appli/CTArteries/algorithms/RandomWalkSegmentation.h

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   2 // @author Leonardo Florez-Valencia (florez-l@javeriana.edu.co)
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   4 #ifndef __RandomWalkSegmentation__h__
   5 #define __RandomWalkSegmentation__h__
   6
   7 #include <itkImageToImageFilter.h>
   8 #include <fpa/Config.h>
   9 #include <fpa/DataStructures/Image/Path.h>
  10
  11 /**
  12  */
  13 template< class _TInputImage, class _TOutputImage >
  14 class RandomWalkSegmentation
  15   : public itk::ImageToImageFilter< _TInputImage, _TOutputImage >
  16 {
  17 public:
  18   typedef _TInputImage  TInputImage;
  19   typedef _TOutputImage TOutputImage;
  20
  21   typedef itk::ImageToImageFilter< TInputImage, TOutputImage > Superclass;
  22   typedef RandomWalkSegmentation        Self;
  23   typedef itk::SmartPointer< Self >       Pointer;
  24   typedef itk::SmartPointer< const Self > ConstPointer;
  25
  26   typedef typename TInputImage::IndexType TIndex;
  27   typedef typename TInputImage::PointType TPoint;
  28
  29   struct TSeed
  30   {
  31     TIndex Index;
  32     TPoint Point;
  33     bool IsPoint;
  34   };
  35   typedef fpa::DataStructures::Image::Path< TInputImage::ImageDimension > TPath;
  36
  37 public:
  38   itkNewMacro( Self );
  39   itkTypeMacro( RandomWalkSegmentation, itk::ImageToImageFilter );
  40
  41   itkGetConstMacro( StartSeed, TSeed );
  42   itkGetConstMacro( EndSeed, TSeed );
  43
  44   itkGetConstMacro( Beta, double );
  45   itkSetMacro( Beta, double );
  46
  47   itkGetConstMacro( Sigma, double );
  48   itkSetMacro( Sigma, double );
  49
  50   itkGetConstMacro( Radius, double );
  51   itkSetMacro( Radius, double );
  52
  53   fpaFilterOutputMacro( OutputAxis, TPath );
  54
  55 public:
  56   void AddSeed( const TIndex& s );
  57   void AddSeed( const TPoint& s );
  58   void ClearSeeds( );
  59   unsigned long GetNumberOfSeeds( ) const;
  60
  61   void SetStartSeed( const TIndex& s );
  62   void SetStartSeed( const TPoint& s );
  63
  64   void SetEndSeed( const TIndex& s );
  65   void SetEndSeed( const TPoint& s );
  66
  67 protected:
  68   RandomWalkSegmentation( );
  69   virtual ~RandomWalkSegmentation( );
  70
  71   virtual void GenerateData( ) override;
  72
  73 private:
  74   template< class _TImage >
  75   void _save( _TImage* image, const std::string& fname );
  76
  77 private:
  78   // Purposely not implemented
  79   RandomWalkSegmentation( const Self& other );
  80   Self& operator=( const Self& other );
  81
  82 protected:
  83   TSeed m_StartSeed;
  84   TSeed m_EndSeed;
  85   std::vector< TSeed > m_Seeds;
  86
  87   double m_Beta;
  88   double m_Sigma;
  89   double m_Radius;
  90 };
  91
  92 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
  93 #  include "RandomWalkSegmentation.hxx"
  94 #endif // ITK_MANUAL_INSTANTIATION
  95
  96 #endif // __RandomWalkSegmentation__h__
  97
  98 // eof - $RCSfile$