Testing/VTKTestRead.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: VTKTestRead.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2005/01/22 22:51:40 $
   7   Version:   $Revision: 1.6 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18 #include "gdcmFileHelper.h"
  19 #include "vtkGdcmReader.h"
  20 #include "vtkImageViewer.h"
  21 #include "vtkImageData.h"
  22 #include "vtkRegressionTestImage.h"
  23 #include "vtkImageClip.h"
  24 #include "vtkImageTranslateExtent.h"
  25 #include "vtkImageAppendComponents.h"
  26 #include "vtkImageShiftScale.h"
  27
  28 #include <iostream>
  29
  30 //Generated file:
  31 #include "gdcmDataImages.h"
  32
  33 #ifndef vtkFloatingPointType
  34 #define vtkFloatingPointType float
  35 #endif
  36
  37 int VTKReadTest(vtkTesting *t,vtkImageViewer *viewer,
  38                 std::string const & filename,
  39                 std::string const & referenceFileName,
  40                 bool show )
  41 {
  42    int retVal = 0;  //by default this is an error
  43    (void)show;
  44
  45    t->CleanArguments();
  46    t->AddArgument("-D");
  47    t->AddArgument( GDCM_DATA_ROOT );
  48    t->AddArgument("-V");
  49    t->AddArgument( referenceFileName.c_str() );
  50    t->AddArgument("-T");
  51    t->AddArgument( "." );
  52
  53    // Instead of directly reading the dicom let's write it down to another file
  54    // do a scope to be sure everything gets cleanup
  55    {
  56       gdcm::FileHelper file( filename );
  57       file.GetImageData();
  58       file.SetWriteModeToRaw();
  59       file.WriteDcmExplVR( "TestWrite.dcm" );
  60    }
  61
  62    // Ok for now still use the original image,
  63    vtkGdcmReader *reader = vtkGdcmReader::New();
  64    //reader->SetFileName( filename.c_str() );
  65    reader->SetFileName( "TestWrite.dcm" );
  66    reader->Update();
  67
  68    double *range=reader->GetOutput()->GetScalarRange();
  69    int dim[3];
  70    reader->GetOutput()->GetDimensions( dim );
  71
  72    // Show
  73    if(viewer)
  74    {
  75       viewer->SetInput ( reader->GetOutput() );
  76
  77       viewer->SetColorWindow (range[1] - range[0]);
  78       viewer->SetColorLevel (0.5 * (range[1] + range[0]));
  79
  80       viewer->SetSize(dim[0], dim[1]);
  81       if(dim[2] != 1)
  82       {
  83          //For multifame dicom, take a snapshot of the center slice (+/- 1)
  84          viewer->SetZSlice( dim[2] / 2 );
  85       }
  86       else
  87       {
  88          viewer->SetZSlice( 0 );
  89       }
  90
  91       viewer->OffScreenRenderingOff();
  92       viewer->Render();
  93       viewer->SetInput(NULL);
  94    }
  95
  96    //----------------------------------------------------------------------
  97    // Transform the image to be RGB unsigned char, due to the requests in
  98    // vtkTesting processing
  99    // The pipeline is broken after each process to keep maximum of memory
 100    vtkImageData *image=reader->GetOutput();
 101    image->Update();
 102    image->Register(NULL);
 103    reader->Delete();
 104
 105    // Get the middle slice in the image
 106    if(dim[2] != 1)
 107    {
 108       int *ext=image->GetExtent();
 109       vtkImageClip *clip=vtkImageClip::New();
 110       clip->SetInput(image);
 111       clip->SetOutputWholeExtent(ext[0],ext[1],ext[2],ext[3],
 112                                  ext[4]+dim[2] / 2,ext[4]+dim[2] / 2);
 113       clip->ClipDataOn();
 114       vtkImageTranslateExtent *translat=vtkImageTranslateExtent::New();
 115       translat->SetInput(clip->GetOutput());
 116       translat->SetTranslation(0,0,-ext[4]-dim[2] / 2);
 117
 118       image->UnRegister(NULL);
