Testing/TestWriteSimple.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestWriteSimple.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2007/05/23 14:18:06 $
   7   Version:   $Revision: 1.51 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * Write a dicom file from nothing
  21  * The written image is 256x256, 8 bits, unsigned char
  22  * The image content is a horizontal grayscale from
  23  *
  24  */
  25 #include "gdcmFile.h"
  26 #include "gdcmFileHelper.h"
  27 #include "gdcmDebug.h"
  28 #include "gdcmGlobal.h"
  29 #include "gdcmDictSet.h"
  30
  31 #include <iostream>
  32 #include <sstream>
  33
  34 typedef struct
  35 {
  36    int sizeX;         // Size X of the image
  37    int sizeY;         // Size Y of the image
  38    int sizeZ;         // Size Z of the image
  39    int components;    // Number of components for a pixel
  40    int componentSize; // Component size (in bits : 8, 16)
  41    int componentUse ; // Component size (in bits)
  42    int sign;          // Sign of components
  43    char writeMode;    // Write mode
  44                       //  - 'a' : ACR
  45                       //  - 'e' : Explicit VR
  46                       //  - 'i' : Implicit VR
  47 } Image;
  48
  49 Image Images [] = {
  50    {128, 128, 1, 1, 8,  8,  0, 'e'},
  51    {256, 128, 1, 1, 8,  8,  0, 'a'},
  52    {128, 128, 1, 1, 8,  8,  0, 'i'},
  53
  54    {128, 128, 1, 1, 8,  8,  0, 'a'},
  55    {256, 128, 1, 1, 8,  8,  0, 'i'},
  56
  57
  58    {256, 128, 1, 1, 8,  8,  0, 'e'},
  59    {128, 128, 1, 1, 16, 16, 0, 'e'},
  60    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 0, 'e'},
  61
  62    {128, 256, 1, 1, 8,  8,  0, 'e'},
  63    {128, 256, 1, 1, 8,  8,  0, 'i'},
  64    {128, 256, 1, 1, 8,  8,  0, 'a'},
  65
  66    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 0, 'i'},
  67    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 0, 'i'},
  68    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 0, 'a'},
  69    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 0, 'a'},
  70
  71    {256, 128, 10, 1, 8, 8,  0, 'e'},
  72    {256, 128, 10, 3, 8, 8,  0, 'e'},
  73    {256, 128, 10, 3, 8, 8,  0, 'i'},
  74    {256, 128, 10, 1, 8, 8,  0, 'i'},
  75    {256, 128, 10, 1, 8, 8,  0, 'a'},
  76    {256, 128, 10, 3, 8, 8,  0, 'a'},
  77
  78    {128, 128, 1, 1, 8,  8,  1, 'e'},
  79    {128, 128, 1, 1, 8,  8,  1, 'i'},
  80    {128, 128, 1, 1, 8,  8,  1, 'a'},
  81
  82    {256, 128, 1, 1, 8,  8,  1, 'e'},
  83    {256, 128, 1, 1, 8,  8,  1, 'i'},
  84    {256, 128, 1, 1, 8,  8,  1, 'a'},
  85
  86    {128, 256, 1, 1, 8,  8,  1, 'a'},
  87    {128, 256, 1, 1, 8,  8,  1, 'e'},
  88    {128, 256, 1, 1, 8,  8,  1, 'i'},
  89
  90    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 1, 'e'},
  91    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 1, 'e'},
  92    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 1, 'i'},
  93    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 1, 'i'},
  94    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 1, 'a'},
  95    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 1, 'a'},
  96
  97    {256, 128, 10, 1, 8, 8,  1, 'e'},
  98    {256, 128, 10, 1, 8, 8,  1, 'i'},
  99    {256, 128, 10, 1, 8, 8,  1, 'a'},
 100
 101    {256, 128, 10, 3, 8, 8,  1, 'e'},
 102    {256, 128, 10, 3, 8, 8,  1, 'i'},
 103    {256, 128, 10, 3, 8, 8,  1, 'a'},
 104    {0,   0,   1,  1, 8, 8,  0, 'i'} // to find the end
 105 };
 106
 107
 108 const unsigned int MAX_NUMBER_OF_DIFFERENCE = 10;
 109
 110 int WriteSimple(Image &img)
 111 {
 112
 113    std::cout << "======================= WriteSimple =========(begin of processing current image)" << std::endl;
 114    std::ostringstream fileName;
 115    fileName.str("");
 116    fileName << "TestWriteSimple";
 117
 118 // Step 1 : Create an empty FileHelper
 119
 120    std::cout << "        1...";
 121    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *fileH = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New();
 122
 123  //  Get the (empty) image header.
