Testing/VTKTestRead.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: VTKTestRead.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/25 11:25:32 $
   7   Version:   $Revision: 1.7 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFileHelper.h"
  19 #include "vtkGdcmReader.h"
  20 #include "vtkImageViewer.h"
  21 #include "vtkImageData.h"
  22 #include "vtkRegressionTestImage.h"
  23 #include "vtkImageClip.h"
  24 #include "vtkImageTranslateExtent.h"
  25 #include "vtkImageAppendComponents.h"
  26 #include "vtkImageShiftScale.h"
  27
  28 #include <iostream>
  29
  30 //Generated file:
  31 #include "gdcmDataImages.h"
  32
  33 #ifndef vtkFloatingPointType
  34 #define vtkFloatingPointType float
  35 #endif
  36
  37 int VTKReadTest(vtkTesting *t,vtkImageViewer *viewer,
  38                 std::string const & filename,
  39                 std::string const & referenceFileName)
  40 {
  41    int retVal = 0;  //by default this is an error
  42
  43    t->CleanArguments();
  44    t->AddArgument("-D");
  45    t->AddArgument( GDCM_DATA_ROOT );
  46    t->AddArgument("-V");
  47    t->AddArgument( referenceFileName.c_str() );
  48    t->AddArgument("-T");
  49    t->AddArgument( "." );
  50
  51    // Instead of directly reading the dicom let's write it down to another file
  52    // do a scope to be sure everything gets cleanup
  53    {
  54       gdcm::FileHelper file( filename );
  55       file.GetImageData();
  56       file.SetWriteModeToRaw();
  57       file.WriteDcmExplVR( "TestWrite.dcm" );
  58    }
  59
  60    // Ok for now still use the original image,
  61    vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
  62    //reader->SetFileName( filename.c_str() );
  63    reader->SetFileName( "TestWrite.dcm" );
  64    reader->Update();
  65
  66    double *range=reader->GetOutput()->GetScalarRange();
  67    int dim[3];
  68    reader->GetOutput()->GetDimensions( dim );
  69
  70    // Show
  71    if(viewer)
  72    {
  73       viewer->SetInput ( reader->GetOutput() );
  74
  75       viewer->SetColorWindow (range[1] - range[0]);
  76       viewer->SetColorLevel (0.5 * (range[1] + range[0]));
  77
  78       viewer->SetSize(dim[0], dim[1]);
  79       if(dim[2] != 1)
  80       {
  81          //For multifame dicom, take a snapshot of the center slice (+/- 1)
  82          viewer->SetZSlice( dim[2] / 2 );
  83       }
  84       else
  85       {
  86          viewer->SetZSlice( 0 );
  87       }
  88
  89       viewer->OffScreenRenderingOff();
  90       viewer->Render();
  91       viewer->SetInput(NULL);
  92    }
  93
  94    //----------------------------------------------------------------------
  95    // Transform the image to be RGB unsigned char, due to the requests in
  96    // vtkTesting processing
  97    // The pipeline is broken after each process to keep maximum of memory
  98    vtkImageData *image=reader->GetOutput();
  99    image->Update();
 100    image->Register(NULL);
 101    reader->Delete();
 102
 103    // Get the middle slice in the image
 104    if(dim[2] != 1)
 105    {
 106       int *ext=image->GetExtent();
 107       vtkImageClip *clip=vtkImageClip::New();
 108       clip->SetInput(image);
 109       clip->SetOutputWholeExtent(ext[0],ext[1],ext[2],ext[3],
 110                                  ext[4]+dim[2] / 2,ext[4]+dim[2] / 2);
 111       clip->ClipDataOn();
 112       vtkImageTranslateExtent *translat=vtkImageTranslateExtent::New();
 113       translat->SetInput(clip->GetOutput());
 114       translat->SetTranslation(0,0,-ext[4]-dim[2] / 2);
 115
 116       image->UnRegister(NULL);
 117       image=translat->GetOutput();
