Testing/TestWriteSimple.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: TestWriteSimple.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2006/04/07 10:58:51 $
   7   Version:   $Revision: 1.47 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * Write a dicom file from nothing
  21  * The written image is 256x256, 8 bits, unsigned char
  22  * The image content is a horizontal grayscale from
  23  *
  24  */
  25 #include "gdcmFile.h"
  26 #include "gdcmFileHelper.h"
  27 #include "gdcmDebug.h"
  28 #include "gdcmGlobal.h"
  29 #include "gdcmDictSet.h"
  30
  31 #include <iostream>
  32 #include <sstream>
  33
  34 typedef struct
  35 {
  36    int sizeX;         // Size X of the image
  37    int sizeY;         // Size Y of the image
  38    int sizeZ;         // Size Z of the image
  39    int components;    // Number of components for a pixel
  40    int componentSize; // Component size (in bits : 8, 16)
  41    int componentUse ; // Component size (in bits)
  42    int sign;          // Sign of components
  43    char writeMode;    // Write mode
  44                       //  - 'a' : ACR
  45                       //  - 'e' : Explicit VR
  46                       //  - 'i' : Implicit VR
  47 } Image;
  48
  49 Image Images [] = {
  50    {128, 128, 1, 1, 8,  8,  0, 'e'},
  51    {256, 128, 1, 1, 8,  8,  0, 'a'},
  52    {128, 128, 1, 1, 8,  8,  0, 'i'},
  53
  54    {128, 128, 1, 1, 8,  8,  0, 'a'},
  55    {256, 128, 1, 1, 8,  8,  0, 'i'},
  56
  57
  58    {256, 128, 1, 1, 8,  8,  0, 'e'},
  59    {128, 128, 1, 1, 16, 16, 0, 'e'},
  60    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 0, 'e'},
  61
  62    {128, 256, 1, 1, 8,  8,  0, 'e'},
  63    {128, 256, 1, 1, 8,  8,  0, 'i'},
  64    {128, 256, 1, 1, 8,  8,  0, 'a'},
  65
  66    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 0, 'i'},
  67    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 0, 'i'},
  68    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 0, 'a'},
  69    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 0, 'a'},
  70
  71    {256, 128, 10, 1, 8, 8,  0, 'e'},
  72    {256, 128, 10, 3, 8, 8,  0, 'e'},
  73    {256, 128, 10, 3, 8, 8,  0, 'i'},
  74    {256, 128, 10, 1, 8, 8,  0, 'i'},
  75    {256, 128, 10, 1, 8, 8,  0, 'a'},
  76    {256, 128, 10, 3, 8, 8,  0, 'a'},
  77
  78    {128, 128, 1, 1, 8,  8,  1, 'e'},
  79    {128, 128, 1, 1, 8,  8,  1, 'i'},
  80    {128, 128, 1, 1, 8,  8,  1, 'a'},
  81
  82    {256, 128, 1, 1, 8,  8,  1, 'e'},
  83    {256, 128, 1, 1, 8,  8,  1, 'i'},
  84    {256, 128, 1, 1, 8,  8,  1, 'a'},
  85
  86    {128, 256, 1, 1, 8,  8,  1, 'a'},
  87    {128, 256, 1, 1, 8,  8,  1, 'e'},
  88    {128, 256, 1, 1, 8,  8,  1, 'i'},
  89
  90    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 1, 'e'},
  91    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 1, 'e'},
  92    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 1, 'i'},
  93    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 1, 'i'},
  94    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 1, 'a'},
  95    {128, 256, 1, 1, 16, 16, 1, 'a'},
  96
  97    {256, 128, 10, 1, 8, 8,  1, 'e'},
  98    {256, 128, 10, 1, 8, 8,  1, 'i'},
  99    {256, 128, 10, 1, 8, 8,  1, 'a'},
 100
 101    {256, 128, 10, 3, 8, 8,  1, 'e'},
 102    {256, 128, 10, 3, 8, 8,  1, 'i'},
 103    {256, 128, 10, 3, 8, 8,  1, 'a'},
 104    {0,   0,   1,  1, 8, 8,  0, 'i'} // to find the end
 105 };
 106
 107
 108 const unsigned int MAX_NUMBER_OF_DIFFERENCE = 10;
 109
 110 int WriteSimple(Image &img)
 111 {
 112
 113    std::cout << "======================= WriteSimple =========(begin of processing current image)" << std::endl;
 114    std::ostringstream fileName;
 115    fileName.str("");
 116    fileName << "TestWriteSimple";
 117
 118 // Step 1 : Create an empty FileHelper
 119
 120    std::cout << "        1...";
 121    gdcm::FileHelper *fileH = gdcm::FileHelper::New();
 122
 123  //  Get the (empty) image header.
