Testing/VTKTestRead.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: VTKTestRead.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/20 16:16:59 $
   7   Version:   $Revision: 1.5 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFileHelper.h"
  19 #include "vtkGdcmReader.h"
  20 #include "vtkImageViewer.h"
  21 #include "vtkImageData.h"
  22 #include "vtkRegressionTestImage.h"
  23 #include "vtkImageClip.h"
  24 #include "vtkImageTranslateExtent.h"
  25 #include "vtkImageAppendComponents.h"
  26 #include "vtkImageShiftScale.h"
  27
  28 #include <iostream>
  29
  30 //Generated file:
  31 #include "gdcmDataImages.h"
  32
  33 #ifndef vtkFloatingPointType
  34 #define vtkFloatingPointType float
  35 #endif
  36
  37 int VTKReadTest(vtkTesting *t,vtkImageViewer *viewer,
  38                 std::string const & filename,
  39                 std::string const & referenceFileName,
  40                 bool show )
  41 {
  42    int retVal = 0;  //by default this is an error
  43
  44    t->CleanArguments();
  45    t->AddArgument("-D");
  46    t->AddArgument( GDCM_DATA_ROOT );
  47    t->AddArgument("-V");
  48    t->AddArgument( referenceFileName.c_str() );
  49    t->AddArgument("-T");
  50    t->AddArgument( "." );
  51
  52    // Instead of directly reading the dicom let's write it down to another file
  53    // do a scope to be sure everything gets cleanup
  54    {
  55       gdcm::FileHelper file( filename );
  56       file.GetImageData();
  57       file.SetWriteModeToRaw();
  58       file.WriteDcmExplVR( "TestWrite.dcm" );
  59    }
  60
  61    // Ok for now still use the original image,
  62    vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
  63    //reader->SetFileName( filename.c_str() );
  64    reader->SetFileName( "TestWrite.dcm" );
  65    reader->Update();
  66
  67    double *range=reader->GetOutput()->GetScalarRange();
  68    int dim[3];
  69    reader->GetOutput()->GetDimensions( dim );
  70
  71    // Show
  72    if(viewer)
  73    {
  74       viewer->SetInput ( reader->GetOutput() );
  75
  76       viewer->SetColorWindow (range[1] - range[0]);
  77       viewer->SetColorLevel (0.5 * (range[1] + range[0]));
  78
  79       viewer->SetSize(dim[0], dim[1]);
  80       if(dim[2] != 1)
  81       {
  82          //For multifame dicom, take a snapshot of the center slice (+/- 1)
  83          viewer->SetZSlice( dim[2] / 2 );
  84       }
  85       else
  86       {
  87          viewer->SetZSlice( 0 );
  88       }
  89
  90       viewer->OffScreenRenderingOff();
  91       viewer->Render();
  92       viewer->SetInput(NULL);
  93    }
  94
  95    //----------------------------------------------------------------------
  96    // Transform the image to be RGB unsigned char, due to the requests in
  97    // vtkTesting processing
  98    // The pipeline is broken after each process to keep maximum of memory
  99    vtkImageData *image=reader->GetOutput();
 100    image->Update();
 101    image->Register(NULL);
 102    reader->Delete();
 103
 104    // Get the middle slice in the image
 105    if(dim[2] != 1)
 106    {
 107       int *ext=image->GetExtent();
 108       vtkImageClip *clip=vtkImageClip::New();
 109       clip->SetInput(image);
 110       clip->SetOutputWholeExtent(ext[0],ext[1],ext[2],ext[3],
 111                                  ext[4]+dim[2] / 2,ext[4]+dim[2] / 2);
 112       clip->ClipDataOn();
 113       vtkImageTranslateExtent *translat=vtkImageTranslateExtent::New();
 114       translat->SetInput(clip->GetOutput());
 115       translat->SetTranslation(0,0,-ext[4]-dim[2] / 2);
 116
 117       image->UnRegister(NULL);
 118       image=translat->GetOutput();
