appli/CTBronchi/FastRandomWalker.cxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
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   6 #include <string>
   7 #include <tclap/CmdLine.h>
   8 #include <itkBinaryThresholdImageFilter.h>
   9 #include <itkImage.h>
  10 #include <fpa/Filters/Image/RandomWalker.h>
  11 #include <fpa/Functors/Dijkstra/Image/Gaussian.h>
  12 #include "Functions.h"
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  14 // -------------------------------------------------------------------------
  15 const unsigned int Dim = 3;
  16 typedef short                                  TPixel;
  17 typedef unsigned char                          TLabel;
  18 typedef itk::NumericTraits< TPixel >::RealType TScalar;
  19 typedef itk::Image< TPixel, Dim >              TImage;
  20 typedef itk::Image< TLabel, Dim >              TLabels;
  21
  22 // -------------------------------------------------------------------------
  23 int main( int argc, char* argv[] )
  24 {
  25   typedef TCLAP::ValueArg< std::string > _TStringArg;
  26   typedef TCLAP::ValueArg< TScalar > _TRealArg;
  27
  28   // Parse input line
  29   _TStringArg in( "i", "input", "Input image", true, "", "file" );
  30   _TStringArg labels( "l", "labels", "Input labels", true, "", "file" );
  31   _TStringArg out( "o", "output", "Output image", true, "", "file" );
  32   _TRealArg beta( "b", "beta", "Beta", false, 2.5, "value (2.5)" );
  33   _TRealArg eps( "e", "epsilon", "Epsilon", false, 1e-5, "value (1e-5)" );
  34   try
  35   {
  36     TCLAP::CmdLine cmd( "FastRandomWalker", ' ', "1.0.0" );
  37     cmd.add( eps );
  38     cmd.add( beta );
  39     cmd.add( out );
  40     cmd.add( labels );
  41     cmd.add( in );
  42     cmd.parse( argc, argv );
  43   }
  44   catch( TCLAP::ArgException& err )
  45   {
  46     std::cerr
  47       << "===============================" << std::endl
  48       << "Error caught: " << std::endl
  49       << err.error( ) << " " << err.argId( ) << std::endl
  50       << "===============================" << std::endl
  51       << std::endl;
  52     return( 1 );
  53
  54   } // yrt
  55
  56   try
  57   {
  58     // Read input image
  59     TImage::Pointer input_image;
  60     CTBronchi::ReadImage( input_image, in.getValue( ) );
  61
  62     // Read input labels
  63     TLabels::Pointer input_labels;
  64     CTBronchi::ReadImage( input_labels, labels.getValue( ) );
  65
  66     // Prepare weight functor
  67     typedef fpa::Functors::Dijkstra::Image::Gaussian< TImage, TScalar > TWeight;
  68     TWeight::Pointer weight = TWeight::New( );
  69     weight->SetBeta( beta.getValue( ) );
  70     weight->SetEpsilon( eps.getValue( ) );
  71
  72     // Random walk
  73     typedef fpa::Filters::Image::RandomWalker< TImage, TLabels, TScalar > TFilter;
  74     TFilter::Pointer filter = TFilter::New( );
  75     filter->SetInputImage( input_image );
  76     filter->SetInputLabels( input_labels );
  77     filter->SetWeightFunction( weight );
  78     double t = CTBronchi::MeasureTime( filter );
  79     std::cout << "FastRandomWalk executed in " << t << " s" << std::endl;
  80
  81     // Extract label
  82     typedef itk::BinaryThresholdImageFilter< TLabels, TLabels > _TExtract;
  83     typename _TExtract::Pointer extract = _TExtract::New( );
  84     extract->SetInput( filter->GetOutputLabels( ) );
  85     extract->SetInsideValue( 1 );
  86     extract->SetOutsideValue( 0 );
  87     extract->SetLowerThreshold( 1 );
  88     extract->SetUpperThreshold( 1 );
  89     t = CTBronchi::MeasureTime( extract );
  90     std::cout << "Extract labels executed in " << t << " s" << std::endl;
  91
  92     // Write result
  93     CTBronchi::WriteImage( extract->GetOutput( ), out.getValue( ) );
  94   }
  95   catch( std::exception& err )
  96   {
  97     std::cerr
  98       << "===============================" << std::endl
  99       << "Error caught: " << std::endl
 100       << err.what( ) << std::endl
 101       << "===============================" << std::endl
 102       << std::endl;
 103     return( 1 );
 104
 105   } // yrt
 106   return( 0 );
 107 }
 108
 109 // eof - $RCSfile$