 124    GDCM_NAME_SPACE::File *fileToBuild = fileH->GetFile();
 125    std::ostringstream str;
 126
 127    // Set the image size
 128    str.str("");
 129    str << img.sizeX;
 130    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011,"US"); // Columns
 131    str.str("");
 132    str << img.sizeY;
 133    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010,"US"); // Rows
 134
 135    if(img.sizeZ>1)
 136    {
 137       str.str("");
 138       str << img.sizeZ;
 139       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008, "IS"); // Number of Frames
 140    }
 141
 142    fileName << "-" << img.sizeX << "-" << img.sizeY << "-" << img.sizeZ;
 143
 144    // Set the pixel type
 145    str.str("");
 146    str << img.componentSize;
 147    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100,"US"); // Bits Allocated
 148
 149    str.str("");
 150    str << img.componentUse;
 151    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101,"US"); // Bits Stored
 152
 153    str.str("");
 154    str << ( img.componentSize - 1 );
 155    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102,"US"); // High Bit
 156
 157    // Set the pixel representation
 158    str.str("");
 159    str << img.sign;
 160    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103,"US"); // Pixel Representation
 161
 162    fileName << "-" << img.componentSize;
 163    if(img.sign == 0)
 164       fileName << "U";
 165    else
 166       fileName << "S";
 167
 168    fileToBuild->InsertEntryString("0",0x0008,0x0000,"UL"); // Should be removed
 169                                                             // except for ACR
 170    switch (img.writeMode)
 171    {
 172       case 'a' :
 173          fileName << ".ACR";
 174          break;
 175       case 'e' :
 176          fileName << ".EXPL";
 177          break;
 178       case 'i' :
 179          fileName << ".IMPL";
 180          break;
 181    }
 182
 183    std::cout << "[" << fileName.str() << "]...";
 184    // Set the samples per pixel
 185    str.str("");
 186    str << img.components;
 187    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002,"US"); // Samples per Pixel
 188
 189 // Step 2 : Create the output image
 190    std::cout << "2...";
 191    if( img.componentSize%8 > 0 )
 192    {
 193       img.componentSize += 8-img.componentSize%8;
 194    }
 195    size_t size = img.sizeX * img.sizeY * img.sizeZ
 196                * img.components * img.componentSize / 8;
 197    unsigned char *imageData = new unsigned char[size];
 198
 199    // FIXME : find a better heuristic to create the image
 200    unsigned char *tmp = imageData;
 201    for(int k=0;k<img.sizeZ;k++)
 202    {
 203       for(int j=0;j<img.sizeY;j++)
 204       {
 205          for(int i=0;i<img.sizeX;i++)
 206          {
 207             for(int c=0;c<img.components;c++)
 208             {
 209                *tmp = (unsigned char)(j%256);
 210                if( img.componentSize>8 )
 211                {
 212                   *(tmp+1) = (unsigned char)(j/256);
 213                }
 214                tmp += img.componentSize/8;
 215             }
 216          }
 217       }
 218    }
 219
 220 // Step 3 : Set the image Pixel Data
 221    std::cout << "3...";
 222    fileH->SetImageData(imageData,size);
 223
 224 // Step 4 : Set the writting mode and write the image
 225
 226    fileH->SetWriteModeToRaw();
 227    std::cout << "4'...";
 228    switch (img.writeMode)
 229    {
 230       case 'a' : // Write an ACR file
 231          fileH->SetWriteTypeToAcr();
 232          break;
 233
 234       case 'e' : // Write a DICOM Explicit VR file
 235          fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 236          break;
 237
 238       case 'i' : // Write a DICOM Implicit VR file
 239          fileH->SetWriteTypeToDcmImplVR();
 240          break;
 241
 242       default :
 243          std::cout << "Failed for [" << fileName.str() << "]\n"
 244                    << "        Write mode '"<<img.writeMode<<"' is undefined\n";
 245
 246          fileH->Delete();
 247          delete[] imageData;
 248          return 1;
 249    }
 250
 251    std::cout << std::endl;
 252    fileToBuild->Print();
 253
 254    if( !fileH->Write(fileName.str()) )
 255    {
 256       std::cout << "Failed for [" << fileName.str() << "]\n"
 257                 << "           File is unwrittable" << std::endl;
 258
 259       fileH->Delete();
 260
 261       delete[] imageData;
 262       return 1;
 263    }
 264
 265 // Step 5 : Read the written image
 266    std::cout << "5..." << std::endl;
 267    // old form.