 118       image->Update();
 119       image->Register(NULL);
 120       translat->SetOutput(NULL);
 121       clip->Delete();
 122       translat->Delete();
 123    }
 124
 125    // Set an unsigned char image
 126    // Shift/Scale the image
 127    image->Update();
 128    vtkImageShiftScale *iss=vtkImageShiftScale::New();
 129    iss->SetInput(image);
 130    iss->SetOutputScalarTypeToUnsignedChar();
 131    iss->SetShift(-range[0]);
 132    iss->SetScale(255.0/(range[1]-range[0]));
 133    iss->ClampOverflowOn();
 134
 135    image->UnRegister(NULL);
 136    image=iss->GetOutput();
 137    image->Update();
 138    image->Register(NULL);
 139    iss->Delete();
 140
 141    // Set 3 components to the image
 142    if(image->GetNumberOfScalarComponents()==1)
 143    {
 144       vtkImageAppendComponents *x3=vtkImageAppendComponents::New();
 145       x3->AddInput(image);
 146       x3->AddInput(image);
 147       x3->AddInput(image);
 148
 149       image->UnRegister(NULL);
 150       image=x3->GetOutput();
 151       image->Update();
 152       image->Register(NULL);
 153       x3->SetOutput(NULL);
 154       x3->Delete();
 155    }
 156    // End of transform
 157    //----------------------------------------------------------------------
 158
 159    // make test
 160    ostrstream str;
 161    retVal = t->RegressionTest(image,0.0,str);
 162    image->UnRegister(NULL);
 163
 164    if( retVal != vtkTesting::PASSED )
 165    {
 166       std::cerr << str.str();
 167    }
 168    str.rdbuf()->freeze(1);
 169
 170    if( retVal == vtkTesting::PASSED )
 171    {
 172       std::cerr << "       ... OK" << std::endl;
 173       return 0;
 174    }
 175    else
 176    {
 177       std::cerr << "       ... Failed" << std::endl;
 178       return 1;
 179    }
 180
 181 }
 182
 183 int VTKTestRead(int argc, char *argv[])
 184 {
 185    bool show = false;
 186    if( argc >= 2 )
 187    {
 188       if( std::string(argv[1]) == "-V" )
 189       {
 190          show = true;
 191       }
 192    }
 193
 194    int ret = 0;
 195    vtkTesting* t = vtkTesting::New();
 196    vtkImageViewer *viewer;
 197    if( show )
 198       viewer = vtkImageViewer::New();
 199    else
 200       viewer = NULL;
 201
 202    if( argc < 3+show )
 203    {
 204       std::cerr << "Usage: " << argv[0] << " [-V] image.dcm ref.png\n";
 205       std::cerr << "   -V : to view images to the screen... \n"
 206                 << "        this mode can generate errors in the test\n\n";
 207    }
 208    else
 209    {
 210       ret = VTKReadTest(t,viewer,argv[1+show],argv[2+show]);
 211       t->Delete();
 212       if( viewer )
 213          viewer->Delete();
 214
 215       return ret;
 216    }
 217
 218    // Test for all images
 219    int i = 0;
 220    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 221    {
 222       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 223       filename += "/";  //doh!
 224       filename += gdcmDataImages[i];
 225       std::cerr << "Filename: " << filename << std::endl;
 226
 227       //Extract name to find the png file matching:
 228       std::string pngfile = gdcmDataImages[i++];
 229       //pngfile.replace(pngfile.size()-3, 3, "png");
 230       //More robust approach:
 231       std::string::size_type dot_pos = pngfile.rfind( "." );
 232       pngfile = pngfile.substr(0, dot_pos).append( ".png" );
 233       pngfile.insert( 0, "Baseline/");
 234       //std::cerr << "PNG file: " << pngfile << std::endl;
 235
 236       ret += VTKReadTest(t,viewer,filename,pngfile);
 237    }
 238    t->Delete();
 239    if( viewer )
 240       viewer->Delete();
 241
 242    return ret;
 243 }