 124    gdcm::File *fileToBuild = fileH->GetFile();
 125    std::ostringstream str;
 126
 127    // Set the image size
 128    str.str("");
 129    str << img.sizeX;
 130    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0011); // Columns
 131    str.str("");
 132    str << img.sizeY;
 133    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0010); // Rows
 134
 135    if(img.sizeZ>1)
 136    {
 137       str.str("");
 138       str << img.sizeZ;
 139       fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0008); // Number of Frames
 140    }
 141
 142    fileName << "-" << img.sizeX << "-" << img.sizeY << "-" << img.sizeZ;
 143
 144    // Set the pixel type
 145    str.str("");
 146    str << img.componentSize;
 147    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0100); // Bits Allocated
 148
 149    str.str("");
 150    str << img.componentUse;
 151    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0101); // Bits Stored
 152
 153    str.str("");
 154    str << ( img.componentSize - 1 );
 155    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0102); // High Bit
 156
 157    // Set the pixel representation
 158    str.str("");
 159    str << img.sign;
 160    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0103); // Pixel Representation
 161
 162    fileName << "-" << img.componentSize;
 163    if(img.sign == 0)
 164       fileName << "U";
 165    else
 166       fileName << "S";
 167
 168    switch (img.writeMode)
 169    {
 170       case 'a' :
 171          fileName << ".ACR";  break;
 172       case 'e' :
 173          fileName << ".EXPL"; break;
 174       case 'i' :
 175          fileName << ".IMPL"; break;
 176    }
 177
 178    std::cout << "[" << fileName.str() << "]...";
 179    // Set the samples per pixel
 180    str.str("");
 181    str << img.components;
 182    fileToBuild->InsertEntryString(str.str(),0x0028,0x0002); // Samples per Pixel
 183
 184 // Step 2 : Create the output image
 185    std::cout << "2...";
 186    if( img.componentSize%8 > 0 )
 187    {
 188       img.componentSize += 8-img.componentSize%8;
 189    }
 190    size_t size = img.sizeX * img.sizeY * img.sizeZ
 191                * img.components * img.componentSize / 8;
 192    unsigned char *imageData = new unsigned char[size];
 193
 194    // FIXME : find a better heuristic to create the image
 195    unsigned char *tmp = imageData;
 196    for(int k=0;k<img.sizeZ;k++)
 197    {
 198       for(int j=0;j<img.sizeY;j++)
 199       {
 200          for(int i=0;i<img.sizeX;i++)
 201          {
 202             for(int c=0;c<img.components;c++)
 203             {
 204                *tmp = (unsigned char)(j%256);
 205                if( img.componentSize>8 )
 206                {
 207                   *(tmp+1) = (unsigned char)(j/256);
 208                }
 209                tmp += img.componentSize/8;
 210             }
 211          }
 212       }
 213    }
 214
 215 // Step 3 : Set the image Pixel Data
 216    std::cout << "3...";
 217    fileH->SetImageData(imageData,size);
 218
 219 // Step 4 : Set the writting mode and write the image
 220
 221    fileH->SetWriteModeToRaw();
 222    std::cout << "4'...";
 223    switch (img.writeMode)
 224    {
 225       case 'a' : // Write an ACR file
 226          fileH->SetWriteTypeToAcr();
 227          break;
 228
 229       case 'e' : // Write a DICOM Explicit VR file
 230          fileH->SetWriteTypeToDcmExplVR();
 231          break;
 232
 233       case 'i' : // Write a DICOM Implicit VR file
 234          fileH->SetWriteTypeToDcmImplVR();
 235          break;
 236
 237       default :
 238          std::cout << "Failed for [" << fileName.str() << "]\n"
 239                    << "        Write mode '"<<img.writeMode<<"' is undefined\n";
 240
 241          fileH->Delete();
 242          delete[] imageData;
 243          return 1;
 244    }
 245
 246    std::cout << std::endl;
 247    fileToBuild->Print();
 248
 249    if( !fileH->Write(fileName.str()) )
 250    {
 251       std::cout << "Failed for [" << fileName.str() << "]\n"
 252                 << "           File is unwrittable" << std::endl;
 253
 254       fileH->Delete();
 255
 256       delete[] imageData;
 257       return 1;
 258    }
 259
 260 // Step 5 : Read the written image
 261    std::cout << "5..." << std::endl;
 262    // old form.