 119       image->Update();
 120       image->Register(NULL);
 121       translat->SetOutput(NULL);
 122       clip->Delete();
 123       translat->Delete();
 124    }
 125
 126    // Set an unsigned char image
 127    // Shift/Scale the image
 128    image->Update();
 129    vtkImageShiftScale *iss=vtkImageShiftScale::New();
 130    iss->SetInput(image);
 131    iss->SetOutputScalarTypeToUnsignedChar();
 132    iss->SetShift(-range[0]);
 133    iss->SetScale(255.0/(range[1]-range[0]));
 134    iss->ClampOverflowOn();
 135
 136    image->UnRegister(NULL);
 137    image=iss->GetOutput();
 138    image->Update();
 139    image->Register(NULL);
 140    iss->Delete();
 141
 142    // Set 3 components to the image
 143    if(image->GetNumberOfScalarComponents()==1)
 144    {
 145       vtkImageAppendComponents *x3=vtkImageAppendComponents::New();
 146       x3->AddInput(image);
 147       x3->AddInput(image);
 148       x3->AddInput(image);
 149
 150       image->UnRegister(NULL);
 151       image=x3->GetOutput();
 152       image->Update();
 153       image->Register(NULL);
 154       x3->SetOutput(NULL);
 155       x3->Delete();
 156    }
 157    // End of transform
 158    //----------------------------------------------------------------------
 159
 160    // make test
 161    ostrstream str;
 162    retVal = t->RegressionTest(image,0.0,str);
 163    image->UnRegister(NULL);
 164
 165    if( retVal != vtkTesting::PASSED )
 166    {
 167       std::cerr << str.str();
 168    }
 169    str.rdbuf()->freeze(1);
 170
 171    if( retVal == vtkTesting::PASSED )
 172    {
 173       std::cerr << "       ... OK" << std::endl;
 174       return 0;
 175    }
 176    else
 177    {
 178       std::cerr << "       ... Failed" << std::endl;
 179       return 1;
 180    }
 181
 182 }
 183
 184 int VTKTestRead(int argc, char *argv[])
 185 {
 186    bool show = false;
 187    if( argc >= 2 )
 188    {
 189       if( std::string(argv[1]) == "-V" )
 190       {
 191          show = true;
 192       }
 193    }
 194
 195    int ret = 0;
 196    vtkTesting* t = vtkTesting::New();
 197    vtkImageViewer *viewer;
 198    if( show )
 199       viewer = vtkImageViewer::New();
 200    else
 201       viewer = NULL;
 202
 203    if( argc < 3+show )
 204    {
 205       std::cerr << "Usage: " << argv[0] << " [-V] image.dcm ref.png\n";
 206       std::cerr << "   -V : to view images to the screen... \n"
 207                 << "        this mode can generate errors in the test\n\n";
 208    }
 209    else
 210    {
 211       ret = VTKReadTest(t,viewer,argv[1+show],argv[2+show],show);
 212       t->Delete();
 213       if( viewer )
 214          viewer->Delete();
 215
 216       return ret;
 217    }
 218
 219    // Test for all images
 220    int i = 0;
 221    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 222    {
 223       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 224       filename += "/";  //doh!
 225       filename += gdcmDataImages[i];
 226       std::cerr << "Filename: " << filename << std::endl;
 227
 228       //Extract name to find the png file matching:
 229       std::string pngfile = gdcmDataImages[i++];
 230       //pngfile.replace(pngfile.size()-3, 3, "png");
 231       //More robust approach:
 232       std::string::size_type dot_pos = pngfile.rfind( "." );
 233       pngfile = pngfile.substr(0, dot_pos).append( ".png" );
 234       pngfile.insert( 0, "Baseline/");
 235       //std::cerr << "PNG file: " << pngfile << std::endl;
 236
 237       ret += VTKReadTest(t,viewer,filename,pngfile,show);
 238    }
 239    t->Delete();
 240    if( viewer )
 241       viewer->Delete();
 242
 243    return ret;
 244 }