "   apply the following to each filename.xxx: "
 257              << std::endl;
 258    std::cout << "   step 1: parse the image (as gdcmFile) and call"
 259              << " IsReadable(). After that, call GetImageData() and "
 260              << "GetImageDataSize() "
 261              << std::endl;
 262    std::cout << "   step 2: create a copy of the readed file and the new"
 263              << " pixel data are set to the copy"
 264              << std::endl;
 265    std::cout << "   step 3: write the copy of the image"
 266              << std::endl;
 267    std::cout << "   step 4: read the copy and call IsReadable()"
 268              << std::endl;
 269    std::cout << "   step 5: compare (in memory with memcmp) that the two "
 270              << "images " << std::endl
 271              << "           match (as expanded by gdcm)." << std::endl;
 272    std::cout << std::endl;
 273
 274
 275    clock_t r1,r2, r3,r4;
 276    struct tms tms1,tms2, tms3,tms4;
 277
 278    r3 = times(&tms3);
 279    int i =0;
 280    int retVal = 0;  //by default this is an error
 281    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 282    {
 283       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 284       filename += "/";  //doh!
 285       filename += gdcmDataImages[i];
 286
 287       std::string output = "output.dcm";
 288
 289       r1 = times(&tms1);
 290       if( CopyRescaleDicom( filename, output ) != 0 )
 291       {
 292          retVal++;
 293       }
 294       r2 = times(&tms2);
 295
 296       std::cout
 297         << std::setw(150-strlen(gdcmDataImages[i]))
 298         << gdcmDataImages[i] << " user time: "
 299         << (long) ((tms2.tms_utime)  - (tms1.tms_utime))
 300         << " system time: "
 301         << (long) ((tms2.tms_stime)  - (tms1.tms_stime))
 302         << "\t elapsed time: " << r2 - r1
 303         << std::endl;
 304
 305       i++;
 306    }
 307    r4 = times(&tms4);
 308
 309    std::cout
 310         << std::setw(150-strlen("Gross Total")) << " --> "
 311         << "Gross Total" << " user time: "
 312         << (long) ((tms4.tms_utime)  - (tms3.tms_utime))
 313         << " system time: "
 314         << (long) ((tms4.tms_stime)  - (tms3.tms_stime))
 315         << "\t elapsed time: " << (long) (r4 - r3)
 316         << std::endl;
 317    return retVal;
 318 }
 319