 263    //gdcm::FileHelper *reread = new gdcm::FileHelper( fileName.str() );
 264    // Better use :
 265    gdcm::File *f = gdcm::File::New( );
 266    f->SetLoadMode(gdcm::LD_ALL);
 267    f->SetFileName( fileName.str() );
 268
 269    //reread->SetFileName( fileName.str() );
 270    //reread->SetLoadMode(gdcm::LD_ALL); // Load everything
 271                            // Possible values are
 272                            //              gdcm::LD_ALL,
 273                            //              gdcm::LD_NOSEQ,
 274                            //              gdcm::LD_NOSHADOW,
 275                            //              gdcm::LD_NOSEQ|gdcm::LD_NOSHADOW,
 276                            //              gdcm::LD_NOSHADOWSEQ
 277
 278    f->Load();
 279   // reread->Load();
 280    gdcm::FileHelper *reread = gdcm::FileHelper::New( f );
 281
 282    reread->Print();
 283
 284    if( !reread->GetFile()->IsReadable() )
 285    {
 286       std::cerr << "Failed" << std::endl
 287                 << "Could not read written image : " << fileName.str() << std::endl;
 288       fileToBuild->Delete();
 289       fileH->Delete();
 290       reread->Delete();
 291       delete[] imageData;
 292       return 1;
 293    }
 294
 295 // Step 6 : Compare to the written image
 296    std::cout << "6..." << std::endl;
 297    size_t dataSizeWritten = reread->GetImageDataSize();
 298    uint8_t *imageDataWritten = reread->GetImageData();
 299
 300    // Test the image write mode
 301    if (reread->GetFile()->GetFileType() != fileH->GetWriteType())
 302    {
 303       std::cout << "Failed" << std::endl
 304          << "        File type differ: "
 305          << fileH->GetWriteType() << " # "
 306          << reread->GetFile()->GetFileType() << std::endl;
 307       fileToBuild->Delete();
 308       fileH->Delete();
 309       reread->Delete();
 310       delete[] imageData;
 311
 312       return 1;
 313    }
 314
 315    // Test the image size
 316    if (fileToBuild->GetXSize() != reread->GetFile()->GetXSize() ||
 317        fileToBuild->GetYSize() != reread->GetFile()->GetYSize() ||
 318        fileToBuild->GetZSize() != reread->GetFile()->GetZSize())
 319    {
 320       std::cout << "Failed for [" << fileName.str() << "]" << std::endl
 321          << "        X Size differs: "
 322          << "X: " << fileToBuild->GetXSize() << " # "
 323                   << reread->GetFile()->GetXSize() << " | "
 324          << "Y: " << fileToBuild->GetYSize() << " # "
 325                   << reread->GetFile()->GetYSize() << " | "
 326          << "Z: " << fileToBuild->GetZSize() << " # "
 327                   << reread->GetFile()->GetZSize() << std::endl;
 328       fileToBuild->Delete();
 329       fileH->Delete();
 330       reread->Delete();
 331       delete[] imageData;
 332
 333       return 1;
 334    }
 335
 336    // Test the data size
 337    if (size != dataSizeWritten)
 338    {
 339       std::cout << "Failed" << std::endl
 340          << "        Pixel areas lengths differ: "
 341          << size << " # " << dataSizeWritten << std::endl;
 342       fileToBuild->Delete();
 343       fileH->Delete();
 344       reread->Delete();
 345       delete[] imageData;
 346
 347       return 1;
 348    }
 349
 350    // Test the data content
 351    if ( memcmp(imageData, imageDataWritten, size) !=0 )
 352    {
 353       std::cout << "Failed" << std::endl
 354                 << "        Pixel differ (as expanded in memory)." << std::endl;
 355       std::cout << "        list of the first " << MAX_NUMBER_OF_DIFFERENCE
 356                   << " pixels differing (pos : test - ref) :"
 357                   << std::endl;
 358       unsigned int i;
 359       unsigned int j;
 360       for(i=0, j=0;i<dataSizeWritten && j<MAX_NUMBER_OF_DIFFERENCE;i++)
 361       {
 362          if(imageDataWritten[i]!=imageData[i])
 363             {
 364             std::cout << std::hex << "(" << i << " : "
 365                         << std::hex << (int)(imageDataWritten[i]) << " - "
 366                         << std::hex << (int)(imageData[i]) << ") "
 367                         << std::dec;
 368             ++j;
 369             }
 370       }
 371       std::cout << std::endl;
 372       fileToBuild->Delete();
 373       fileH->Delete();
 374       reread->Delete();
 375       delete[] imageData;
 376
 377       return 1;
 378    }
 379
 380    fileH->Delete();
 381    reread->Delete();
 382    delete[] imageData;
 383    return 0;
 384 }
 385
 386 int TestWriteSimple(int argc, char *argv[])
 387 {
 388    if (argc < 1)
 389    {
 390       std::cerr << "usage: \n"
 391                 << argv[0] << " (without parameters) " << std::endl
 392                 << std::endl;
 393       return 1;
 394    }
 395
 396   // gdcm::Debug::DebugOn();
 397    char c;
 398    int ret=0;
 399    int i=0;
 400    while( Images[i].sizeX>0 && Images[i].sizeY>0 )
 401    {
 402       std::cout << "Test n :" << i <<std::endl;;
 403       ret += WriteSimple(Images[i] );
 404       i++;
 405
 406    }
 407
 408    return ret;
 409 }