 268    //GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *reread = new GDCM_NAME_SPACE::FileHelper( fileName.str() );
 269    // Better use :
 270    GDCM_NAME_SPACE::File *f = GDCM_NAME_SPACE::File::New( );
 271    f->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL);
 272    f->SetFileName( fileName.str() );
 273
 274    //reread->SetFileName( fileName.str() );
 275    //reread->SetLoadMode(GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL); // Load everything
 276                            // Possible values are
 277                            //              GDCM_NAME_SPACE::LD_ALL,
 278                            //              GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ,
 279                            //              GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW,
 280                            //              GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSEQ|GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOW,
 281                            //              GDCM_NAME_SPACE::LD_NOSHADOWSEQ
 282
 283    f->Load();
 284   // reread->Load();
 285    GDCM_NAME_SPACE::FileHelper *reread = GDCM_NAME_SPACE::FileHelper::New( f );
 286
 287    reread->Print();
 288
 289    if( !reread->GetFile()->IsReadable() )
 290    {
 291       std::cerr << "Failed" << std::endl
 292                 << "Could not read written image : " << fileName.str() << std::endl;
 293       fileToBuild->Delete();
 294       fileH->Delete();
 295       reread->Delete();
 296       delete[] imageData;
 297       return 1;
 298    }
 299
 300 // Step 6 : Compare to the written image
 301    std::cout << "6..." << std::endl;
 302    size_t dataSizeWritten = reread->GetImageDataSize();
 303    uint8_t *imageDataWritten = reread->GetImageData();
 304
 305    // Test the image write mode
 306    if (reread->GetFile()->GetFileType() != fileH->GetWriteType())
 307    {
 308       std::cout << "Failed" << std::endl
 309          << "        File type differ: "
 310          << fileH->GetWriteType() << " # "
 311          << reread->GetFile()->GetFileType() << std::endl;
 312       fileToBuild->Delete();
 313       fileH->Delete();
 314       reread->Delete();
 315       delete[] imageData;
 316
 317       return 1;
 318    }
 319
 320    // Test the image size
 321    if (fileToBuild->GetXSize() != reread->GetFile()->GetXSize() ||
 322        fileToBuild->GetYSize() != reread->GetFile()->GetYSize() ||
 323        fileToBuild->GetZSize() != reread->GetFile()->GetZSize())
 324    {
 325       std::cout << "Failed for [" << fileName.str() << "]" << std::endl
 326          << "        X Size differs: "
 327          << "X: " << fileToBuild->GetXSize() << " # "
 328                   << reread->GetFile()->GetXSize() << " | "
 329          << "Y: " << fileToBuild->GetYSize() << " # "
 330                   << reread->GetFile()->GetYSize() << " | "
 331          << "Z: " << fileToBuild->GetZSize() << " # "
 332                   << reread->GetFile()->GetZSize() << std::endl;
 333       fileToBuild->Delete();
 334       fileH->Delete();
 335       reread->Delete();
 336       delete[] imageData;
 337
 338       return 1;
 339    }
 340
 341    // Test the data size
 342    if (size != dataSizeWritten)
 343    {
 344       std::cout << "Failed" << std::endl
 345          << "        Pixel areas lengths differ: "
 346          << size << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 347       fileToBuild->Delete();
 348       fileH->Delete();
 349       reread->Delete();
 350       delete[] imageData;
 351
 352       return 1;
 353    }
 354
 355    // Test the data content
 356    if ( memcmp(imageData, imageDataWritten, size) !=0 )
 357    {
 358       std::cout << "Failed" << std::endl
 359                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 360       std::cout << "        list of the first " << MAX_NUMBER_OF_DIFFERENCE
 361                   << " pixels differing (pos : test - ref) :"
 362                   << std::endl;
 363       unsigned int i;
 364       unsigned int j;
 365       for(i=0, j=0;i<dataSizeWritten && j<MAX_NUMBER_OF_DIFFERENCE;i++)
 366       {
 367          if(imageDataWritten[i]!=imageData[i])
 368             {
 369             std::cout << std::hex << "(" << i << " : "
 370                         << std::hex << (int)(imageDataWritten[i]) << " - "
 371                         << std::hex << (int)(imageData[i]) << ") "
 372                         << std::dec;
 373             ++j;
 374             }
 375       }
 376       std::cout << std::endl;
 377       fileToBuild->Delete();
 378       fileH->Delete();
 379       reread->Delete();
 380       delete[] imageData;
 381
 382       return 1;
 383    }
 384
 385    fileH->Delete();
 386    reread->Delete();
 387    delete[] imageData;
 388    return 0;
 389 }
 390
 391 int TestWriteSimple(int argc, char *argv[])
 392 {
 393    if (argc < 1)
 394    {
 395       std::cerr << "usage: \n"
 396                 << argv[0] << " (without parameters) " << std::endl
 397                 << std::endl;
 398       return 1;
 399    }
 400
 401   // GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
 402
 403    int ret=0;
 404    int i=0;
 405    while( Images[i].sizeX>0 && Images[i].sizeY>0 )
 406    {
 407       std::cout << "Test n :" << i <<std::endl;;
 408       ret += WriteSimple(Images[i] );
 409       i++;
 410
 411    }
 412
 413    return ret;
 414 }