 119       image=translat->GetOutput();
 120       image->Update();
 121       image->Register(NULL);
 122       translat->SetOutput(NULL);
 123       clip->Delete();
 124       translat->Delete();
 125    }
 126
 127    // Set an unsigned char image
 128    // Shift/Scale the image
 129    image->Update();
 130    vtkImageShiftScale *iss=vtkImageShiftScale::New();
 131    iss->SetInput(image);
 132    iss->SetOutputScalarTypeToUnsignedChar();
 133    iss->SetShift(-range[0]);
 134    iss->SetScale(255.0/(range[1]-range[0]));
 135    iss->ClampOverflowOn();
 136
 137    image->UnRegister(NULL);
 138    image=iss->GetOutput();
 139    image->Update();
 140    image->Register(NULL);
 141    iss->Delete();
 142
 143    // Set 3 components to the image
 144    if(image->GetNumberOfScalarComponents()==1)
 145    {
 146       vtkImageAppendComponents *x3=vtkImageAppendComponents::New();
 147       x3->AddInput(image);
 148       x3->AddInput(image);
 149       x3->AddInput(image);
 150
 151       image->UnRegister(NULL);
 152       image=x3->GetOutput();
 153       image->Update();
 154       image->Register(NULL);
 155       x3->SetOutput(NULL);
 156       x3->Delete();
 157    }
 158    // End of transform
 159    //----------------------------------------------------------------------
 160
 161    // make test
 162    ostrstream str;
 163    retVal = t->RegressionTest(image,0.0,str);
 164    image->UnRegister(NULL);
 165
 166    if( retVal != vtkTesting::PASSED )
 167    {
 168       std::cerr << str.str();
 169    }
 170    str.rdbuf()->freeze(1);
 171
 172    if( retVal == vtkTesting::PASSED )
 173    {
 174       std::cerr << "       ... OK" << std::endl;
 175       return 0;
 176    }
 177    else
 178    {
 179       std::cerr << "       ... Failed" << std::endl;
 180       return 1;
 181    }
 182
 183 }
 184
 185 int VTKTestRead(int argc, char *argv[])
 186 {
 187    bool show = false;
 188    if( argc >= 2 )
 189    {
 190       if( std::string(argv[1]) == "-V" )
 191       {
 192          show = true;
 193       }
 194    }
 195
 196    int ret = 0;
 197    vtkTesting* t = vtkTesting::New();
 198    vtkImageViewer *viewer;
 199    if( show )
 200       viewer = vtkImageViewer::New();
 201    else
 202       viewer = NULL;
 203
 204    if( argc < 3+show )
 205    {
 206       std::cerr << "Usage: " << argv[0] << " [-V] image.dcm ref.png\n";
 207       std::cerr << "   -V : to view images to the screen... \n"
 208                 << "        this mode can generate errors in the test\n\n";
 209    }
 210    else
 211    {
 212       ret = VTKReadTest(t,viewer,argv[1+show],argv[2+show],show);
 213       t->Delete();
 214       if( viewer )
 215          viewer->Delete();
 216
 217       return ret;
 218    }
 219
 220    // Test for all images
 221    int i = 0;
 222    while( gdcmDataImages[i] != 0 )
 223    {
 224       std::string filename = GDCM_DATA_ROOT;
 225       filename += "/";  //doh!
 226       filename += gdcmDataImages[i];
 227       std::cerr << "Filename: " << filename << std::endl;
 228
 229       //Extract name to find the png file matching:
 230       std::string pngfile = gdcmDataImages[i++];
 231       //pngfile.replace(pngfile.size()-3, 3, "png");
 232       //More robust approach:
 233       std::string::size_type dot_pos = pngfile.rfind( "." );
 234       pngfile = pngfile.substr(0, dot_pos).append( ".png" );
 235       pngfile.insert( 0, "Baseline/");
 236       //std::cerr << "PNG file: " << pngfile << std::endl;
 237
 238       ret += VTKReadTest(t,viewer,filename,pngfile,show);
 239    }
 240    t->Delete();
 241    if( viewer )
 242       viewer->Delete();
 243
 244    return ret;
 245 }